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- PDB-6v80: Crystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylcerami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v80
タイトルCrystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with NKT12 TCR and VHH nanobody 1D12
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
  • Nanobody VHH ID12
  • T cell receptor alpha variable 10, nkt tcr alpha chain fusion
  • nkt tcr beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / lipid / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / T cell receptor complex ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / T cell receptor complex / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / cell adhesion molecule binding / immune system process / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...: / : / MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGH / T cell receptor alpha variable 10 / Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Shahine, A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Cancer / 年: 2020
タイトル: A single-domain bispecific antibody targeting CD1d and the NKT T-cell receptor induces a potent antitumor response.
著者: Shahine, A. / Rossjohn, J.
履歴
登録2019年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
C: T cell receptor alpha variable 10, nkt tcr alpha chain fusion
D: nkt tcr beta chain
E: Nanobody VHH ID12
F: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
G: Beta-2-microglobulin
H: T cell receptor alpha variable 10, nkt tcr alpha chain fusion
I: nkt tcr beta chain
J: Nanobody VHH ID12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,22716
ポリマ－230,21910
非ポリマー3,0086
水00
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
C: T cell receptor alpha variable 10, nkt tcr alpha chain fusion
D: nkt tcr beta chain
E: Nanobody VHH ID12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3927
ポリマ－115,1105
非ポリマー1,2832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area45180 Å2
手法PISA
2
F: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
G: Beta-2-microglobulin
H: T cell receptor alpha variable 10, nkt tcr alpha chain fusion
I: nkt tcr beta chain
J: Nanobody VHH ID12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8359
ポリマ－115,1105
非ポリマー1,7254
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11530 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area45560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.667, 165.250, 84.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 20 OR (RESID 21...
21(CHAIN G AND ((RESID 3 AND (NAME N OR NAME...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGARGARG(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 20 OR (RESID 21...BB34
12ASNASNASNASN(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 20 OR (RESID 21...BB2122
13ILEILEMETMET(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 20 OR (RESID 21...BB1 - 992 - 100
14ILEILEMETMET(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 20 OR (RESID 21...BB1 - 992 - 100
15ILEILEMETMET(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 20 OR (RESID 21...BB1 - 992 - 100
16ILEILEMETMET(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 20 OR (RESID 21...BB1 - 992 - 100
21ARGARGARGARG(CHAIN G AND ((RESID 3 AND (NAME N OR NAME...GG34
22GLNGLNASPASP(CHAIN G AND ((RESID 3 AND (NAME N OR NAME...GG2 - 983 - 99
23GLNGLNASPASP(CHAIN G AND ((RESID 3 AND (NAME N OR NAME...GG2 - 983 - 99
24GLNGLNASPASP(CHAIN G AND ((RESID 3 AND (NAME N OR NAME...GG2 - 983 - 99
25GLNGLNASPASP(CHAIN G AND ((RESID 3 AND (NAME N OR NAME...GG2 - 983 - 99

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGCHDI

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 39471.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 T cell receptor alpha variable 10, nkt tcr alpha chain fusion


分子量: 23365.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV10, B2M, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B4J240, UniProt: K7N5M3
#4: タンパク質 nkt tcr beta chain


分子量: 27491.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K7N5M4

-
抗体 , 1種, 2分子 EJ

#5: 抗体 Nanobody VHH ID12


分子量: 12901.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMEK219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1

-
糖 , 3種, 6分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-AGH / N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE / KRN-7000


タイプ: D-saccharide / 分子量: 858.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C50H99NO9
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 21 % (v/v) PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 3% (v/v) D-(+)-trehalose dehydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.39
反射解像度: 3.53→82.82 Å / Num. obs: 35574 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.53→3.7 Å / 冗長度: 15.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4684 / CC1/2: 0.462 / Rpim(I) all: 0.729 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PO6, 3P0G

2po6

3p0g


解像度: 3.53→82.63 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 246.34 / 位相誤差: 38.96 / 詳細: TWIN LAW: -H,-K,L
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1873 5.27 %
Rwork0.195 33582 -
obs0.206 35558 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 358.06 Å2 / Biso mean: 120.3 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.53→82.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14001 0 181 0 14182
Biso mean--107.33 --
残基数----1827
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B742X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12G742X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5322-3.62760.34921410.29062544268595
3.6276-3.73430.33121410.28762557269895
3.7343-3.85470.27031460.26622611275795
3.8547-3.99230.27341390.26782559269895
3.9923-4.15190.29331380.2462593273195
4.1519-4.34050.27731500.22562540269094
4.3405-4.56890.26631380.20752584272295
4.5689-4.85440.23541550.19832589274494
4.8544-5.22810.22171450.19122576272195
5.2281-5.75210.24411590.19252570272994
5.7521-6.57970.26281320.20372627275995
6.5797-8.27160.26991360.16682593272995
8.2716-35.00640.24071530.14642639279295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6694-0.78370.87825.0119-3.23997.46890.4692-0.35050.0978-0.27480.08610.37790.58310.0576-0.47570.3243-0.0404-0.01620.5815-0.09210.794147.730317.304263.8169
24.2786-0.64092.62544.3211-2.19975.78750.38070.05720.2773-0.6718-0.34490.12571.03250.34190.06150.71760.01170.16510.45510.03191.03919.9484-8.928760.6842
35.8393-0.5625-2.67431.55270.11373.4075-0.0243-0.09690.54120.16440.12930.61810.3492-0.2966-0.06250.5727-0.0523-0.06290.57350.0711.143919.2813.251263.921
44.2323-0.87691.24233.13451.37514.1152-0.0153-0.5262-0.04180.5179-0.0606-0.27520.57070.00890.10410.4946-0.03860.00940.64090.17820.683972.017441.011268.4353
53.7065-0.9825-0.09223.73690.19724.6461-0.5524-0.25070.4686-0.21780.2137-0.0628-0.12920.11230.49850.8205-0.27680.05180.88480.01850.74188.911170.614869.4151
65.98740.90331.07185.1184-0.2276.037-0.6877-0.23391.0399-0.1982-0.173-0.3865-0.1960.01420.75060.695-0.0177-0.23290.58020.07571.048259.052451.169352.1682
71.5075-0.0785-0.36570.6334-1.05511.63250.0737-0.1710.8357-0.14330.01080.5888-0.1167-0.2078-0.10990.8383-0.1187-0.03660.577-0.14081.166681.930272.139352.6299
83.50830.67330.37941.8128-0.922.5633-0.1033-0.21720.9735-0.68670.074-0.56561.22311.1671-0.09810.60880.23630.02331.10430.2181.210477.080215.672478.5104
90.31590.0461-0.46470.08590.2130.64870.27820.06580.1758-0.5628-0.26220.54090.8921-0.56640.23910.8245-0.1687-0.15381.4079-0.09041.638615.544634.6226105.8255
105.0382-0.7853-0.54371.9537-0.42653.81990.12270.3553-0.5215-0.1961-0.1004-0.8895-0.0836-0.0697-0.00770.51990.03730.00250.47220.17531.301675.076926.6369100.8838
114.11290.86081.27915.1325-0.42823.5593-0.19511.37140.8303-0.93340.3821-0.71731.16320.6986-0.13390.89350.30690.03221.18-0.20591.031799.47062.595898.0645
125.0769-0.9544-0.38458.8432-2.04024.82810.01120.0113-0.45390.739-0.0483-0.0002-0.3177-0.2651-0.02220.3731-0.0803-0.09880.59830.07180.625165.163913.3211116.9925
133.11110.45940.16892.9429-0.93771.77940.33820.01230.0333-0.0297-0.13820.36330.42870.5327-0.17650.60540.1515-0.08510.7853-0.03071.432691.5852-0.9525114.4375
142.10370.2015-0.15342.77870.58493.72960.87910.10790.44830.2575-0.05820.1921-1.12440.1943-0.84011.0653-0.13260.18920.49520.17060.969269.812152.827590.4407
152.5535-1.0039-1.02683.6891-0.93916.13710.20850.463-0.44250.06220.39290.588-0.46-0.7233-0.4810.259-0.0084-0.03060.59480.01630.972843.319539.315106.6572
160.2335-0.5049-0.52381.18091.03490.06590.51850.246-0.95310.5079-0.85350.101-1.5761-0.65830.2530.91660.3665-0.00851.32070.20181.867214.459755.4378107.2883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 178 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 179 THROUGH 279 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 99 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'C' AND (RESID 4 THROUGH 108 )C0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'C' AND (RESID 109 THROUGH 205 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 112 )D0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'D' AND (RESID 113 THROUGH 241 )D0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 118 )E0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'G' AND (RESID 2 THROUGH 98 )G0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'H' AND (RESID 4 THROUGH 114 )H0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'H' AND (RESID 115 THROUGH 196 )H0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'I' AND (RESID 1 THROUGH 104 )I0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'I' AND (RESID 105 THROUGH 237 )I0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'J' AND (RESID 1 THROUGH 119 )J0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'F' AND (RESID 7 THROUGH 159 )F0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'F' AND (RESID 160 THROUGH 278 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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