PDB-6ufz: Crystal structure of a GH128 (subgroup I) endo-beta-1,3-glucanase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ufz

タイトル

Crystal structure of a GH128 (subgroup I) endo-beta-1,3-glucanase (E199Q mutant) from Amycolatopsis mediterranei (AmGH128_I)

要素

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE

機能・相同性

Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / Glycoside hydrolase superfamily / Asl1-like glycosyl hydrolase catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cordeiro, R.L. / Domingues, M.N. / Vieira, P.S. / Santos, C.R. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family.
著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...

履歴

登録	2019年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ufz.cif.gz	61.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ufz.ent.gz	42.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ufz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ufz_validation.pdf.gz	423 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ufz_full_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示
XML形式データ	6ufz_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	6ufz_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uaqC 6uarC 6uasC 6uatC 6uauC 6uavC 6uawC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub6C 6ub7C 6ub8C 6ubaC 6ubbC 6ubcC 6ubdC 6uflC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uau-d 4ws0-d 6uaq-d 6ufl-d 1jy5-1 1anb-d 1j16-d 3nq2-1 3nfc-3 5mos-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.877, 75.378, 79.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glyco_hydro_cc domain-containing protein 分子量: 27916.943 Da / 分子数: 1 / 変異: E199Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0FQ07
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 17237 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2658 / CC_1/2: 0.702 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→37.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	862	5.001 %
R_work	0.212	-	-
obs	-	17235	98.2 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.918 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.072 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.989 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1793	0	0	113	1906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.728	1.645	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.444	1.567	3766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.027	5	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.653	20.86	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.506	15	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.558	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.262	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.147	2.197	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.148	2.197	953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.905	3.285	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.905	3.285	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.267	2.315	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.267	2.315	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.039	3.428	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.038	3.428	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.901-1.95	0.315	60	0.341	1146	0.34	1260	0.764	0.7	95.7143	0.332
1.95-2.003	0.532	59	0.389	1128	0.397	1242	0.533	0.604	95.5717	0.389
2.003-2.061	0.298	60	0.316	1126	0.315	1203	0.699	0.629	98.5869	0.297
2.061-2.124	0.292	58	0.268	1113	0.269	1187	0.785	0.787	98.6521	0.241
2.124-2.194	0.276	56	0.237	1053	0.239	1123	0.858	0.855	98.7533	0.207
2.194-2.27	0.293	54	0.217	1040	0.22	1106	0.805	0.879	98.915	0.188
2.27-2.356	0.264	53	0.214	1004	0.217	1066	0.9	0.883	99.1557	0.185
2.356-2.451	0.227	51	0.201	959	0.202	1022	0.916	0.9	98.8258	0.165
2.451-2.56	0.324	50	0.181	944	0.188	1007	0.872	0.919	98.709	0.148
2.56-2.684	0.252	45	0.187	871	0.19	930	0.895	0.911	98.4946	0.153
2.684-2.829	0.267	45	0.213	843	0.216	904	0.874	0.906	98.2301	0.18
2.829-2.999	0.221	42	0.177	812	0.179	871	0.915	0.935	98.0482	0.15
2.999-3.205	0.223	40	0.164	757	0.167	805	0.941	0.952	99.0062	0.137
3.205-3.46	0.233	38	0.184	709	0.186	754	0.926	0.946	99.0716	0.163
3.46-3.787	0.195	34	0.185	663	0.186	708	0.955	0.953	98.4463	0.17
3.787-4.228	0.276	32	0.175	595	0.18	637	0.925	0.955	98.4301	0.161
4.228-4.872	0.189	29	0.155	545	0.157	583	0.954	0.966	98.4563	0.148
4.872-5.942	0.218	24	0.192	464	0.193	495	0.957	0.951	98.5859	0.175
5.942-8.301	0.219	19	0.233	372	0.232	396	0.953	0.941	98.7374	0.214
8.301-37.689	0.365	13	0.251	229	0.257	253	0.91	0.941	95.6522	0.269

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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