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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uf4 | |||||||||
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タイトル | S2 symmetric peptide design number 4 crystal form 2, Pugsley | |||||||||
![]() | S2-4, Pusgley crystal form 2 | |||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / centrosymmetric macrocycle / L and D-amino acids | |||||||||
機能・相同性 | polypeptide(D)![]() | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
![]() | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. 著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 16 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 388.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 388.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ucxC ![]() 6ud9C ![]() 6udrC ![]() 6udwC ![]() 6udzC ![]() 6uf7C ![]() 6uf8C ![]() 6uf9C ![]() 6ufaC ![]() 6ufuC ![]() 6ug2C ![]() 6ug3C ![]() 6ug6C ![]() 6ugbC ![]() 6ugcC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: Polypeptide(D) | 分子量: 1120.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ab initio design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | The asymmetric unit contains half of the molecule. The second half is generated by a ...The asymmetric unit contains half of the molecule. The second half is generated by a crystallographic symmetry operator. | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.1→16.033 Å / Num. obs: 5355 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.815 % / Biso Wilson estimate: 0.68 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 19.14 / Num. measured all: 31141 / Scaling rejects: 200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→16.033 Å / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.63 / 位相誤差: 5.41
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 6.5 Å2 / Biso mean: 1.178 Å2 / Biso min: 0.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.1→16.033 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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