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- PDB-6uqc: Mouse IgG2a Bispecific Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uqc
タイトルMouse IgG2a Bispecific Fc
要素(Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Bispecific / Electrostatic Steering / Fc
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / regulation of proteolysis / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / multivesicular body / response to bacterium / positive regulation of immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Wang, F. / Tsai, J.C. / Davis, J.H. / West, S.M. / Strop, P.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Design and characterization of mouse IgG1 and IgG2a bispecific antibodies for use in syngeneic models.
著者: Wang, F. / Tsai, J.C. / Davis, J.H. / Chau, B. / Dong, J. / West, S.M. / Hogan, J.M. / Wheeler, M.L. / Bee, C. / Morishige, W. / Cayton, T. / David-Brown, D. / Zhang, C. / Kozhich, A. / ...著者: Wang, F. / Tsai, J.C. / Davis, J.H. / Chau, B. / Dong, J. / West, S.M. / Hogan, J.M. / Wheeler, M.L. / Bee, C. / Morishige, W. / Cayton, T. / David-Brown, D. / Zhang, C. / Kozhich, A. / Sproul, T. / Dollinger, G. / Rajpal, A. / Strop, P.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
D: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
E: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
F: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,88914
ポリマ－94,9284
非ポリマー5,96110
水14,898827
1
C: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
E: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2806
ポリマ－47,4642
非ポリマー2,8174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
2
D: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
F: Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6098
ポリマ－47,4642
非ポリマー3,1456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint52 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.270, 64.400, 88.980
Angle α, β, γ (deg.)76.185, 72.170, 61.482
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C237 - 266
121(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C269 - 291
131(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C294 - 320
141(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C323 - 324
151(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C327 - 338
161(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C341 - 354
171(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C357 - 359
181(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C362
191(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C365 - 366
1101(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C371 - 384
1111(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C387 - 397
1121(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C400 - 407
1131(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C412 - 417
1141(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C421 - 437
1151(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C440
1161(chain 'C' and (resid 237 through 267 or resid 269...C501 - 508
211(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D237 - 266
221(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D269 - 291
231(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D294 - 320
241(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D323 - 324
251(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D327 - 338
261(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D341 - 354
271(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D357 - 359
281(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D362
291(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D365 - 366
2101(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D371 - 384
2111(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D387 - 397
2121(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D400 - 407
2131(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D412 - 417
2141(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D421 - 437
2151(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D440
2161(chain 'D' and (resid 237 through 267 or resid 269...D501 - 508
311(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E237 - 266
321(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E269 - 291
331(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E294 - 320
341(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E323 - 324
351(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E327 - 338
361(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E341 - 354
371(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E357 - 359
381(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E362
391(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E365 - 366
3101(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E371 - 384
3111(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E387 - 397
3121(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E400 - 407
3131(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E412 - 417
3141(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E421 - 437
3151(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E440
3161(chain 'E' and (resid 237 through 267 or resid 269...E501 - 508
411(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F237 - 266
421(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F269 - 291
431(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F294 - 320
441(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F323 - 324
451(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F327 - 338
461(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F341 - 354
471(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F357 - 359
481(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F362
491(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F365 - 366
4101(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F371 - 384
4111(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F387 - 397
4121(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F400 - 407
4131(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F412 - 417
4141(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F421 - 437
4151(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F440
4161(chain 'F' and (resid 237 through 267 or resid 269...F501 - 508

-
要素

-
Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound ... , 2種, 4分子 CDEF

#1: タンパク質 Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form


分子量: 23677.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh-1a / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01865
#2: タンパク質 Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form


分子量: 23786.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh-1a / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01865

-
糖 , 4種, 10分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1317.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 827分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 21% PEG10000 and 0.1M bicine pH 7.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→35.65 Å / Num. obs: 82860 / % possible obs: 84.74 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 30.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03117 / Rpim(I) all: 0.03117 / Rrim(I) all: 0.04408 / Net I/σ(I): 13.61
反射 シェル解像度: 1.872→1.939 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 6078 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.3989

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IGT, 5VAA

1igt

5vaa


解像度: 1.87→35.65 Å / SU ML: 0.233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.3375
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 4113 4.96 %
Rwork0.194 78731 -
obs0.1956 82844 84.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→35.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6932 0 396 827 8155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.988110380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.35951200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.890.34781490.29753059X-RAY DIFFRACTION93.69
1.89-1.90.3176590.2991141X-RAY DIFFRACTION80.86
1.93-1.940.37211010.26591897X-RAY DIFFRACTION90.33
1.94-1.970.3008980.25131641X-RAY DIFFRACTION52.32
1.97-1.990.27241480.22923049X-RAY DIFFRACTION94.17
1.99-2.020.26881620.22593032X-RAY DIFFRACTION94.72
2.02-2.050.26651670.21632986X-RAY DIFFRACTION94.4
2.05-2.060.2745550.22491007X-RAY DIFFRACTION82.33
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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