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- PDB-5azy: Crystal structure of p24delta1 GOLD domain (Native 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5azy
タイトルCrystal structure of p24delta1 GOLD domain (Native 2)
要素Transmembrane emp24 domain-containing protein 10
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GPI-anchored protein / p24 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle targeting, to, from or within Golgi / COPI-coated vesicle budding / protein localization to ERGIC / cytosol to ERGIC protein transport / vesicle targeting / COPI-coated vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Cargo concentration in the ER / gamma-secretase complex ...vesicle targeting, to, from or within Golgi / COPI-coated vesicle budding / protein localization to ERGIC / cytosol to ERGIC protein transport / vesicle targeting / COPI-coated vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Cargo concentration in the ER / gamma-secretase complex / zymogen granule membrane / regulation of amyloid-beta formation / COPII-mediated vesicle transport / regulated exocytosis / positive regulation of interleukin-1 production / trans-Golgi network transport vesicle / response to alkaloid / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / syntaxin binding / transport vesicle membrane / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein transmembrane transporter activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / positive regulation of protein secretion / intracellular protein transport / kidney development / melanosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane emp24 domain-containing protein / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / GOLD domain / GOLD domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane emp24 domain-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nagae, M. / Yamaguchi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
MEXT25121738 日本
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: 3D Structure and Interaction of p24 beta and p24 delta Golgi Dynamics Domains: Implication for p24 Complex Formation and Cargo Transport
著者: Nagae, M. / Hirata, T. / Morita-Matsumoto, K. / Theiler, R. / Fujita, M. / Kinoshita, T. / Yamaguchi, Y.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 10
B: Transmembrane emp24 domain-containing protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9465
ポリマ－22,6922
非ポリマー2543
水55831
1
A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6004
ポリマ－11,3461
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transmembrane emp24 domain-containing protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3461
ポリマ－11,3461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.798, 77.354, 41.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane emp24 domain-containing protein 10 / 21 kDa transmembrane-trafficking protein / Transmembrane protein Tmp21 / p24 family protein delta-1 ...21 kDa transmembrane-trafficking protein / Transmembrane protein Tmp21 / p24 family protein delta-1 / p24delta1


分子量: 11345.822 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tmed10, Tmp21 / プラスミド: pCOLD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63584
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 20574 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 56.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AZX

5azx


解像度: 1.8→33.471 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 1044 5.16 %Random selection
Rwork0.2329 ---
obs0.2354 20217 97.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.471 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1499 0 14 31 1544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8752072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.714917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.89490.2781450.24612740X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-2.01360.29021430.22492736X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.16910.2951620.2192744X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.38730.25011420.23492785X-RAY DIFFRACTION100
2.3873-2.73260.29671510.24872781X-RAY DIFFRACTION100
2.7326-3.44230.29461590.23872831X-RAY DIFFRACTION100
3.4423-33.47690.26961420.22592556X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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