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- PDB-6uf8: S2 symmetric peptide design number 6, London Bridge -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uf8
タイトルS2 symmetric peptide design number 6, London Bridge
要素S2-6, London Bridge
キーワードDE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / centrosymmetric macrocycle / L- and D-amino acids
機能・相同性polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.8 Å
Model detailsS2 symmetric cyclic peptide
データ登録者Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry.
著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S2-6, London Bridge


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3741
ポリマ－1,3741
非ポリマー00
水21612
1
A: S2-6, London Bridge

A: S2-6, London Bridge


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7492
ポリマ－2,7492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x+2/3,-y+1/3,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)32.720, 32.720, 25.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number148
Space group name H-MH-3
Space group name Hall-R3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: -x,-y,-z
#5: y,-x+y,-z
#6: x-y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: -x+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: y+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: x-y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: -x+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: y+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: x-y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-112-

HOH

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要素

#1: Polypeptide(D) S2-6, London Bridge


分子量: 1374.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ab initio design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The asymmetric unit contains half of the molecule. The second half is generated by a ...The asymmetric unit contains half of the molecule. The second half is generated by a crystallographic symmetry operator.
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40% (v/v) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.8→18.93 Å / Num. obs: 10306 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.695 % / Biso Wilson estimate: 9.919 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 18.88
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
0.8-0.822.2110.282.544740.9090.36460.8
0.82-0.843.0580.21147630.9560.25796.7
0.84-0.873.2980.1475.47270.9850.17697.2
0.87-0.893.4930.0987.877180.9920.11698.2
0.89-0.924.0510.0889.747010.9930.10299.7
0.92-0.964.340.07411.966620.9950.08499.3
0.96-0.995.2960.06815.316900.9970.075100
0.99-1.035.4770.0618.136200.9960.06799.2
1.03-1.085.7130.05621.456170.9970.06299.5
1.08-1.136.040.05423.025680.9980.05999.8
1.13-1.196.0190.0523.965380.9970.05598.5
1.19-1.276.9910.0526.685290.9950.055100
1.27-1.357.3950.04828.045010.9980.05299.8
1.35-1.468.5990.04631.284440.9990.04998
1.46-1.610.1550.04736.384330.9990.049100
1.6-1.799.8590.05136.733700.9990.053100
1.79-2.079.0120.05135.513390.9980.05498.8
2.07-2.539.5960.05837.972850.9960.062100
2.53-3.587.9580.06234.422140.9920.06898.2
3.58-18.936.0620.06729.641130.9880.07695

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20170923データ削減
XSCALE20170923データスケーリング
PHENIX1.16-3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.8→16.36 Å / SU ML: 0.0591 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.2647
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1483 1019 9.9 %
Rwork0.1458 --
obs0.146 10290 96.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.8→16.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48 0 0 12 60
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.412985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.52729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.8-0.840.31381190.28331074X-RAY DIFFRACTION78.02
0.84-0.90.15961490.15921340X-RAY DIFFRACTION97.7
0.9-0.960.13271530.13131369X-RAY DIFFRACTION99.54
0.96-1.060.09081530.10621379X-RAY DIFFRACTION99.48
1.06-1.210.09861540.09511386X-RAY DIFFRACTION99.42
1.21-1.530.12811370.11211363X-RAY DIFFRACTION99.34
1.53-16.360.17441540.1751360X-RAY DIFFRACTION98.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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