PDB-6uo4: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uo4

タイトル

Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 1 (CD1) Y363F mutant complexed with Trichostatin A

要素

Histone deacetylase 6

キーワード

HYDROLASE / Histone Deacetylase

機能・相同性

機能・相同性情報

Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26830986453 Å

データ登録者

Osko, J.D. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Catalysis and Inhibition of HDAC6 CD1, the Enigmatic Catalytic Domain of Histone Deacetylase 6.
著者: Osko, J.D. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2019年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uo4.cif.gz	205.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uo4.ent.gz	129.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6uo4_validation.pdf.gz	355 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uo4_full_validation.pdf.gz	355.8 KB	表示
XML形式データ	6uo4_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6uo4_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/6uo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/6uo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uo2C 6uo3C 6uo5C 6uo7C 6uobC 6uocC 5eefS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eef-1 4cbt-2 1bt2-1 3znr-3 1f76-2 1bt1-1 5ohf-3 2zpt-d 1f76-3 3mbj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase 6

B: Histone deacetylase 6

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.892, 124.407, 55.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.462, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Histone deacetylase 6 分子量: 40278.594 Da / 分子数: 2 / 変異: Y363F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-TSN / TRICHOSTATIN A / 7-[4-(DIMETHYLAMINO)PHENYL]-N-HYDROXY-4,6-DIMETHYL-7-OXO-2,4-HEPTADIENAMIDE / トリコスタチンA 分子量: 302.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.52 % / 解説: Perfect Diamond Shape
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/ml HDAC6 CD1 2 mM Inhibitor 0.2 M sodium malonate (pH 7.0) 20% PEG 3350 1:1 ratio protein to precipitant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26830986453→62.2035 Å / Num. obs: 162601 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.0998328981 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.27→1.31 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 15378 / CC_1/2: 0.731 / R_pim(I) all: 0.378 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EEF

5eef

解像度: 1.26830986453→62.2035 Å / SU ML: 0.134358508977 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3472700715 / 位相誤差: 21.4415458187

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196446701692	7662	4.71217712177 %
R_work	0.181584811089	-	-
obs	0.182294719231	162600	94.3478336554 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.1736205762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26830986453→62.2035 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5459	0	50	562	6071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00456920518798	5732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.768114140231	7817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074768551924	862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00513272106998	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3633275772	2041

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26830986453-1.2827	0.283753775149	227	0.271053702695	4697	X-RAY DIFFRACTION	85.6794849487
1.2827-1.2978	0.248850496308	235	0.266800777967	4946	X-RAY DIFFRACTION	90.1356993737
1.2978-1.3136	0.274301466666	242	0.25602776413	5031	X-RAY DIFFRACTION	92.5087719298
1.3136-1.3303	0.28472918331	280	0.240804134207	5050	X-RAY DIFFRACTION	92.970521542
1.3303-1.3478	0.264174432412	254	0.240162318584	5137	X-RAY DIFFRACTION	93.9853556485
1.3478-1.3662	0.26096223205	255	0.238786486363	5126	X-RAY DIFFRACTION	93.7783199721
1.3662-1.3858	0.235682755893	277	0.233334881021	5138	X-RAY DIFFRACTION	94.2886992861
1.3858-1.4064	0.242597953705	254	0.228613067009	5142	X-RAY DIFFRACTION	94.3191749694
1.4064-1.4284	0.248047371827	246	0.223481642443	5160	X-RAY DIFFRACTION	93.8541666667
1.4284-1.4518	0.245260358463	249	0.223428980727	5114	X-RAY DIFFRACTION	94.4356400775
1.4518-1.4769	0.257597760774	230	0.223529046665	5187	X-RAY DIFFRACTION	94.061469005
1.4769-1.5037	0.242062536391	216	0.212486465576	5199	X-RAY DIFFRACTION	93.9614783967
1.5037-1.5327	0.227293981615	248	0.208010070589	5075	X-RAY DIFFRACTION	94.0127163546
1.5327-1.564	0.225084553276	261	0.203104941755	5142	X-RAY DIFFRACTION	93.3483068417
1.564-1.598	0.230027216443	207	0.191992773606	4912	X-RAY DIFFRACTION	89.2589363557
1.598-1.6351	0.227554168898	253	0.188759358327	5260	X-RAY DIFFRACTION	96.0787730917
1.6351-1.676	0.21222211917	257	0.19417943732	5267	X-RAY DIFFRACTION	96.4722319246
1.676-1.7214	0.201929411485	275	0.186813094883	5256	X-RAY DIFFRACTION	96.0743442765
1.7214-1.772	0.206694333584	270	0.187526176474	5245	X-RAY DIFFRACTION	96.6018567175
1.772-1.8292	0.197578116478	264	0.181192898047	5320	X-RAY DIFFRACTION	96.8267730189
1.8292-1.8946	0.19901352603	253	0.18264880005	5298	X-RAY DIFFRACTION	96.5895249695
1.8946-1.9705	0.198435355327	249	0.184422419057	5277	X-RAY DIFFRACTION	96.4566241927
1.9705-2.0601	0.215609590675	241	0.180861961494	5314	X-RAY DIFFRACTION	96.3740458015
2.0601-2.1688	0.18510829873	241	0.178505230348	4932	X-RAY DIFFRACTION	90.1376546437
2.1688-2.3046	0.201458079088	280	0.177159788243	5120	X-RAY DIFFRACTION	93.8477580813
2.3046-2.4826	0.195284739937	321	0.18074177104	5311	X-RAY DIFFRACTION	98.0160111382
2.4826-2.7324	0.191326315226	321	0.178636095408	5321	X-RAY DIFFRACTION	98.138806749
2.7324-3.1278	0.194145326449	268	0.175257195893	5428	X-RAY DIFFRACTION	98.3425414365
3.1278-3.9406	0.161780737132	250	0.153532641828	5288	X-RAY DIFFRACTION	95.9459459459
3.9406-62.2035	0.144261105387	238	0.1479266244	5245	X-RAY DIFFRACTION	93.9352407058

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関連情報:EMDBヘッダ

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