PDB-6v82: Crystal structure of tryptophan synthase from Chlamydia trachomat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v82

タイトル

Crystal structure of tryptophan synthase from Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX

要素

Tryptophan synthase alpha chain
Tryptophan synthase beta chain

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.424 Å

データ登録者

Michalska, K. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Catalytically impaired TrpA subunit of tryptophan synthase from Chlamydia trachomatis is an allosteric regulator of TrpB.
著者: Michalska, K. / Wellington, S. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Selem-Mojica, N. / Rosas-Becerra, L.R. / Barona-Gomez, F. / Hung, D.T. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年9月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v82.cif.gz	268.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v82.ent.gz	212.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v82_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v82_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6v82_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	6v82_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kzmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qoq-1 2clm-1 5bw6-1 1wbj-1 1ttq-1 1kfc-1 1k3u-1 1kfj-1 5cgq-1 2j9y-1 4ht3-3 1wdw-1 2tsy-1 2trs-1 5tcf-2 1k8x-1 5e0k-1 5tcg-2 4xug-1 5tcj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CPX300506

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.923, 133.901, 128.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-548- HOH
2	1	B-665- HOH

#1: タンパク質

Tryptophan synthase alpha chain

分子量: 28083.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: trpA, CT_171 / プラスミド: pMCSG91 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O84173, tryptophan synthase

#2: タンパク質

Tryptophan synthase beta chain

分子量: 42900.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: trpB, CT_170 / プラスミド: pMCSG91 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O84172, tryptophan synthase

#3: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5% PEG8000, 3% 1,5-diaminopentane dihydrochloride, cryo saturated sucrose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→30 Å / Num. obs: 37871 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.25 Å² / CC_1/2: 0.653 / R_merge(I) obs: 0.342 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 1.356 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 1857 / CC_1/2: 0.653 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2947: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KZM

5kzm

解像度: 2.424→29.836 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	1876	4.96 %
R_work	0.1593	-	-
obs	0.1611	37837	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.424→29.836 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4925	0	56	222	5203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5095
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.931	6921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.519	3026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4239-2.4894	0.3155	143	0.2498	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4894-2.5626	0.2912	137	0.2238	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5626-2.6452	0.2878	122	0.2168	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6452-2.7397	0.2337	141	0.2037	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7397-2.8493	0.224	127	0.1993	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8493-2.9789	0.2329	136	0.1836	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9789-3.1358	0.2385	151	0.1792	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1358-3.332	0.2216	152	0.1737	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.332-3.5889	0.1918	149	0.157	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5889-3.9493	0.1633	152	0.1265	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9493-4.5191	0.1525	147	0.1083	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5191-5.6872	0.1372	154	0.116	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6872-29.8385	0.1476	165	0.1486	2906	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5932	0.2245	-0.4785	5.0066	0.2026	4.1891	0.1381	0.0356	-0.1654	-0.037	-0.1467	0.9314	0.1215	-0.6641	0.0401	0.2654	0.0682	0.0542	0.2731	-0.0436	0.3697	12.3993	32.4251	64.6367
2	3.9861	-1.6223	-0.4458	4.339	0.3283	3.2335	0.0082	-0.1035	0.1249	-0.0203	0.0231	-0.0524	-0.1465	-0.0156	-0.0449	0.2026	0.0206	0.0272	0.2027	-0.0434	0.1712	25.013	32.9262	66.4828
3	4.7843	-1.0903	0.0808	5.2972	-1.4262	8.5787	-0.0122	0.1361	-1.554	-0.1905	0.0453	0.3593	1.6147	-0.3707	0.0146	0.5549	-0.0167	0.0317	0.2941	-0.0033	0.6774	23.1373	9.943	62.8078
4	5.4401	0.4015	1.6492	4.2164	-1.0474	7.9214	0.3007	0.0463	-0.5925	-0.0897	-0.2341	0.2199	0.8251	-0.0903	-0.0414	0.3273	0.0863	0.0489	0.3014	-0.0216	0.3189	19.0071	16.8279	66.1481
5	3.4208	1.0461	0.5618	2.81	0.3371	4.819	0.319	0.46	-1.1178	-0.9826	-0.2444	0.2942	1.1776	-0.452	-0.0669	0.5878	0.0164	-0.0286	0.4344	-0.2245	0.7213	13.4889	14.8129	59.5332
6	2.9509	0.7277	0.0906	4.3579	-0.7817	3.3532	0.1366	0.6712	-1.0823	-1.2583	0.0295	1.5218	1.3518	-1.308	-0.3315	0.7064	-0.0432	-0.1486	0.7459	-0.3147	1.1224	3.1503	16.3509	54.595
7	4.0288	1.0657	0.1611	5.1801	-0.7303	3.6244	0.0823	0.8332	0.2645	-0.6807	0.0189	0.6517	-0.329	-0.3812	-0.0269	0.4029	0.2094	-0.0376	0.4969	-0.0353	0.3744	12.3037	36.3729	54.0616
8	3.8576	-0.8118	-1.1394	5.6955	2.8001	6.5152	0.0365	-0.1882	-0.0781	0.2265	-0.2967	0.4109	0.1959	-0.6846	0.2376	0.1815	-0.0806	0.0909	0.2808	0.045	0.2154	30.5785	7.7534	53.8972
9	0.6276	-0.1432	-0.1104	0.3857	0.0626	1.2001	0.0376	-0.0213	0.0931	0.0145	-0.0261	0.0425	-0.0729	-0.1057	-0.0038	0.1571	-0.0111	0.0055	0.1582	-0.0188	0.1561	48.7453	12.8338	46.5232
10	1.5873	-0.0685	0.1926	1.8225	-0.7648	2.1937	-0.0036	-0.0397	0.316	0.1094	-0.1339	-0.1642	-0.2137	0.1627	0.0183	0.2142	0.0078	0.0177	0.216	-0.0138	0.1866	64.9966	17.2406	46.0617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 135 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 136 through 157 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 158 through 185 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 186 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 199 through 253 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 33 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 34 through 361 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 362 through 392 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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