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万見
- PDB-6unp: Crystal structure of the kinase domain of BMPR2-D485G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6unp
タイトルCrystal structure of the kinase domain of BMPR2-D485G
要素Bone morphogenetic protein receptor type-2
キーワードTRANSFERASE / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


semi-lunar valve development / activin receptor activity, type II / negative regulation of chondrocyte proliferation / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of lung blood pressure / pulmonary valve development / tricuspid valve morphogenesis / chondrocyte development / venous blood vessel development / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis ...semi-lunar valve development / activin receptor activity, type II / negative regulation of chondrocyte proliferation / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of lung blood pressure / pulmonary valve development / tricuspid valve morphogenesis / chondrocyte development / venous blood vessel development / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / aortic valve development / BMP binding / proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of muscle cell differentiation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of cartilage development / endocardial cushion development / maternal placenta development / endochondral bone morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity / lung vasculature development / lymphangiogenesis / mitral valve morphogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / BMP receptor activity / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of ossification / negative regulation of systemic arterial blood pressure / limb development / endothelial cell proliferation / anterior/posterior pattern specification / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / lung alveolus development / negative regulation of vasoconstriction / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of epithelial cell migration / blood vessel development / growth factor binding / outflow tract morphogenesis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / mesoderm formation / blood vessel remodeling / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization / clathrin-coated pit / cellular response to starvation / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / adherens junction / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cell growth / caveola / cellular response to growth factor stimulus / osteoblast differentiation / regulation of cell population proliferation / postsynaptic density / receptor complex / cadherin binding / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Bone morphogenetic protein receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Agnew, C. / Jura, N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for ALK2/BMPR2 receptor complex signaling through kinase domain oligomerization.
著者: Agnew, C. / Ayaz, P. / Kashima, R. / Loving, H.S. / Ghatpande, P. / Kung, J.E. / Underbakke, E.S. / Shan, Y. / Shaw, D.E. / Hata, A. / Jura, N.
履歴
登録2019年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone morphogenetic protein receptor type-2
B: Bone morphogenetic protein receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,82931
ポリマ－83,4442
非ポリマー2,38629
水1,69394
1
A: Bone morphogenetic protein receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,09714
ポリマ－41,7221
非ポリマー1,37513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bone morphogenetic protein receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,73317
ポリマ－41,7221
非ポリマー1,01116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.497, 138.497, 109.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEU(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA199 - 28733 - 121
12LYSLYSPROPRO(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA289 - 366123 - 200
13GLUGLUASPASP(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA376 - 396210 - 230
14GLUGLUPROPRO(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA398 - 425232 - 259
15SERSERGLNGLN(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA428 - 495262 - 329
16ALAALAGLUGLU(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA497 - 499331 - 333
17METMETLEULEU(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA501 - 504335 - 338
18METMETTRPTRP(chain 'A' and (resid 199 through 322 or (resid 323...AA506 - 508340 - 342
21ASPASPLEULEU(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB199 - 28733 - 121
22LYSLYSPROPRO(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB289 - 366123 - 200
23GLUGLUASPASP(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB376 - 396210 - 230
24GLUGLUPROPRO(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB398 - 425232 - 259
25SERSERGLNGLN(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB428 - 495262 - 329
26ALAALAGLUGLU(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB497 - 499331 - 333
27METMETLEULEU(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB501 - 504335 - 338
28METMETTRPTRP(chain 'B' and (resid 199 through 200 or (resid 201...BB506 - 508340 - 342

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bone morphogenetic protein receptor type-2 / BMPR-2 / Bone morphogenetic protein receptor type II / BMPR-II


分子量: 41721.828 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 変異: D485G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMPR2, PPH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13873, receptor protein serine/threonine kinase

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非ポリマー , 5種, 123分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.0, 0.3 M Ammonium sulfate, 22% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1111 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.99 Å / Num. obs: 54388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 48.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 2.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4391 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.838 / Rrim(I) all: 2.752 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G2F

3g2f


解像度: 2.3→49.99 Å / SU ML: 0.2619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8516
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 2714 5 %
Rwork0.1885 51613 -
obs0.1897 54327 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4747 0 136 94 4977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14296770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0597744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.33142955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.33871530.29342678X-RAY DIFFRACTION99.93
2.34-2.390.30071490.27612693X-RAY DIFFRACTION99.89
2.39-2.440.30421390.26532650X-RAY DIFFRACTION99.89
2.44-2.490.27651260.24612718X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.550.26371360.24392675X-RAY DIFFRACTION99.82
2.55-2.610.25781230.24282741X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.28691300.22992681X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.760.23351380.21962723X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.850.25031610.20892657X-RAY DIFFRACTION99.89
2.85-2.950.24821320.22282734X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.070.26471320.2212713X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.210.26511280.22612718X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.380.24531150.2182736X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.590.23421590.19852702X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.870.18951440.17412726X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.250.18641530.15682731X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.870.1641550.13832730X-RAY DIFFRACTION100
4.87-6.130.16851780.15912748X-RAY DIFFRACTION100
6.13-49.990.18261630.16712859X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.508963949953 Å / Origin y: 109.173767733 Å / Origin z: -3.2511274513 Å
111213212223313233
T0.397206591493 Å2-0.0391039993286 Å20.0424087008851 Å2-0.344603059271 Å2-0.0650614258133 Å2--0.303413851476 Å2
L0.573082213808 °2-0.0987500037487 °20.0911256803157 °2-2.56634336805 °2-0.471947350331 °2--0.58004998369 °2
S0.0043702101192 Å °0.108757785784 Å °-0.0254052622361 Å °-0.354211613713 Å °-0.00403543454805 Å °-0.112158250877 Å °-0.00468512335351 Å °0.0451772871278 Å °0.00821688766491 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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