PDB-6ub6: Crystal structure of a GH128 (subgroup IV) endo-beta-1,3-glucanas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ub6

タイトル

Crystal structure of a GH128 (subgroup IV) endo-beta-1,3-glucanase from Lentinula edodes (LeGH128_IV) in complex with laminaritetraose

要素

Endo-beta-1,3-glucanase

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE

機能・相同性

fungal-type cell wall polysaccharide metabolic process / : / Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / fungal-type cell wall / Glycoside hydrolase superfamily / beta-laminaribiose / Endo-beta-1,3-glucanase

機能・相同性情報

生物種

Lentinula edodes (シイタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Santos, C.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family.
著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...

履歴

登録	2019年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2020年8月5日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ub6.cif.gz	73.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ub6.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ub6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ub6_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ub6_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6ub6_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	6ub6_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6ub6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6ub6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uaqC 6uarC 6uasC 6uatC 6uauC 6uavC 6uawC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub7C 6ub8C 6ubaC 6ubbC 6ubcC 6ubdC 6uflC 6ufzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ub5-d 6ub4-2 3zpy-2 6ub2-3 1dt5-4 4q68-d 6ub2-1 6ub3-1 6ub3-2 1trd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endo-beta-1,3-glucanase

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.871, 47.678, 52.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Endo-beta-1,3-glucanase

分子量: 28780.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lentinula edodes (シイタケ) / 遺伝子: glu1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9M5R4

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate 5% dioxane 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.03318 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 58956 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 10.54
反射シェル	解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique obs: 9283 / CC_1/2: 0.659 / R_rim(I) all: 1.302 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→49.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	2927	5 %
R_work	0.174	-	-
obs	-	58538	99.6 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.199 Å²	0 Å²	0.448 Å²
2-	-	-0.811 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.218 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→49.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1897	0	69	383	2349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.684	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.072	1.604	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.282	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.707	24.643	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.474	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.406	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.768	1.3	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.768	1.3	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.13	1.954	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.13	1.955	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.095	1.361	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.094	1.361	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.585	2.016	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.584	2.016	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.251-1.283	0.392	213	0.36	4054	0.361	4306	0.642	0.627	99.0943	0.377
1.283-1.318	0.314	210	0.309	3996	0.309	4216	0.78	0.792	99.7628	0.307
1.318-1.357	0.263	204	0.25	3870	0.25	4074	0.839	0.848	100	0.244
1.357-1.398	0.281	199	0.259	3780	0.26	3982	0.85	0.843	99.9247	0.249
1.398-1.444	0.26	194	0.251	3686	0.251	3885	0.857	0.873	99.8713	0.239
1.444-1.495	0.227	185	0.249	3523	0.248	3714	0.903	0.891	99.8384	0.231
1.495-1.551	0.24	179	0.209	3402	0.21	3586	0.904	0.917	99.8606	0.19
1.551-1.614	0.194	175	0.18	3311	0.18	3486	0.943	0.945	100	0.161
1.614-1.686	0.185	166	0.175	3157	0.175	3324	0.951	0.952	99.9699	0.152
1.686-1.768	0.187	161	0.166	3053	0.167	3215	0.952	0.955	99.9689	0.143
1.768-1.864	0.17	149	0.155	2848	0.156	3000	0.956	0.961	99.9	0.132
1.864-1.977	0.206	142	0.193	2696	0.193	2897	0.919	0.927	97.9634	0.162
1.977-2.113	0.179	135	0.156	2555	0.157	2702	0.956	0.964	99.5559	0.137
2.113-2.282	0.169	125	0.147	2383	0.148	2533	0.965	0.968	99.013	0.129
2.282-2.499	0.152	115	0.13	2188	0.131	2312	0.973	0.975	99.6107	0.118
2.499-2.793	0.165	106	0.131	2009	0.133	2115	0.965	0.975	100	0.124
2.793-3.224	0.153	93	0.137	1760	0.138	1854	0.972	0.973	99.9461	0.134
3.224-3.944	0.164	78	0.135	1494	0.136	1586	0.967	0.976	99.1173	0.138
3.944-5.56	0.103	62	0.12	1175	0.119	1238	0.987	0.982	99.9192	0.131
5.56-49.248	0.295	36	0.217	671	0.221	715	0.91	0.923	98.8811	0.216

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)