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Yorodumi- PDB-6ugw: Crystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ugw | |||||||||
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Title | Crystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot A | |||||||||
Components | PF-06438179/GP1111 Fc | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / biologic / biosimilar / infliximab / fragment crystallizable | |||||||||
Function / homology | Function and homology information immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. | |||||||||
Citation | Journal: BioDrugs / Year: 2020 Title: Crystal Structures of PF-06438179/GP1111, an Infliximab Biosimilar. Authors: Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Zou, Q. / Conlon, H.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ugw.cif.gz | 110.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ugw.ent.gz | 80.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ugw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ugw_validation.pdf.gz | 813.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ugw_full_validation.pdf.gz | 815.1 KB | Display | |
Data in XML | 6ugw_validation.xml.gz | 12.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6ugw_validation.cif.gz | 16.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ugsC 6ugtC 6uguC 6ugvC 6ugxC 6ugyC 4cdhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28361.252 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: LotA_Fc Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Mus musculus (house mouse) / References: UniProt: P0DOX5 | ||||||||
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#2: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10 mg/mL protein with JCSG+ E7 (266849e7): 10% 2-propanol, 200 mM zinc acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, puckID kux1-2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 19460 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.103 % / Biso Wilson estimate: 27.55 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 13.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4CDH Resolution: 2→50 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.45
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.46 Å2 / Biso mean: 42.2573 Å2 / Biso min: 13.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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