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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uaw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a GH128 (subgroup II) endo-beta-1,3-glucanase from Pseudomonas viridiflava (PvGH128_II) in complex with laminaritriose | |||||||||
要素 | Glyco_hydro_cc domain-containing protein | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / Glycoside hydrolase superfamily / Glyco_hydro_cc domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas viridiflava (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Murakami, M.T. | |||||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family. 著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. / Junior, A.T. / Souza, B.P. / Prates, E.T. / Gozzo, F.C. / Persinoti, G.F. / Skaf, M.S. / Murakami, M.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uaw.cif.gz | 126.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uaw.ent.gz | 96.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uaw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uaw_validation.pdf.gz | 753.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uaw_full_validation.pdf.gz | 753.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6uaw_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uaw_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/6uaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/6uaw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6uaqC 6uarC 6uasC 6uatC 6uauC 6uavSC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub6C 6ub7C 6ub8C 6ubaC 6ubbC 6ubcC 6ubdC 6uflC 6ufzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32102.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas viridiflava (バクテリア) 遺伝子: CFBP1590__2373 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y6JJH6 | ||||
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#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.58 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: bis-tris 0.1 M ammonium sulfate 2 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.23986 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.23986 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→27.18 Å / Num. obs: 36122 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.39 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.36 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique obs: 5890 / CC1/2: 0.838 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6UAV 解像度: 1.5→27.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.164 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.079 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.14 Å2 / Biso mean: 18.233 Å2 / Biso min: 9.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→27.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 34.3102 Å / Origin y: 14.3576 Å / Origin z: 19.9688 Å
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