PDB-6uyc: Crystal structure of TEAD2 bound to Compound 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uyc

タイトル

Crystal structure of TEAD2 bound to Compound 2

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / TEAD / YAP Binding Domain / Transcription Inhibitor / Palmitoylation inhibitor / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.658 Å

データ登録者

Noland, C.L. / Holden, J.K. / Crawford, J.J. / Zbieg, J.R. / Cunningham, C.N.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Small Molecule Dysregulation of TEAD Lipidation Induces a Dominant-Negative Inhibition of Hippo Pathway Signaling.
著者: Holden, J.K. / Crawford, J.J. / Noland, C.L. / Schmidt, S. / Zbieg, J.R. / Lacap, J.A. / Zang, R. / Miller, G.M. / Zhang, Y. / Beroza, P. / Reja, R. / Lee, W. / Tom, J.Y.K. / Fong, R. / ...

履歴

登録	2019年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6uybC 5emvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s60-2 6s69-2 6uyb-2 4l0t-2 4buf-2 6tzo-d 4i9i-1 6s64-2 4dvi-2 2a3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.422, 61.249, 80.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.260, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 26703.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-QLV / N-{5-[(E)-2-(4,4-difluorocyclohexyl)ethenyl]-6-methoxypyridin-3-yl}methanesulfonamide 分子量: 346.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀F₂N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM potassium/sodium tartrate pH 6.5 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.658→58.241 Å / Num. obs: 36599 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.661→1.819 Å / Num. unique obs: 1830 / CC_1/2: 0.628

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3290	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
ADDREF		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EMV

5emv

解像度: 1.658→58.241 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.46
詳細: Diffraction was moderately anisotropic, with resolution limits of 2.30, 1.82, and 1.66 angstroms along the a, b, and c axes, respectively. The data were therefore elliptically truncated and ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2163	1739	4.75 %
R_work	0.1937	-	-
obs	0.1949	36599	57.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.51 Å² / B_iso mean: 37.8383 Å² / B_iso min: 13.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.658→58.241 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3251	0	54	152	3457
B_iso mean	-	-	37.11	40.98	-
残基数	-	-	-	-	404

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.658-1.7066	0.3184	9	0.3597	157	3
1.7066-1.7617	0.3559	26	0.3078	582	12
1.7617-1.8246	0.29	55	0.2896	1149	23
1.8246-1.8977	0.3109	88	0.2783	1564	31
1.8977-1.9841	0.2491	95	0.2512	1600	32
1.9841-2.0887	0.2673	121	0.2513	2683	53
2.0887-2.2195	0.2407	216	0.231	3967	80
2.2195-2.3909	0.286	178	0.2305	3995	79
2.3909-2.6315	0.2707	249	0.236	4992	100
2.6315-3.0123	0.2808	220	0.2198	4629	92
3.0123-3.7951	0.1935	221	0.1715	4619	91
3.7951-58.241	0.1637	261	0.1541	4923	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5177	0.9321	0.204	2.0401	0.1227	3.265	0.1586	-0.5787	-0.2381	-0.0339	-0.0961	-0.0302	0.4267	-0.6512	0.0026	0.2094	-0.0675	-0.0099	0.2718	-0.0106	0.1804	-37.5981	-20.7763	25.9629
2	4.4079	0.8351	0.8877	1.0481	0.1265	2.1997	0.9686	-1.3817	-1.3621	0.013	-0.017	-0.3484	1.4679	-0.6975	0.237	0.4028	-0.0093	-0.1214	0.2058	0.0784	0.3695	-31.7144	-25.7276	24.1066
3	4.1709	1.3315	0.7773	2.0351	0.4838	5.3187	-0.594	0.6743	0.0371	-0.9104	0.4154	-0.3995	-0.478	1.0971	-0.1589	0.3117	-0.0574	0.0004	0.2854	0.0724	0.2774	-23.177	-15.3051	16.859
4	1.5068	-0.1481	-1.1718	2.5904	0.6774	1.3464	0.087	-0.2748	-0.0018	0.2717	0.0842	-0.2554	-0.1793	0.0025	0.0332	0.1909	-0.0202	-0.0272	0.2923	-0.0196	0.1705	-36.0896	-13.5659	30.5244
5	1.8167	0.2101	2.1085	3.1112	0.6551	1.9186	0.2137	-0.0135	0.1984	-0.322	0.1552	-0.0216	-0.467	-0.1053	0.0005	0.2498	0.0638	-0.0204	0.1836	0.0043	0.2603	-32.3708	-5.9403	20.3457
6	3.383	0.1957	0.5675	2.0322	2.0473	1.4707	-0.0661	-0.9958	-0.1307	0.2717	0.009	-0.0708	-0.1631	-0.76	-0.0032	0.1659	0.0031	0.0134	0.4314	0.0052	0.2509	-38.9084	-12.9592	33.073
7	1.5089	-0.2333	-0.0629	0.8156	-0.4062	1.3083	0.1178	0.4537	-0.0547	-0.5129	-0.2074	0.0407	0.0072	-0.7168	-0.0002	0.3261	0.0364	0.0048	0.3507	0.0089	0.2263	-41.6123	-15.5243	5.2649
8	1.6269	0.5083	0.6688	0.2197	-0.5894	1.65	0.0318	0.1506	0.0057	-0.2442	0.0637	-0.2172	0.1935	0.0561	0.0598	0.289	0.052	0.0383	0.1444	0.0226	0.1899	-30.3318	-16.3093	10.517
9	3.2502	0.7123	0.0769	1.6615	0.2468	3.7766	0.0394	-0.1033	-0.0847	-0.0679	0.0517	-0.2312	0.1539	0.3035	0.0612	0.162	0.048	-0.0034	0.085	0.0496	0.2384	-27.1587	-18.7406	20.3269
10	0.7405	0.7174	-0.6429	1.8159	-0.5373	2.0567	0.1016	-0.566	0.5	0.2096	0.0795	0.087	-0.1913	0.2339	0.0001	0.1997	0.0497	0.0019	0.3017	-0.0191	0.2655	-39.2648	15.5858	28.3727
11	2.4343	0.5034	-2.8999	5.172	-0.5783	3.5213	0.1085	0.1005	0.5571	-0.0009	0.1948	0.4191	-0.4986	-0.3387	0.0096	0.3352	0.0868	0.0539	0.2764	0.0276	0.3219	-39.1136	19.4384	19.1101
12	1.1872	0.1813	-0.1756	3.4075	-1.3311	1.1297	-0.1319	1.7409	-0.903	-1.6422	0.1467	1.3676	0.8786	-0.5022	0.0698	0.6202	-0.0436	-0.1471	0.8575	-0.1291	0.7461	-51.1473	6.3234	12.9635
13	1.2869	0.3568	0.2962	3.5789	0.2458	4.021	-0.0815	-0.2201	0.374	-0.1787	0.0544	-0.0552	-0.1204	0.2158	0.0412	0.1411	0.0679	0.0327	0.1013	0.0175	0.2357	-38.1911	17.2867	17.7912
14	0.2393	0.0986	0.1373	0.8999	-0.5139	1.3899	-0.0921	-0.577	0.1821	0.0827	0.0926	-0.0663	0.3278	0.4461	-0.0005	0.2941	0.06	0.0086	0.4115	-0.0095	0.262	-38.8414	11.2901	32.5491
15	2.3159	-0.4209	-1.6315	3.029	-0.4026	0.884	0.0859	-0.1689	-0.0473	-0.1283	0.1855	0.0717	0.2974	0.024	0.0002	0.3321	0.0673	-0.013	0.1958	0.0201	0.2658	-39.6491	2.8138	21.4977
16	1.2694	1.3426	-1.811	0.6467	-0.7203	0.6183	-0.0563	-0.8744	0.3371	0.1557	0.0848	0.0163	0.2304	1.0389	0.0004	0.3408	0.1541	-0.0109	0.6035	0.0122	0.2826	-36.9949	10.831	36.013
17	2.0408	-0.6095	0.6237	1.1838	1.3213	1.8784	-0.3904	-0.3477	-0.3457	-0.5233	-0.0368	-0.2797	0.7131	0.978	-0.0088	0.3519	0.1175	0.0206	0.4047	0.0689	0.2979	-24.062	9.3041	11.035
18	1.5021	-0.3356	-0.2423	0.1623	0.637	1.2268	-0.0234	0.0265	0.1704	-0.2138	0.1946	0.2425	0.0862	-0.0011	0.0172	0.3185	0.0624	0.0111	0.1549	0.0065	0.1993	-36.2487	12.1583	11.899
19	2.449	-0.3168	0.5419	2.7395	-0.8232	4.3021	-0.1153	0.0592	0.3567	-0.0697	0.3305	0.2663	-0.056	-0.3655	0.0421	0.1412	0.067	-0.0087	0.1187	-0.0048	0.2597	-42.0256	16.2517	19.8741

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 217 through 248 )	A	217 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 249 through 267 )	A	249 - 267
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 268 through 325 )	A	268 - 325
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 326 through 339 )	A	326 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 340 through 362 )	A	340 - 362
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 363 through 380 )	A	363 - 380
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 381 through 395 )	A	381 - 395
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 396 through 414 )	A	396 - 414
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 415 through 446 )	A	415 - 446
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 222 through 238 )	B	222 - 238
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 239 through 274 )	B	239 - 274
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 275 through 293 )	B	275 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 294 through 325 )	B	294 - 325
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 326 through 339 )	B	326 - 339
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 340 through 362 )	B	340 - 362
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 363 through 380 )	B	363 - 380
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 381 through 395 )	B	381 - 395
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 396 through 414 )	B	396 - 414
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 415 through 446 )	B	415 - 446

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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