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- PDB-5gp1: Crystal structure of ZIKV NS5 Methyltransferase in complex with G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gp1
タイトルCrystal structure of ZIKV NS5 Methyltransferase in complex with GTP and SAH
要素RNA-directed RNA polymerase NS5
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase GTP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / molecular adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Vaccinia Virus protein VP39 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GTA / NICKEL (II) ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.444 Å
データ登録者Zhang, C. / Jin, T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structure of the NS5 methyltransferase from Zika virus and implications in inhibitor design
著者: Zhang, C. / Feng, T. / Cheng, J. / Li, Y. / Yin, X. / Zeng, W. / Jin, X. / Li, Y. / Guo, F. / Jin, T.
履歴
登録2016年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
B: RNA-directed RNA polymerase NS5
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,47818
ポリマ－89,1363
非ポリマー4,34315
水1,26170
1
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3648
ポリマ－29,7121
非ポリマー1,6527
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
2
B: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0765
ポリマ－29,7121
非ポリマー1,3644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
3
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0395
ポリマ－29,7121
非ポリマー1,3274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.770, 123.770, 119.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase NS5 / NS5 Methyltransferase


分子量: 29711.910 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 2524-2785 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9A910, UniProt: A0A024B7W1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 85分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GTA / P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / 7-METHYL-GPPPA / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-三りん酸Oγ-(5′-アデノシル)


分子量: 787.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O17P3
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M (NH4)2SO4, 10% PEG 8000, 0.1M SPG buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 38127 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.444→48.892 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.78 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 3957 5.3 %
Rwork0.2369 --
obs0.2389 37348 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.444→48.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6098 0 272 70 6440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1843799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039936
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4462-2.48840.3721680.31913021X-RAY DIFFRACTION79
2.4884-2.53360.44281880.3313561X-RAY DIFFRACTION95
2.5336-2.58230.45941980.33693608X-RAY DIFFRACTION95
2.5823-2.6350.3782000.33363497X-RAY DIFFRACTION94
2.635-2.69230.37491980.31543569X-RAY DIFFRACTION94
2.6923-2.75490.28822020.29243545X-RAY DIFFRACTION94
2.7549-2.82380.33041920.30333582X-RAY DIFFRACTION94
2.8238-2.90010.34621900.2793520X-RAY DIFFRACTION95
2.9001-2.98540.30591970.26093595X-RAY DIFFRACTION94
2.9854-3.08170.30251970.27163572X-RAY DIFFRACTION94
3.0817-3.19180.34321980.2533578X-RAY DIFFRACTION95
3.1918-3.31950.33891990.2483563X-RAY DIFFRACTION95
3.3195-3.47040.2531920.23493548X-RAY DIFFRACTION95
3.4704-3.65320.27312040.22643588X-RAY DIFFRACTION94
3.6532-3.88190.23331980.21563559X-RAY DIFFRACTION95
3.8819-4.18120.22012120.20133544X-RAY DIFFRACTION94
4.1812-4.60110.25641950.1853595X-RAY DIFFRACTION95
4.6011-5.26510.26412060.18493555X-RAY DIFFRACTION94
5.2651-6.62660.23921980.22653572X-RAY DIFFRACTION95
6.6266-35.73310.20542030.21213563X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2041-0.1196-0.42040.3940.77641.73280.0254-0.1328-0.04160.07820.06930.01030.18670.2961-0.06260.5358-0.1791-0.09850.60940.12780.230349.9847126.11048.0064
27.3629-7.25043.08578.6957-2.9332.43630.60050.0818-0.0738-0.7714-0.30540.57080.1387-1.5461-0.28530.5330.09020.0011.021-0.03040.262436.1027140.6828-7.9962
30.70940.31770.67330.72610.83091.21620.048-0.02720.0103-0.2355-0.15770.1395-0.0137-0.47940.05780.5736-0.0314-0.05970.71460.07530.178936.3548128.2223-17.5535
40.16860.36210.1690.99750.20773.37640.08180.06750.0751-0.4056-0.15380.32070.1371-0.77320.04320.4919-0.0018-0.10541.06710.0620.331427.5659126.6279-18.2312
50.377-0.4242-0.21910.51750.04381.87260.04910.0987-0.1365-0.2072-0.20420.28860.3468-1.0770.140.6744-0.1787-0.05390.92410.00040.266431.5238115.5983-10.0078
60.29450.0588-0.01021.0723-0.09970.86240.01460.09870.0252-0.1744-0.0750.03950.0915-0.13160.06140.462-0.0239-0.03350.60210.08680.132545.2997119.8068-8.7172
70.01670.0328-0.09290.28150.02980.70970.00320.007-0.0207-0.0152-0.02690.04520.0646-0.1525-0.07530.4057-0.01990.05260.52130.08970.105138.7421156.57319.3792
80.75120.5278-0.91131.6353-0.13631.5356-0.03680.23810.0094-0.28350.05310.0873-0.072-0.5193-0.02040.31910.07080.05790.78510.03870.218326.0629164.441513.5129
90.132-0.01530.02130.13830.15010.1728-0.0060.01870.00670.0426-0.03510.0026-0.0774-0.0405-0.03890.4267-0.00260.02950.45260.06850.080445.427169.7666.2244
103.1804-1.3278-0.76770.99110.78410.8875-0.0251-0.36560.1083-0.05180.1203-0.02210.05150.2707-0.11060.492-0.07560.04320.50970.03580.147342.0029148.44512.5593
110.16390.0372-0.41540.0093-0.11061.2013-0.065-0.0306-0.09530.0189-0.0299-0.00370.33890.1111-0.07610.5352-0.0674-0.04720.47430.10570.147469.3347147.811228.9379
120.32360.1292-0.21810.9675-1.7143.03570.0233-0.0521-0.187-0.0918-0.02020.05760.5963-0.3959-0.03560.5756-0.1522-0.04510.49490.03750.177455.9064145.738328.9325
130.1295-0.0361-0.16160.02740.06580.3277-0.063-0.06690.00060.07820.0289-0.0077-0.00960.0013-0.03020.4441-0.018-0.04330.43760.06810.097862.6101161.805628.2773
143.82230.9715-0.07492.5258-1.12630.69630.1946-0.0744-0.04650.0675-0.5335-0.22020.34550.63730.35860.86330.0149-0.15770.37980.02670.258578.9085148.751629.22
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 46 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 85 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 127 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 128 through 153 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 154 through 265 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 6 through 103 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 104 through 145 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 146 through 245 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 246 through 265 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 4 through 103 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 104 through 171 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 172 through 242 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 243 through 264 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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