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万見
- PDB-6ugg: Structure of unmodified E. coli tRNA(Asp) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ugg
タイトルStructure of unmodified E. coli tRNA(Asp)
要素tRNAasp
キーワードRNA / tRNA RNA unmodified
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chan, C.W. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM058443 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35 GM118108 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)T32 GM008152 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)T32 GM008382 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of an unmodified bacterial tRNA reveal intrinsic structural flexibility and plasticity as general properties of unbound tRNAs.
著者: Chan, C.W. / Badong, D. / Rajan, R. / Mondragon, A.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNAasp
B: tRNAasp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6312
ポリマ－49,6312
非ポリマー00
水41423
1
A: tRNAasp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8161
ポリマ－24,8161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNAasp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8161
ポリマ－24,8161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.677, 64.677, 195.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 tRNAasp


分子量: 24815.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1710318528
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
解説: Clusters of arrow-like crystals. Single crystals excised from cluster.
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 uL 20 mg/ml E. coli tRNA(Asp) + 2 uL equilibration solution (50 mM sodium cacodylate, pH 7.5, 30% MPD, 10 mM spermine tetrahydrochloride, 300 mM sodium chloride, 300 mM potassium chloride) ...詳細: 2 uL 20 mg/ml E. coli tRNA(Asp) + 2 uL equilibration solution (50 mM sodium cacodylate, pH 7.5, 30% MPD, 10 mM spermine tetrahydrochloride, 300 mM sodium chloride, 300 mM potassium chloride) + 0.5 uL 0.25% w/v p-coumaric acid, 0.25% w/v phenylurea, 0.25% w/v poly(3-hydroxybutyric acid), 0.25% w/v sulfaguanidine, 0.02 M sodium HEPES, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Crystals were flash frozen directly in mother liquor with liquid nitrogen
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日 / 詳細: Monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.524
11-K, -H, -L20.476
反射解像度: 1.95→48.62 Å / Num. obs: 35638 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 30 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.056 Å / 冗長度: 33.7 % / Rmerge(I) obs: 2.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 55102 / CC1/2: 0.488 / Rpim(I) all: 0.468 / Rrim(I) all: 2.724 / % possible all: 50.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EHZ

1ehz


解像度: 1.95→48.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.442 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.035
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1469 4.7 %RANDOM
Rwork0.2154 ---
obs0.2164 30070 88.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.64 Å2 / Biso mean: 50.999 Å2 / Biso min: 22.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å20 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3----4.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3288 0 23 3311
Biso mean---36.61 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0113670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.851.285722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.29833662
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02822
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.502 13 -
Rwork0.286 262 -
all-275 -
obs--10.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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