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- PDB-6v27: Complex of double mutant (T89V,K162T) of E. coli L-asparaginase I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v27
タイトルComplex of double mutant (T89V,K162T) of E. coli L-asparaginase II with L-Asp
要素L-asparaginase 2
キーワードHYDROLASE / L-asparagine hydrolase / anti-cancer drug / inactive mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like ...L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Mechanism of Catalysis by l-Asparaginase.
著者: Lubkowski, J. / Vanegas, J. / Chan, W.K. / Lorenzi, P.L. / Weinstein, J.N. / Sukharev, S. / Fushman, D. / Rempe, S. / Anishkin, A. / Wlodawer, A.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase 2
B: L-asparaginase 2
C: L-asparaginase 2
D: L-asparaginase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,6884
ポリマ－142,6884
非ポリマー00
水11,025612
1
A: L-asparaginase 2
B: L-asparaginase 2

A: L-asparaginase 2
B: L-asparaginase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,6884
ポリマ－142,6884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area16200 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area39100 Å2
手法PISA
2
C: L-asparaginase 2
D: L-asparaginase 2

C: L-asparaginase 2
D: L-asparaginase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,6884
ポリマ－142,6884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area16670 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area39730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.302, 62.412, 141.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-497-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
L-asparaginase 2 / L-asparaginase II / L-ASNase II / L-asparagine amidohydrolase II


分子量: 35671.914 Da / 分子数: 4 / 変異: T89V, K162T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ansB, b2957, JW2924 / プラスミド: pET-22b(+)
詳細 (発現宿主): ORF contains a secretion sequence, 'HHHHHH' affinity tag and sequence of doubly mutated mature EcAII
Cell (発現宿主): mesophilic bacteria / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): JC2 / 参照: UniProt: P00805, asparaginase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: Crystals grown at 0.17 M sodium citrate (pH 6) and 17-18% (w/v) PEG3350. Soaked for 1-2 minutes (empirically determined for each crystal) in equivalent solution with 0.025% (w/v) ...詳細: Crystals grown at 0.17 M sodium citrate (pH 6) and 17-18% (w/v) PEG3350. Soaked for 1-2 minutes (empirically determined for each crystal) in equivalent solution with 0.025% (w/v) glutaraldehyde. Finally transferred and soaked for 10-20 sec in solution containing 40% (w/v) PEG3350, 5 mM L-L-Asp, and 0.17 M sodium citrate (pH 4.7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日 / 詳細: Multilayer X-ray mirrors VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 51978 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.903 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 138795
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.342.50.51325870.7220.3770.640.95498.3
2.34-2.382.60.46225500.7490.3390.5750.94699
2.38-2.432.70.43725790.7840.3190.5440.93398.9
2.43-2.482.70.35725960.8540.2590.4430.92898.9
2.48-2.532.70.37125620.8180.2680.4590.93698.8
2.53-2.592.70.29225930.8880.2110.3620.93499.1
2.59-2.662.70.25625800.9090.1850.3170.90899.1
2.66-2.732.70.24826090.9090.1780.3070.94298.5
2.73-2.812.70.20225710.9350.1460.250.94798.8
2.81-2.92.70.16725670.9570.1210.2070.92899.2
2.9-32.70.13325930.9730.0960.1650.93898.9
3-3.122.70.11625970.9750.0850.1441.00298.9
3.12-3.262.70.08626080.9860.0620.1060.95299.1
3.26-3.442.70.06926120.990.0510.0860.9799.4
3.44-3.652.70.05326100.9940.0380.0650.94999.2
3.65-3.932.70.04126050.9950.030.0510.90899.1
3.93-4.332.60.03326190.9970.0240.0410.87898.9
4.33-4.952.60.02825940.9970.0210.0360.8298.8
4.95-6.242.70.02826710.9970.020.0350.69499.4
6.24-402.90.02226750.9980.0150.0270.64897.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3eca

3eca


解像度: 2.3→26.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.623 / SU ML: 0.184 / SU R Cruickshank DPI: 0.4248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.271
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 2481 4.9 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.1643 48626 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.39 Å2 / Biso mean: 35.574 Å2 / Biso min: 14.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0.45 Å2-0 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→26.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9517 0 0 613 10130
Biso mean---34.84 -
残基数----1270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0139693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.071.65313227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4221.58620853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.82151275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.87524.825429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.445151563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4031532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0210995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021766
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 166 -
Rwork0.237 3253 -
all-3419 -
obs--88.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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