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- PDB-1f76: ESCHERICHIA COLI DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f76
タイトルESCHERICHIA COLI DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOMER / ALPHA-BETA-BARREL / FMN BINDING DOMAIN / OROTATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / FMN binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FORMIC ACID / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Norager, S. / Jensen, K.F. / Bjornberg, O. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: E. coli Dihydroorotate Dehydrogenase Reveals Structural and Functional Distinction between different classes of dihydroorotate dehydrogenases
著者: Norager, S. / Jensen, K.F. / Bjornberg, O. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Studies of Membrane-associated Escherichia coli Dihydroorotate Dehydrogenase.
著者: Rowland, P. / Norager, S. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The Activity of Escherichia coli Dihydroorotate Dehydrogenase is Dependent on a Conserved Loop Identified by Sequence Homology, Mutagenesis and Limited Proteolysis.
著者: Bjornberg, O. / Gruner, A.-C. / Roepstorff, P. / Jensen, K.F.
#3: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins,Proc.13th Int.Symp.
年: 1999
タイトル: The Dihydroorotate Dehydrogenases of Escherichia coli and Lactococcus Lactis Represent Two Distinct Families of the Enzyme.
著者: Bjornberg, O. / Jensen, K.F. / Gruner, A.-C. / Ottosen, M. / Sorensen, P. / Rowland, P. / Norager, S. / Larsen, S.
#4: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins,Proc.13th Int.Symp.
年: 1999
タイトル: Reduction Reactions of Two Dihydroorotate Dehydrogenases.
著者: Palfey, B. / Bjornberg, O. / Jensen, K.F.
履歴
登録2000年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年3月12日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
E: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,24919
ポリマ－148,5874
非ポリマー2,66215
水18,7901043
1
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9154
ポリマ－37,1471
非ポリマー7693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7415
ポリマ－37,1471
非ポリマー5944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8515
ポリマ－37,1471
非ポリマー7044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7415
ポリマ－37,1471
非ポリマー5944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 119.700, 295.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a monomer. The Biological Assembly is a Monomer.

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要素

#1: タンパク質
Dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / DHOdehase / DHOD / DHODase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 37146.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pyrD, b0945, JW0928 / プラスミド: PAG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7E1, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1043 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 3.3 to 3.7 M Na-formate, 0.1 M Na-acetate, 25 mM b-OG, 12-15 mg/ml protein, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mM1droppH7.0NaH2PO4
20.100 mMEDTA1drop
31 mMdithiothreitol1drop
410 %glycerol1drop
53.3-3.7 Msodium formate1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH3.5-4.5
725 mMbeta-octylglucoside prior1reservoir
812-15 mg/mlprotein1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月25日
放射プロトコル: MULTIPLE ANOMALOUS DIFFRACTION / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 75583 / Num. obs: 920967 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.334 / Num. unique all: 3137 / % possible all: 84.6
反射
*PLUS
Num. obs: 75583 / % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.6 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Structure Solved from a MAD Data Set Collected on the Se-methionine Substituted Enzyme
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 7460 10.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all-73916 --
obs-73916 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.1302 Å2 / ksol: 0.336959 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10344 0 181 1043 11568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1157 9.9 %
Rwork0.219 10481 -
obs--94.6 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.95
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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