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- PDB-4bm7: Crystal Structure of IgG Fc F241A mutant with native glycosylation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bm7
タイトルCrystal Structure of IgG Fc F241A mutant with native glycosylation
要素IG GAMMA-1 CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLYCAN
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yu, X. / Baruah, K. / Harvey, D.J. / Vasiljevic, S. / Alonzi, D.S. / Song, B. / Higgins, M.K. / Bowden, T.A. / Crispin, M. / Scanlan, C.N.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Engineering Hydrophobic Protein-Carbohydrate Interactions to Fine-Tune Monoclonal Antibodies.
著者: Yu, X. / Baruah, K. / Harvey, D.J. / Vasiljevic, S. / Alonzi, D.S. / Song, B. / Higgins, M.K. / Bowden, T.A. / Scanlan, C.N. / Crispin, M.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG GAMMA-1 CHAIN C REGION
B: IG GAMMA-1 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8554
ポリマ－52,5592
非ポリマー1,2962
水5,350297
1
A: IG GAMMA-1 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5753
ポリマ－26,2801
非ポリマー1,2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: IG GAMMA-1 CHAIN C REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2801
ポリマ－26,2801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.868, 73.375, 135.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IG GAMMA-1 CHAIN C REGION


分子量: 26279.691 Da / 分子数: 2 / 断片: IMMUNOGLOBULIN GAMMA, FC, RESIDUES 101-329 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE INCLUDES A SITE-DIRECTED F241A MUTATION FOR ANALYSIS OF EFFECTS UPON PROTEIN-CARBOHYDRATE ...SEQUENCE INCLUDES A SITE-DIRECTED F241A MUTATION FOR ANALYSIS OF EFFECTS UPON PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTIONS AND GLYCAN BIOSYNTHESIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 28% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2,000 IN 0.1M BIS-TRIS BUFFER AT PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.917
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE BOUNCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 36211 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AVE

3ave


解像度: 1.95→49.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.424 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23428 1832 5.1 %RANDOM
Rwork0.19787 ---
obs0.19974 34319 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3120 0 86 297 3503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.9814571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7172.9957253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2235398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86425.035143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31415565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9141512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8061.6411575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8061.641574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.352.4541965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3412.0451770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.947→1.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 111 -
Rwork0.265 2241 -
obs--88.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.73160.3869-1.04417.62420.79437.58370.03791.0420.2698-2.0126-0.0092-0.2153-0.5836-0.1151-0.02880.61570.00230.05270.27890.05110.1472-17.82821.773513.8159
213.38081.24986.81752.71981.05168.46040.2618-0.942-0.4220.26890.08430.03730.4972-0.4095-0.34610.09190.0229-0.01650.09410.01240.0956-6.80077.424340.4275
35.9359-0.69641.59713.49140.76173.0747-0.085-0.04880.45080.00550.0791-0.3571-0.20820.1680.00590.02340.0176-0.00820.1244-0.03940.1081-2.279913.20937.4357
411.70362.87548.34034.41943.60699.75480.043-0.73240.110.55790.1587-0.23870.15720.0027-0.20170.09960.0445-0.02410.1298-0.05220.1002-9.417116.954743.5314
53.3474-0.66722.23281.6578-1.192614.21560.18620.2803-0.2122-0.5585-0.09970.18570.5249-0.7161-0.08650.2927-0.0414-0.04920.1307-0.04350.131814.5301-8.583117.5463
640.5668-17.4766-16.71717.55217.34679.2905-0.34040.8242-1.10930.0216-0.34680.5149-0.2502-0.5510.68720.7516-0.149-0.10440.6263-0.05280.32928.0198-15.4828-5.2541
74.36992.24223.01995.02923.68988.5847-0.05231.1827-0.5204-1.05930.2831-0.24760.2550.4579-0.23080.52910.01220.05330.3917-0.12610.212318.5943-9.9187.8505
85.7252-0.6106-1.29152.9801-0.36572.4447-0.1227-0.1951-0.28970.22280.14980.26830.1128-0.1285-0.02710.03330.02380.00720.09590.01950.07664.92860.095439.258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B238 - 339
2X-RAY DIFFRACTION2B340 - 358
3X-RAY DIFFRACTION3B359 - 417
4X-RAY DIFFRACTION4B418 - 445
5X-RAY DIFFRACTION5A237 - 264
6X-RAY DIFFRACTION6A265 - 269
7X-RAY DIFFRACTION7A270 - 339
8X-RAY DIFFRACTION8A340 - 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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