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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v2d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of chromodomain of CDYL2 in complex with inhibitor UNC3866 | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020 タイトル: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains. 著者: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v2d.cif.gz | 120.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v2d.ent.gz | 77.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2mj8C 6v2hC 6v2rC 6v2sC 6v3nC 6v41C 6v8wC 5epjS 5epkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.3532171 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7695.596 Da / 分子数: 6 / 断片: Chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8N8U2 #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | ChemComp-UNX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% P3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→38.43 Å / Num. obs: 28615 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 14.7 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: preliminary coordinates of PDB entries 5EPJ and 5EPK 解像度: 2.1→38.05 Å / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 27.1204 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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