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- PDB-6v2d: Crystal Structure of chromodomain of CDYL2 in complex with inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v2d
タイトルCrystal Structure of chromodomain of CDYL2 in complex with inhibitor UNC3866
要素
  • Chromodomain Y-like protein 2
  • UNC3866
キーワードGENE REGULATION / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27me3 reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / : / transcription corepressor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase ...: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UNC3866 / Chromodomain Y-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains.
著者: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromodomain Y-like protein 2
C: Chromodomain Y-like protein 2
E: Chromodomain Y-like protein 2
G: Chromodomain Y-like protein 2
I: Chromodomain Y-like protein 2
K: Chromodomain Y-like protein 2
J: UNC3866
L: UNC3866
B: UNC3866
D: UNC3866
F: UNC3866
H: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,44840
ポリマ－50,94412
非ポリマー50428
水2,702150
1
A: Chromodomain Y-like protein 2
B: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,63510
ポリマ－8,4912
非ポリマー1448
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4410 Å2
手法PISA
2
C: Chromodomain Y-like protein 2
D: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5817
ポリマ－8,4912
非ポリマー905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5230 Å2
手法PISA
3
E: Chromodomain Y-like protein 2
F: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5093
ポリマ－8,4912
非ポリマー181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4320 Å2
手法PISA
4
G: Chromodomain Y-like protein 2
H: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5998
ポリマ－8,4912
非ポリマー1086
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
5
I: Chromodomain Y-like protein 2
J: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5998
ポリマ－8,4912
非ポリマー1086
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4440 Å2
手法PISA
6
K: Chromodomain Y-like protein 2
L: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5274
ポリマ－8,4912
非ポリマー362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.979, 83.835, 115.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

-
要素

#1: タンパク質
Chromodomain Y-like protein 2 / CDY-like 2 / cdyl2


分子量: 7695.596 Da / 分子数: 6 / 断片: Chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8N8U2
#2: タンパク質・ペプチド
UNC3866


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 795.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UNC3866
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% P3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.43 Å / Num. obs: 28615 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs
8.93-38.43995.80.0234130.9990.02654.7
2-2.0597.76.50.88221760.7280.9562

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: preliminary coordinates of PDB entries 5EPJ and 5EPK

5epj

5epk


解像度: 2.1→38.05 Å / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 27.1204
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2682 1203 4.93 %thin shells (sftools)
Rwork0.2118 23174 --
obs0.2146 24377 91.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3270 0 28 150 3448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01013409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04984606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0619431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.87731243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.180.30731740.23752731X-RAY DIFFRACTION99.97
2.18-2.2800.27151118X-RAY DIFFRACTION38.46
2.28-2.40.31131620.24482783X-RAY DIFFRACTION99.73
2.4-2.550.31271660.24092767X-RAY DIFFRACTION99.83
2.55-2.750.34241350.24782793X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.030.34271580.24342803X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.470.27021310.21672843X-RAY DIFFRACTION99.93
3.47-4.370.20341260.17462325X-RAY DIFFRACTION81.35
4.37-38.050.2131510.17813011X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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