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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6udr | |||||||||
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タイトル | S2 symmetric peptide design number 3 crystal form 1, Lurch | |||||||||
要素 | S2-3, Lurch crystal form 1 | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / centrosymmetric macrocycle / L and D-amino acids | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1 Å | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
データ登録者 | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020 タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. 著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6udr.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6udr.ent.gz | 6.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6udr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6udr_validation.pdf.gz | 385.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6udr_full_validation.pdf.gz | 385.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6udr_validation.xml.gz | 1.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6udr_validation.cif.gz | 1.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6udr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6udr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ucxC 6ud9C 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf7C 6uf8C 6uf9C 6ufaC 6ufuC 6ug2C 6ug3C 6ug6C 6ugbC 6ugcC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1215.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | Crystallographic symmetry operator -x,-y,-z generates the C-terminal half of the cyclic peptide ...Crystallographic symmetry operator -x,-y,-z generates the C-terminal half of the cyclic peptide Q(DTH)(DAR)(DPR)(DAS) |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M trisodium citrate, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→11.52 Å / Num. obs: 2461 / % possible obs: 75 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.17 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Num. measured all: 1742 / Num. unique obs: 515 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 62 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1→11.52 Å / SU ML: 0.0451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.19 / 位相誤差: 7.6413
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 1.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→11.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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