PDB-6ufu: C2 symmetric peptide design number 1, Zappy, crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ufu

タイトル

C2 symmetric peptide design number 1, Zappy, crystal form 1

要素

C2-1, Zappy, crystal form 1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / 2-fold symmetric / L and D-amino acids

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.101 Å

Model details

S2 symmetric cyclic peptide

データ登録者

Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry.
著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D.

履歴

登録	2019年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ufu.cif.gz	15.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ufu.ent.gz	10.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ufu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ufu_validation.pdf.gz	409.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ufu_full_validation.pdf.gz	409.2 KB	表示
XML形式データ	6ufu_validation.xml.gz	2.7 KB	表示
CIF形式データ	6ufu_validation.cif.gz	2.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ucxC 6ud9C 6udrC 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf7C 6uf8C 6uf9C 6ufaC 6ug2C 6ug3C 6ug6C 6ugbC 6ugcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uao-d 7m2b-d 6udr-1 1ay3-d 1ao2-d 6nm3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C2-1, Zappy, crystal form 1

1.02 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	8.700, 23.870, 27.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	C2-1, Zappy, crystal form 1 分子量: 1021.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ab initio design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid, pH 5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→17.94 Å / Num. obs: 2079 / % possible obs: 80.7 % / 冗長度: 11.134 % / B_iso Wilson estimate: 8.975 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.933 / Net I/σ(I): 29.89

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.1-1.13	12.267	0.122	16.02	45	0.996	0.128	25.6
1.13-1.16	9.15	0.112	14.64	60	0.994	0.119	35.7
1.16-1.19	10.208	0.099	18.29	96	0.995	0.105	53
1.19-1.23	11.713	0.104	20.54	129	0.996	0.109	73.7
1.23-1.27	11.147	0.1	21.5	150	0.998	0.105	92.6
1.27-1.32	11.027	0.095	21.92	149	0.998	0.1	97.4
1.32-1.37	10.486	0.092	21.09	144	0.996	0.096	94.7
1.37-1.42	12.267	0.078	26.88	135	0.998	0.082	84.9
1.42-1.49	12.352	0.083	25.12	125	0.999	0.087	83.3
1.49-1.56	11.96	0.072	29.56	126	0.999	0.076	99.2
1.56-1.64	11.68	0.079	29.21	128	0.998	0.083	96.2
1.64-1.74	11.336	0.063	32.87	116	0.996	0.066	85.9
1.74-1.86	11.446	0.054	35.53	112	0.998	0.057	98.2
1.86-2.01	10.51	0.054	36.74	104	0.999	0.056	92
2.01-2.2	11.175	0.048	42.15	103	0.999	0.05	92
2.2-2.46	11.216	0.046	45.93	88	0.999	0.049	100
2.46-2.84	10.915	0.044	47.22	94	0.998	0.046	100
2.84-3.48	9.955	0.044	44.98	67	0.998	0.046	95.7
3.48-4.93	10.246	0.038	50.36	65	0.999	0.04	94.2
4.93-17.94	7.93	0.046	38.66	43	0.995	0.05	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20180808	データ削減
XSCALE	20180808	データスケーリング
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.101→17.935 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.994 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.992 / SU B: 0.525 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.0769	206	10.01 %
R_work	0.0656	-	-
all	0.067	-	-
obs	-	2058	80.769 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.059 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.064 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.123 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.101→17.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	70	0	0	8	78

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	74
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	67
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.777	1.597	105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.481	1.521	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.417	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.824	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	85
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.054	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.086	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.352	0.396	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.324	0.394	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.448	0.603	53
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.448	0.602	54
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.69	0.518	32
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.682	0.519	33
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.806	0.734	51
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.798	0.736	52
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	0.823	6.334	86
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	0.82	6.347	87
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.799	3	141

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.101-1.13	0.05	4	0.115	41	0.11	176	0.962	0.98	25.5682	0.104
1.13-1.161	0.101	6	0.104	54	0.104	167	0.966	0.978	35.9281	0.075
1.161-1.194	0.111	10	0.07	85	0.075	177	0.983	0.989	53.6723	0.065
1.194-1.231	0.112	13	0.072	115	0.075	174	0.982	0.99	73.5632	0.07
1.231-1.271	0.1	14	0.072	134	0.075	161	0.992	0.992	91.9255	0.068
1.271-1.315	0.111	15	0.08	133	0.083	152	0.989	0.989	97.3684	0.068
1.315-1.365	0.1	15	0.084	132	0.086	155	0.989	0.99	94.8387	0.078
1.365-1.42	0.098	13	0.066	118	0.069	154	0.991	0.993	85.0649	0.063
1.42-1.483	0.088	12	0.065	108	0.068	146	0.991	0.993	82.1918	0.062
1.483-1.555	0.111	13	0.061	117	0.066	131	0.994	0.995	99.2366	0.06
1.555-1.638	0.049	12	0.067	113	0.065	130	0.997	0.994	96.1538	0.066
1.638-1.736	0.118	12	0.055	103	0.061	132	0.989	0.996	87.1212	0.058
1.736-1.855	0.031	11	0.06	101	0.056	115	0.998	0.996	97.3913	0.065
1.855-2.002	0.115	10	0.055	91	0.06	110	0.99	0.996	91.8182	0.059
2.002-2.19	0.065	10	0.059	92	0.06	111	0.994	0.997	91.8919	0.066
2.19-2.444	0.052	9	0.056	80	0.056	89	0.997	0.997	100	0.066
2.444-2.814	0.041	9	0.056	79	0.055	88	0.997	0.997	100	0.065
2.814-3.425	0.045	7	0.069	66	0.067	75	0.997	0.996	97.3333	0.081
3.425-4.758	0.049	7	0.048	54	0.048	65	0.998	0.998	93.8462	0.059
4.758-17.935	0.155	4	0.107	36	0.112	40	0.994	0.994	100	0.122

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関連情報:EMDBヘッダ

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