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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ufa | |||||||||
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タイトル | S4 symmetric peptide design number 1, Tim zinc-bound form | |||||||||
要素 | S4-1, Tim, Zinc-bound form | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / cyclic peptide (環状ペプチド) / centrosymmetric macrocycle / L and D-amino acids | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.77 Å | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
データ登録者 | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020 タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. 著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ufa.cif.gz | 31 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ufa.ent.gz | 23 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ufa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ucxC 6ud9C 6udrC 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf7C 6uf8C 6uf9C 6ufuC 6ug2C 6ug3C 6ug6C 6ugbC 6ugcC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2907.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ab initio design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.79 % / 解説: square plate |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES, pH 7, 0.5% (w/v) Jeffamine ED-2003 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.7293 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.7293 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.77→20.88 Å / Num. obs: 46103 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 3.597 % / Biso Wilson estimate: 7.559 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 15.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.77→20.001 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / WRfactor Rfree: 0.137 / WRfactor Rwork: 0.13 / SU B: 0.08 / SU ML: 0.003 / Average fsc free: 0.9909 / Average fsc work: 0.9917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.008 / ESU R Free: 0.009 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.627 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.77→20.001 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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