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- PDB-6uj8: Crystal structure of HLA-B*07:02 with wild-type IDH2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uj8
タイトルCrystal structure of HLA-B*07:02 with wild-type IDH2 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
  • Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-B7 / immunotherapy / IDH2 / MHC-I
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glial cell migration / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NADP+ biosynthetic process / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process ...negative regulation of glial cell migration / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NADP+ biosynthetic process / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / negative regulation of glial cell proliferation / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / NAD binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / peroxisome / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / carbohydrate metabolic process / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / mitochondrial matrix / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Miller, M.S. / Thirawatananond, P. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA062924 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA006973 米国
Department of Defense (DOD, United States)CDMRP BC151831 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural engineering of chimeric antigen receptors targeting HLA-restricted neoantigens.
著者: Hwang, M.S. / Miller, M.S. / Thirawatananond, P. / Douglass, J. / Wright, K.M. / Hsiue, E.H. / Mog, B.J. / Aytenfisu, T.Y. / Murphy, M.B. / Aitana Azurmendi, P. / Skora, A.D. / Pearlman, A.H. ...著者: Hwang, M.S. / Miller, M.S. / Thirawatananond, P. / Douglass, J. / Wright, K.M. / Hsiue, E.H. / Mog, B.J. / Aytenfisu, T.Y. / Murphy, M.B. / Aitana Azurmendi, P. / Skora, A.D. / Pearlman, A.H. / Paul, S. / DiNapoli, S.R. / Konig, M.F. / Bettegowda, C. / Pardoll, D.M. / Papadopoulos, N. / Kinzler, K.W. / Vogelstein, B. / Zhou, S. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,36118
ポリマ－98,8546
非ポリマー1,50812
水3,063170
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,43211
ポリマ－49,4273
非ポリマー1,0058
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9297
ポリマ－49,4273
非ポリマー5034
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.690, 70.480, 88.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain / MHC class I antigen B*7


分子量: 34609.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13732.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial / IDH / ICD-M / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 1085.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48735, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 182分子

#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M KI, 30% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979321 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.58 Å / Num. obs: 37664 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.078 % / Biso Wilson estimate: 46.168 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 10.44 / Num. measured all: 191270
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.314.660.6552.1312921278027730.7660.73599.7
2.31-2.375.240.5952.6314105269726920.7930.66299.8
2.37-2.445.2490.5023.1813788263726270.8410.55999.6
2.44-2.525.2210.4143.8513381256325630.9040.46100
2.52-2.65.2110.3534.4712939248524830.9230.39399.9
2.6-2.695.0950.2795.4112178239023900.9470.311100
2.69-2.794.9070.2286.6311272230522970.9590.25599.7
2.79-2.95.060.2027.6611207222322150.9690.22599.6
2.9-3.035.0240.1589.510766214421430.980.176100
3.03-3.185.3630.13511.4210973205120460.9860.1599.8
3.18-3.355.2980.11413.2210331195319500.990.12799.8
3.35-3.565.1770.09215.919531184818410.9920.10299.6
3.56-3.85.0320.07917.718691173217270.9930.08899.7
3.8-4.114.7330.06819.357620162116100.9930.07799.3
4.11-4.54.8860.05821.977353151515050.9950.06699.3
4.5-5.035.1890.05623.426876132413250.9960.063100
5.03-5.815.2140.05423.166298121712080.9950.0699.3
5.81-7.124.9940.05621.695054101310120.9950.06299.9
7.12-10.064.650.04224.0737438078050.9980.04799.8
10.06-47.584.9620.03825.7922434584520.9960.04398.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.517
最高解像度最低解像度
Rotation47.59 Å3.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UJ7

6uj7


解像度: 2.25→47.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.212 / SU ML: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.4141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.256
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 1884 5 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2179 35786 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.94 Å2 / Biso mean: 42.004 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å2-0.49 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6354 0 96 170 6620
Biso mean--66.86 42.63 -
残基数----772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0136616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.6638953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3241.58613445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9945766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.86121.296432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.965151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4841566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021514
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 139 -
Rwork0.312 2624 -
all-2763 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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