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- PDB-6upa: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2/Septin 6 Het... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6upa
タイトルCrystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2/Septin 6 Heterocomplex
要素
  • Septin-2
  • Septin-6
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton protein / septin
機能・相同性
機能・相同性情報


septin collar / regulation of L-glutamate import across plasma membrane / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway ...septin collar / regulation of L-glutamate import across plasma membrane / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / cell division site / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / intercellular bridge / enzyme regulator activity / axon terminus / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / kinetochore / spindle / synaptic vesicle / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / regulation of protein localization / microtubule cytoskeleton / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cilium / cadherin binding / GTPase activity / synapse / GTP binding / cell surface / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septin 2 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Septin-6 / Septin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Rosa, H.V.D. / Brandao-Neto, J. / Martins, C. / Araujo, A.P.U. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Recognition at Septin Interfaces: The Switches Hold the Key.
著者: Rosa, H.V.D. / Leonardo, D.A. / Brognara, G. / Brandao-Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2019年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Septin-6
A: Septin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3455
ポリマ－66,3552
非ポリマー9913
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.730, 82.730, 170.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Septin-6


分子量: 32081.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN6, KIAA0128, SEP2, SEPT6 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q14141
#2: タンパク質 Septin-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 5 / NEDD-5


分子量: 34273.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5, SEPT2 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q15019

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非ポリマー , 4種, 35分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD and 20mM of each d-glucose, d-mannose,d-galactose, l-fucose, d-xylose, N-acetyld-glucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→37.21 Å / Num. obs: 21021 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 269502
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.51-2.5813.32.2352014315160.5640.6352.3241.299.9
11.23-37.219.70.04429032990.9990.0140.04637.697.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QNR, 4KVA

2qnr

4kva


解像度: 2.51→37.209 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2655 1036 4.94 %Randon selection
Rwork0.2241 ---
obs0.226 20952 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.86 Å2 / Biso mean: 71.3535 Å2 / Biso min: 33.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→37.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3951 0 61 32 4044
Biso mean--52.07 57.79 -
残基数----508
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5101-2.64240.39341440.32472779
2.6424-2.80790.33751300.31362795
2.8079-3.02460.34671690.29842767
3.0246-3.32880.30311500.26432817
3.3288-3.81010.27521580.21992818
3.8101-4.79870.23281440.19032880
4.7987-37.2090.2271410.20083060
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.43691.10510.33073.7433-0.48372.65770.0045-0.2061-0.45150.0281-0.082-0.37040.37050.28090.13740.65670.0365-0.03410.42180.0090.49774.005521.4433-14.1243
26.6349-6.9198-4.37968.35976.32144.4455-0.2535-0.1904-0.25310.73340.1845-0.20040.0820.23890.19290.69840.01470.01960.43550.00940.47866.23088.55-24.2129
32.47990.0551-1.1723.7759-0.03691.1322-0.1610.0009-0.3154-0.55650.05950.29560.2816-0.31920.06880.5536-0.0739-0.10050.38310.01140.4714-12.730222.5005-20.5898
43.1904-2.8179-3.13156.45655.30636.4945-0.2656-0.1373-0.67920.1792-0.05630.6340.8362-0.25830.36990.7091-0.0698-0.00370.43260.120.6458-8.659816.17-11.9833
55.55613.53970.18412.2783-1.16056.70270.19920.22520.3432-0.2997-0.11080.7822-0.3874-0.8659-0.0720.70610.1439-0.00050.60610.01410.4902-12.991951.187-20.9822
63.721-3.9916-2.5489.31946.28668.84430.3080.63750.0702-0.4986-0.3477-0.45180.1156-0.35550.00080.71720.01050.02130.49250.05760.6222-5.553346.2395-29.9993
78.5074-0.12390.35977.44322.13698.24080.02420.32610.7464-0.3676-0.3857-0.5319-0.36360.85120.33140.7068-0.07570.06360.5970.11260.64591.268363.1011-32.1017
81.78242.2794-0.51735.3985-2.39863.1304-0.03130.1640.4207-0.24350.23220.2444-0.4199-0.1962-0.20530.51840.01150.03340.3787-0.01790.4433-0.399553.5457-19.6455
95.15981.4344-2.03218.0455-1.10586.0620.0444-0.1409-0.00970.707-0.4046-1.0238-0.66810.76840.31840.5135-0.1017-0.17730.63570.01410.57755.151948.6685-7.5421
107.62713.06740.36248.04940.38686.0337-0.0143-0.71250.6070.6309-0.24860.5136-0.8148-0.54430.27570.62670.05670.02270.5074-0.01380.4165-13.752947.4598-4.4029
118.83316.3029-8.43779.601-7.09419.32160.2840.1950.72950.41450.051-0.1407-0.8533-0.1438-0.28280.771-0.023-0.22530.42320.06770.57530.703964.5832-18.1622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 41 through 113 )B41 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 114 through 155 )B114 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 156 through 242 )B156 - 242
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 243 through 305 )B243 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 37 through 68 )A37 - 68
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 115 )A69 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 116 through 133 )A116 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 134 through 188 )A134 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 189 through 224 )A189 - 224
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 225 through 272 )A225 - 272
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 273 through 306 )A273 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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