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- PDB-6ubi: N123-VRC34.05 HIV neutralizing antibody in complex with HIV fusio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ubi
タイトルN123-VRC34.05 HIV neutralizing antibody in complex with HIV fusion peptide residue 512-519
要素
  • HIV fusion peptide 512-519
  • VRC34.05 heavy chain
  • VRC34.05 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV / neutralizing / antibody / fusion peptide / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / immunoglobulin complex / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / immunoglobulin complex / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / immune response / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Xu, K. / Liu, K. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: VRC34-Antibody Lineage Development Reveals How a Required Rare Mutation Shapes the Maturation of a Broad HIV-Neutralizing Lineage.
著者: Shen, C.H. / DeKosky, B.J. / Guo, Y. / Xu, K. / Gu, Y. / Kilam, D. / Ko, S.H. / Kong, R. / Liu, K. / Louder, M.K. / Ou, L. / Zhang, B. / Chao, C.W. / Corcoran, M.M. / Feng, E. / Huang, J. / ...著者: Shen, C.H. / DeKosky, B.J. / Guo, Y. / Xu, K. / Gu, Y. / Kilam, D. / Ko, S.H. / Kong, R. / Liu, K. / Louder, M.K. / Ou, L. / Zhang, B. / Chao, C.W. / Corcoran, M.M. / Feng, E. / Huang, J. / Normandin, E. / O'Dell, S. / Ransier, A. / Rawi, R. / Sastry, M. / Schmidt, S.D. / Wang, S. / Wang, Y. / Chuang, G.Y. / Doria-Rose, N.A. / Lin, B. / Zhou, T. / Boritz, E.A. / Connors, M. / Douek, D.C. / Karlsson Hedestam, G.B. / Sheng, Z. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VRC34.05 heavy chain
B: VRC34.05 light chain
C: HIV fusion peptide 512-519
D: VRC34.05 heavy chain
E: VRC34.05 light chain
F: HIV fusion peptide 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0066
ポリマ－97,0066
非ポリマー00
水15,547863
1
A: VRC34.05 heavy chain
B: VRC34.05 light chain
C: HIV fusion peptide 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5033
ポリマ－48,5033
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
2
D: VRC34.05 heavy chain
E: VRC34.05 light chain
F: HIV fusion peptide 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5033
ポリマ－48,5033
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.933, 44.278, 125.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain B
22chain E
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 213
211chain DD1 - 214
112chain BB1 - 212
212chain EE1 - 212
113chain CC512 - 519
213chain FF512 - 519

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 VRC34.05 heavy chain


分子量: 24404.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 抗体 VRC34.05 light chain


分子量: 23366.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX0
#3: タンパク質・ペプチド HIV fusion peptide 512-519


分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7, 30% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67167 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.609 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 229936
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.932.70.38127090.8150.2510.4580.95378.4
1.93-1.972.80.38928450.8130.2550.4670.98482.8
1.97-2.012.90.3530590.830.2280.4191.04388.1
2.01-2.0530.35531440.8440.2310.4251.10491.8
2.05-2.093.10.31632720.8880.2020.3771.15194.5
2.09-2.143.20.30433640.9010.1930.3611.23597
2.14-2.193.30.28334000.920.1780.3351.23698.3
2.19-2.253.40.2734260.9330.1680.3191.32199.4
2.25-2.323.50.2634710.9340.160.3051.32599.8
2.32-2.393.60.25234240.9340.1550.2971.378100
2.39-2.483.70.23134740.9490.140.2711.41399.9
2.48-2.583.70.21534740.9460.130.2511.53899.9
2.58-2.73.70.18634770.9610.1130.2181.58699.9
2.7-2.843.70.16134610.9710.0970.1881.70599.9
2.84-3.023.70.13734970.9740.0830.1611.828100
3.02-3.253.70.11634800.9820.0710.1361.95599.8
3.25-3.583.70.10134990.9820.0620.1192.30499.8
3.58-4.093.60.08535300.990.0520.0992.35399.7
4.09-5.163.60.07235150.990.0450.0852.42299.4
5.16-503.50.06636460.9910.0420.0792.07698.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.903→41.724 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 3402 5.07 %
Rwork0.2367 63719 -
obs0.2394 67121 95.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.96 Å2 / Biso mean: 24.4095 Å2 / Biso min: 7.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.903→41.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6664 0 0 863 7527
Biso mean---29.51 -
残基数----875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1659257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9742437
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1902X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
12D1902X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
21B1927X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
22E1927X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
31C54X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
32F54X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9032-1.93040.3333980.2948194270
1.9304-1.95920.33311090.2976219281
1.9592-1.98980.34741360.2922234585
1.9898-2.02240.32681300.2776244288
2.0224-2.05730.31911360.2885250392
2.0573-2.09470.32231530.2783259194
2.0947-2.1350.3321620.2827263296
2.135-2.17860.31671490.2697267898
2.1786-2.22590.30411420.2696273499
2.2259-2.27770.31281510.2658267799
2.2777-2.33470.26881390.24882809100
2.3347-2.39780.31221530.2582729100
2.3978-2.46830.35411310.25212796100
2.4683-2.5480.32271420.26682729100
2.548-2.6390.30611390.26222762100
2.639-2.74470.38851240.27722799100
2.7447-2.86960.31951540.26342741100
2.8696-3.02080.29851560.24842773100
3.0208-3.210.27631670.23412759100
3.21-3.45770.26861450.21632780100
3.4577-3.80550.29741390.21032807100
3.8055-4.35570.24391700.19522761100
4.3557-5.48570.22571320.1786284399
5.4857-41.720.23531450.212289599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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