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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6umh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of erenumab Fab-a | ||||||
![]() | (erenumab Fab ...) x 2 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Fragment antigen binding | ||||||
機能・相同性 | 1,3-PROPANDIOL / PHOSPHATE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mohr, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Insight into Recognition of the CGRPR Complex by Migraine Prevention Therapy Aimovig (Erenumab). 著者: Garces, F. / Mohr, C. / Zhang, L. / Huang, C.S. / Chen, Q. / King, C. / Xu, C. / Wang, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 346 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 293 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 4分子 HhLl
#1: 抗体 | 分子量: 25483.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 22827.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 294分子 ![](data/chem/img/PDO.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-PDO / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 50% MPD, 4% 1,3-propanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日 / 詳細: VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 58318 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 400151 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Χ2: 1 / Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.59 Å2 / Biso mean: 46.151 Å2 / Biso min: 13.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.152→2.207 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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