[日本語] English
万見
- PDB-6v0t: Crystal Structure of Catalytic Subunit of Bovine Pyruvate Dehydro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v0t
タイトルCrystal Structure of Catalytic Subunit of Bovine Pyruvate Dehydrogenase Phosphatase 1 - Catalytic Domain
要素[Pyruvate dehydrogenase [acetyl-transferring]]-phosphatase 1, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / TRANSFERASE / Pyruvate Dehydrogenase Phosphatase / pyruvate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase / : / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase activity / pyruvate dehydrogenase complex / dephosphorylation / calcium ion binding / magnesium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / [Pyruvate dehydrogenase [acetyl-transferring]]-phosphatase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Guo, Y. / Qiu, W. / Ernst, S.R. / Carroll, D.W. / Hackert, M.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationF-1219 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1GM132329-01 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the catalytic subunit of bovine pyruvate dehydrogenase phosphatase.
著者: Guo, Y. / Qiu, W. / Roche, T.E. / Hackert, M.L.
履歴
登録2019年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年12月18日ID: 3N3C
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase [acetyl-transferring]]-phosphatase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1488
ポリマ－52,6811
非ポリマー4677
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Two crystal structures from two different species at different crystallization condition show similar interaction.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.339, 75.339, 173.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase [acetyl-transferring]]-phosphatase 1, mitochondrial / PDP 1 / Protein phosphatase 2C / Pyruvate dehydrogenase phosphatase catalytic subunit 1 / PDPC 1


分子量: 52681.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P35816, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: The protein solution was 20mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH 7.3, 50 mM NaCl, 1mM MnSO4, 2mM DTT, and 1mM benzamide. The well solution (mixed 1:1) contained 0.10M HEPES, pH 7.5 and 20% Jeffamine M- ...詳細: The protein solution was 20mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH 7.3, 50 mM NaCl, 1mM MnSO4, 2mM DTT, and 1mM benzamide. The well solution (mixed 1:1) contained 0.10M HEPES, pH 7.5 and 20% Jeffamine M-600., Hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→52.117 Å / Num. obs: 33626 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Num. unique obs: 2014 / Rsym value: 0.33

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.16-3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A6Q

1a6q


解像度: 2.1→52.117 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.34
詳細: Refinement was performed with Phenix Version 1.16-3549. Refinement strategy: XYZ (reciprocal-space, XYZ (real space, occupancies. Targets and Weighting, Optimize X-ray/Stereochemnistry weight. ...詳細: Refinement was performed with Phenix Version 1.16-3549. Refinement strategy: XYZ (reciprocal-space, XYZ (real space, occupancies. Targets and Weighting, Optimize X-ray/Stereochemnistry weight. Use secondary structure.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 2784 8.36 %
Rwork0.2186 --
obs0.221 33298 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.03 Å2 / Biso mean: 45.2942 Å2 / Biso min: 21.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→52.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3046 0 15 226 3287
Biso mean--42.84 46.29 -
残基数----402
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.13620.30231020.2683121781
2.1362-2.17510.32741200.2759133586
2.1751-2.21690.30681250.2669143492
2.2169-2.26220.33121190.2886150599
2.2622-2.31130.28361450.24261524100
2.3113-2.36510.28521420.23191568100
2.3651-2.42430.28321370.24331534100
2.4243-2.48980.2881450.2371523100
2.4898-2.56310.28871490.2291539100
2.5631-2.64580.27811620.23381513100
2.6458-2.74040.26951450.23781551100
2.7404-2.85010.2731450.22361558100
2.8501-2.97980.26751570.21541535100
2.9798-3.13680.24371260.22361587100
3.1368-3.33330.23431190.21221573100
3.3333-3.59070.23131490.21561560100
3.5907-3.95190.2441430.19821595100
3.9519-4.52350.20641390.17531581100
4.5235-5.6980.1961580.18881605100
5.698-52.1170.2541570.2531167798

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る