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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s64 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hTEAD2 in complex with a trisubstituted pyrazole inhibitor | ||||||
要素 | Transcriptional enhancer factor TEF-4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TEAD2 / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis / embryonic organ development / 脈管形成 / cellular response to retinoic acid / neural tube closure / transcription coactivator binding / disordered domain specific binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Sturbaut, M. / Allemand, F. / Guichou, J.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery of a cryptic site at the interface 2 of TEAD - Towards a new family of YAP/TAZ-TEAD inhibitors. 著者: Sturbaut, M. / Bailly, F. / Coevoet, M. / Sileo, P. / Pugniere, M. / Liberelle, M. / Magnez, R. / Thuru, X. / Chartier-Harlin, M.C. / Melnyk, P. / Gelin, M. / Allemand, F. / Guichou, J.F. / Cotelle, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s64.cif.gz | 96.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s64.ent.gz | 77.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s64.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s64 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562 #2: 化合物 | ChemComp-MYR / | #3: 化合物 | ChemComp-PLM / | #4: 化合物 | ChemComp-KXE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→71.26 Å / Num. obs: 26130 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.372 / Num. unique obs: 2603 / CC1/2: 0.886 / % possible all: 96.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→71.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 10.227 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.219 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 145.55 Å2 / Biso mean: 67.334 Å2 / Biso min: 36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.22→71.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.222→2.279 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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