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- PDB-6una: Crystal structure of inactive p38gamma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6una
タイトルCrystal structure of inactive p38gamma
要素Mitogen-activated protein kinase 12
キーワードTRANSFERASE / MAPK / mitogen activated protein kinase / p38 gamma / MAPK12 / inactive kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast differentiation / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / peptidase activator activity / positive regulation of muscle cell differentiation / muscle organ development / Myogenesis / negative regulation of cell cycle / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / p38MAPK events ...myoblast differentiation / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / peptidase activator activity / positive regulation of muscle cell differentiation / muscle organ development / Myogenesis / negative regulation of cell cycle / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / p38MAPK events / signal transduction in response to DNA damage / NOD1/2 Signaling Pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK cascade / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 12 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Mitogen-activated protein kinase 12 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.554 Å
データ登録者Aoto, P.C. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM75995 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: A Dynamic Switch in Inactive p38 gamma Leads to an Excited State on the Pathway to an Active Kinase.
著者: Aoto, P.C. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 12
B: Mitogen-activated protein kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2356
ポリマ－82,8592
非ポリマー3764
水81145
1
A: Mitogen-activated protein kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6183
ポリマ－41,4301
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6183
ポリマ－41,4301
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.032, 66.359, 68.568
Angle α, β, γ (deg.)115.270, 102.490, 96.830
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...
21(chain B and (resid 10 through 69 or resid 71...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYS(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA10 - 694 - 63
12ALAALALEULEU(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA71 - 17065 - 164
13PHEPHEGLYGLY(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA172 - 173166 - 167
14GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA10 - 3514 - 345
15GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA10 - 3514 - 345
16GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA10 - 3514 - 345
17GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA10 - 3514 - 345
18GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA10 - 3514 - 345
19GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 10 through 69 or resid 71...AA10 - 3514 - 345
21GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 10 through 69 or resid 71...BB10 - 694 - 63
22ALAALALEULEU(chain B and (resid 10 through 69 or resid 71...BB71 - 17065 - 164
23PHEPHEGLUGLU(chain B and (resid 10 through 69 or resid 71...BB172 - 318166 - 312
24PROPROPHEPHE(chain B and (resid 10 through 69 or resid 71...BB321 - 351315 - 345

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 12 / MAPK 12 / Extracellular signal-regulated kinase 6 / ERK-6 / Mitogen-activated protein kinase p38 ...MAPK 12 / Extracellular signal-regulated kinase 6 / ERK-6 / Mitogen-activated protein kinase p38 gamma / MAP kinase p38 gamma / Stress-activated protein kinase 3


分子量: 41429.500 Da / 分子数: 2 / 変異: Q31R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK12, ERK6, SAPK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P53778, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.7 / 詳細: 2.4M Ammonium sulfate, 50mM TRIS pH 7.7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03316 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→44.585 Å / Num. obs: 22388 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 42.33 Å2 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1051 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 0.53 / Rsym value: 0.37

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1cm8

1cm8


解像度: 2.554→44.585 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1112 4.97 %
Rwork0.1953 --
obs0.1978 22386 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.81 Å2 / Biso mean: 50.366 Å2 / Biso min: 19.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.554→44.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5339 0 22 45 5406
Biso mean--76.42 38.19 -
残基数----660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5847410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7523302
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3128X-RAY DIFFRACTION9.164TORSIONAL
12B3128X-RAY DIFFRACTION9.164TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.554-2.67020.34221230.2743241388
2.6702-2.8110.30951490.2456266898
2.811-2.98710.27361350.2464269998
2.9871-3.21770.31481370.2395266698
3.2177-3.54140.2751470.2026270498
3.5414-4.05350.22191400.1718269998
4.0535-5.10580.19131390.1553271099
5.1058-44.5850.22561420.1827271599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.2644 Å / Origin y: 7.1797 Å / Origin z: -38.1372 Å
111213212223313233
T0.1935 Å2-0.0011 Å2-0.0017 Å2-0.2159 Å20.0293 Å2--0.2815 Å2
L0.4255 °20.0114 °20.0494 °2-0.549 °20.498 °2--1.3625 °2
S0.0763 Å °0.03 Å °-0.0448 Å °0.0466 Å °-0.0054 Å °-0.0016 Å °0.0739 Å °-0.0287 Å °-0.0699 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 351
2X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 351
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 4
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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