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- PDB-5wjc: Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe Mis16 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wjc
タイトルCrystal structure of Schizosaccharomyces pombe Mis16 in complex with Eic1
要素
  • Eic1 protein
  • Kinetochore protein Mis16
キーワードPROTEIN BINDING / Fission yeast chaperone for histone H4 / Subcomponent of Mis18 complex / Eic1 binding / WD-40 repeats domain
機能・相同性
機能・相同性情報


HATs acetylate histones / RMTs methylate histone arginines / Neddylation / HDACs deacetylate histones / CENP-A recruiting complex / chromosome, centromeric core domain / H3-H4 histone complex chaperone activity / CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...HATs acetylate histones / RMTs methylate histone arginines / Neddylation / HDACs deacetylate histones / CENP-A recruiting complex / chromosome, centromeric core domain / H3-H4 histone complex chaperone activity / CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / kinetochore / histone binding / chromatin remodeling / cell division / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EIPR1 beta-propeller / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...EIPR1 beta-propeller / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CENP-A recruiting complex protein mis19 / Histone acetyltransferase type B subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者An, S. / Cho, U.-S. / Koldewey, P. / Chik, J. / Subramanian, L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
American Diabetes Association1-16-JDF-017 米国
March of dimesN019154-00 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG050903 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK111465 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Mis16 Switches Function from a Histone H4 Chaperone to a CENP-ACnp1-Specific Assembly Factor through Eic1 Interaction.
著者: An, S. / Koldewey, P. / Chik, J. / Subramanian, L. / Cho, U.S.
履歴
登録2017年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein Mis16
B: Eic1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9352
ポリマ－61,9352
非ポリマー00
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.591, 154.591, 52.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Kinetochore protein Mis16


分子量: 48481.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mis16, hat2, SPCC1672.10
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: O94244
#2: タンパク質 Eic1 protein


分子量: 13453.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPBC27B12.02, SPBC30B4.10
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: O42995
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % / 解説: Thick needle
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 26459 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1698 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 59.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XYH

4xyh


解像度: 2.298→48.886 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 1999 7.57 %
Rwork0.1723 --
obs0.1758 26414 90.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.298→48.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 0 168 3340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9314439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7161934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2983-2.35570.3134900.24441097X-RAY DIFFRACTION59
2.3557-2.41940.30991000.22051219X-RAY DIFFRACTION65
2.4194-2.49060.25331130.22351375X-RAY DIFFRACTION73
2.4906-2.5710.26071230.21651512X-RAY DIFFRACTION81
2.571-2.66290.29851450.20721773X-RAY DIFFRACTION93
2.6629-2.76950.23081560.20921906X-RAY DIFFRACTION100
2.7695-2.89550.26461540.19671875X-RAY DIFFRACTION100
2.8955-3.04820.23771560.19261900X-RAY DIFFRACTION100
3.0482-3.23910.23611570.19231915X-RAY DIFFRACTION100
3.2391-3.48910.23061570.16971921X-RAY DIFFRACTION100
3.4891-3.84010.19771580.1481932X-RAY DIFFRACTION100
3.8401-4.39550.19271590.14391951X-RAY DIFFRACTION100
4.3955-5.53670.18181610.13241962X-RAY DIFFRACTION100
5.5367-48.8970.2011700.18382077X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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