[日本語] English
万見
- PDB-6ucd: The crystal structure of Staphylococcus aureus super antigen-like... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ucd
タイトルThe crystal structure of Staphylococcus aureus super antigen-like protein SSL10
要素Exotoxin
キーワードTOXIN / Complement coagulation / IgG / Staphylococcus aureus / immune evasion
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / Enterotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Exotoxin / Staphylococcal superantigen-like 10
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Patel, D. / Young, P.G. / Bunker, R.D. / Baker, E.N. / Fraser, J.D.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)12/1111 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Staphylococcus aureus super antigen-like protein SSL10
著者: Patel, D. / Hou, W. / Langley, R.J. / Young, P.G. / Ivanovic, I. / Bunker, R.D. / Baker, E.N. / Fraser, J.D.
履歴
登録2019年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Exotoxin
B: Exotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5302
ポリマ－46,5302
非ポリマー00
水00
1
A: Exotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2651
ポリマ－23,2651
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2651
ポリマ－23,2651
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.550, 91.550, 46.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Exotoxin / Superantigen-like protein / Superantigen-like protein SSL10 / exotoxin 14


分子量: 23265.064 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-227 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tst, set14_2, BTN44_10650, EP54_13120, ER624_09120, HMPREF3211_02406, M1K003_2331, NCTC10654_00508, NCTC13131_05891, RK64_02640
プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A0A0D6W7J6, UniProt: Q2G2X7*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG1500, 8% MPD, 0.1 M Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月16日
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→64.74 Å / Num. obs: 8204 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1139 / CC1/2: 0.44 / Rpim(I) all: 0.385 / Rrim(I) all: 0.683 / % possible all: 87.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1V1O

1v1o


解像度: 2.85→45.78 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: TWIN DETAILS NUMBER OF TWIN DOMAINS : 2 TWIN DOMAIN : 1 TWIN OPERATOR : H, K, L TWIN FRACTION : 0.486 TWIN DOMAIN : 2 TWIN OPERATOR : -K, -H, -L TWIN FRACTION : 0.514
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 413 5 %Random
Rwork0.246 ---
obs0.248 7778 88.86 %-
原子変位パラメータBiso max: 78.95 Å2 / Biso mean: 37.304 Å2 / Biso min: 16.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2733 0 0 0 2733
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 35 5 %
Rwork0.322 543 -
obs--85.63 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る