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- PDB-6umh: Crystal structure of erenumab Fab-a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6umh
タイトルCrystal structure of erenumab Fab-a
要素(erenumab Fab ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fragment antigen binding
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 1,3-PROPANDIOL / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Mohr, C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Molecular Insight into Recognition of the CGRPR Complex by Migraine Prevention Therapy Aimovig (Erenumab).
著者: Garces, F. / Mohr, C. / Zhang, L. / Huang, C.S. / Chen, Q. / King, C. / Xu, C. / Wang, Z.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: erenumab Fab heavy chain, IgG1
L: erenumab Fab light chain, IgG1
h: erenumab Fab heavy chain, IgG1
l: erenumab Fab light chain, IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,26422
ポリマ－96,6224
非ポリマー1,64318
水4,972276
1
H: erenumab Fab heavy chain, IgG1
L: erenumab Fab light chain, IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,22712
ポリマ－48,3112
非ポリマー91610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
2
h: erenumab Fab heavy chain, IgG1
l: erenumab Fab light chain, IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,03710
ポリマ－48,3112
非ポリマー7268
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.273, 55.913, 170.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HhLl

#1: 抗体 erenumab Fab heavy chain, IgG1


分子量: 25483.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 erenumab Fab light chain, IgG1


分子量: 22827.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 294分子

#3: 化合物
ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 50% MPD, 4% 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 58318 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 400151
反射 シェル

Χ2: 1 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.15-2.234.60.5572.3848310.8550.2840.62981.9
2.23-2.325.70.43857060.8970.1990.48396.4
2.32-2.4270.36759340.9570.1470.39599.6
2.42-2.557.20.29158880.9710.1160.31399.8
2.55-2.717.20.21259190.9850.0840.22899.9
2.71-2.927.30.14159220.9930.0560.151100
2.92-3.217.30.0959710.9960.0360.097100
3.21-3.677.30.05859690.9980.0230.063100
3.67-4.637.30.04260230.9990.0170.046100
4.63-307.20.04261550.9990.0170.045100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 11.299 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.176
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2238 2846 4.9 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1869 55470 97.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.59 Å2 / Biso mean: 46.151 Å2 / Biso min: 13.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0 Å2-0.17 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6683 0 96 276 7055
Biso mean--61.41 43.85 -
残基数----891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.969436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.707314742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33824.137249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.748151064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1911524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021521
LS精密化 シェル解像度: 2.152→2.207 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 168 -
Rwork0.255 3258 -
all-3426 -
obs--79.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63980.3160.32631.38211.48053.1486-0.04830.11430.01170.12010.00910.04790.0478-0.12360.03920.0647-0.0299-0.01340.13770.02250.0112-4.732-19.72756.836
20.71130.29970.05820.89460.31192.0738-0.11070.09590.01260.04420.16770.0627-0.16910.1896-0.0570.0796-0.0558-0.00060.2050.02510.01328.298-11.92752.067
30.6099-0.47410.45691.2776-1.32772.70260.00850.2064-0.05440.0581-0.1247-0.0192-0.1868-0.12040.11620.0656-0.0469-0.01920.3853-0.04210.01733.1012.04114.497
40.564-0.4741-0.09420.4853-0.3083.05840.0870.165-0.0046-0.0612-0.01970.0450.0449-0.7885-0.06720.0769-0.0871-0.00160.54280.01460.067518.502-2.58319.61
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2L2 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3h1 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4l2 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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