PDB-6ufl: Crystal structure of a GH128 (subgroup I) endo-beta-1,3-glucanase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ufl

タイトル

Crystal structure of a GH128 (subgroup I) endo-beta-1,3-glucanase (E199Q mutant) from Amycolatopsis mediterranei (AmGH128_I) in the complex with laminarihexaose

要素

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE

機能・相同性

Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / Glycoside hydrolase superfamily / Asl1-like glycosyl hydrolase catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Cordeiro, R.L. / Domingues, M.N. / Vieira, P.S. / Santos, C.R. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family.
著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...

履歴

登録	2019年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2020年8月5日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ufl.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ufl.ent.gz	48.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ufl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ufl_validation.pdf.gz	717.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ufl_full_validation.pdf.gz	720 KB	表示
XML形式データ	6ufl_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6ufl_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uaqC 6uarC 6uasC 6uatC 6uauC 6uavC 6uawC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub6C 6ub7C 6ub8C 6ubaC 6ubbC 6ubcC 6ubdC 6ufzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uau-d 6uat-d 6ufz-d 6uaq-d 3nq2-1 6uar-d 4p7g-3 6z9h-1 6uas-d 4ws7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.096, 77.757, 46.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

分子量: 27916.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0FQ07

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% (w/v) Polyethylene glycol 3.350, 0.2 M Potassium Thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 32212 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.61→1.71 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4967 / CC_1/2: 0.835 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→45.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	1611	5.001 %
R_work	0.187	-	-
obs	-	32211	94 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	1.319 Å²
2-	-	-0.515 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.528 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→45.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1813	0	67	262	2142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.063	1.699	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.211	1.617	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.208	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.315	20.532	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.975	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.656	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.033	0.02	457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.444	2.09	975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.359	2.082	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.163	3.127	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.135	3.126	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.845	2.201	986
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.844	2.201	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.718	3.254	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.783	3.252	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.611-1.653	0.269	109	0.256	2063	0.257	2533	0.813	0.821	85.7481	0.24
1.653-1.698	0.233	114	0.231	2177	0.231	2448	0.87	0.867	93.5866	0.21
1.698-1.747	0.262	112	0.22	2129	0.222	2384	0.868	0.879	94.0017	0.193
1.747-1.801	0.264	111	0.215	2095	0.218	2338	0.851	0.887	94.3541	0.187
1.801-1.86	0.27	106	0.212	2023	0.215	2243	0.885	0.899	94.9175	0.179
1.86-1.925	0.261	105	0.211	1990	0.214	2201	0.891	0.909	95.184	0.18
1.925-1.998	0.255	98	0.193	1875	0.196	2079	0.909	0.921	94.9014	0.166
1.998-2.079	0.202	97	0.193	1838	0.194	2019	0.94	0.934	95.8395	0.168
2.079-2.171	0.255	92	0.199	1750	0.201	1931	0.898	0.922	95.391	0.175
2.171-2.277	0.252	90	0.198	1695	0.201	1875	0.916	0.922	95.2	0.176
2.277-2.4	0.215	82	0.172	1576	0.174	1750	0.946	0.95	94.7429	0.153
2.4-2.545	0.233	81	0.178	1540	0.181	1717	0.934	0.945	94.4089	0.161
2.545-2.72	0.224	74	0.185	1388	0.187	1553	0.912	0.939	94.1404	0.174
2.72-2.937	0.25	69	0.188	1316	0.191	1469	0.918	0.94	94.2818	0.184
2.937-3.216	0.219	63	0.19	1198	0.191	1350	0.928	0.94	93.4074	0.187
3.216-3.594	0.231	59	0.179	1117	0.182	1227	0.942	0.962	95.8435	0.189
3.594-4.145	0.232	52	0.161	987	0.165	1088	0.948	0.961	95.4963	0.175
4.145-5.066	0.125	43	0.156	827	0.154	917	0.978	0.97	94.8746	0.183
5.066-7.121	0.233	34	0.174	645	0.177	712	0.947	0.95	95.3652	0.201
7.121-45.467	0.246	20	0.181	370	0.184	424	0.938	0.946	91.9811	0.208

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