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- PDB-6u7b: Structure of E. coli MS115-1 CdnC:HORMA-deltaN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u7b
タイトルStructure of E. coli MS115-1 CdnC:HORMA-deltaN complex
要素
  • E. coli MS115-1 CdnC
  • bacHORMA_1 domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / second-messenger signaling / cGAS / CD-NTase / HORMA domain / closure motif
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / nucleotide metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / double-stranded RNA binding / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial HORMA domain 1 / Bacterial HORMA domain family 1 / : / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Bacterial HORMA domain-containing protein / Cyclic AMP-AMP-AMP synthase / CD-NTase-associated protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Ye, Q. / Corbett, K.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity.
著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E. coli MS115-1 CdnC
B: bacHORMA_1 domain-containing protein
C: E. coli MS115-1 CdnC
D: bacHORMA_1 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,49314
ポリマ－112,7314
非ポリマー76210
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.286, 142.897, 151.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 E. coli MS115-1 CdnC


分子量: 36217.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
遺伝子: HMPREF9540_01758 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y2H2
#2: タンパク質 bacHORMA_1 domain-containing protein


分子量: 20148.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BHS87_27760, EPS97_06770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X1LKT4, UniProt: D7Y2H3*PLUS

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非ポリマー , 5種, 393分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 0.1 M magnesium acetate, and 17% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→151.16 Å / Num. obs: 67360 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 43.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.305 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4202 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 0.537 / Rrim(I) all: 1.414 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P80

6p80


解像度: 2.09→103.84 Å / SU ML: 0.2581 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.6294
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 3269 4.86 %
Rwork0.2052 63975 -
obs0.2065 67244 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→103.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7805 0 47 383 8235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00268030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.628310879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03961175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.34134786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.130.32281450.3072456X-RAY DIFFRACTION90.25
2.13-2.160.321460.28022757X-RAY DIFFRACTION99.97
2.16-2.190.26161280.26982764X-RAY DIFFRACTION99.9
2.19-2.230.31931450.2652734X-RAY DIFFRACTION99.76
2.23-2.270.29851580.25052781X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.320.29631440.24332705X-RAY DIFFRACTION99.82
2.32-2.360.26261600.23052785X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.420.24841320.22742764X-RAY DIFFRACTION99.9
2.42-2.470.26211400.2212738X-RAY DIFFRACTION99.72
2.47-2.530.22511410.22532779X-RAY DIFFRACTION99.79
2.53-2.60.29781650.22652759X-RAY DIFFRACTION99.97
2.6-2.680.31161310.23792751X-RAY DIFFRACTION99.9
2.68-2.760.28741540.22922811X-RAY DIFFRACTION99.93
2.76-2.860.23311360.21992767X-RAY DIFFRACTION99.93
2.86-2.980.25891410.22492788X-RAY DIFFRACTION99.97
2.98-3.110.28351400.22562790X-RAY DIFFRACTION99.93
3.11-3.280.28731490.22362807X-RAY DIFFRACTION99.73
3.28-3.480.23711130.2072840X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.750.21241270.192824X-RAY DIFFRACTION99.9
3.75-4.130.17021400.17362812X-RAY DIFFRACTION99.8
4.13-4.730.18051400.15912872X-RAY DIFFRACTION99.8
4.73-5.960.19471230.18552898X-RAY DIFFRACTION99.83
5.96-103.840.21211710.20062993X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.103628972742.94665693565-1.157942628943.64145412522-1.29814407050.939331001138-0.08333050191120.121851531452-0.118959760615-0.4345572415160.07524650595630.1844982244370.150590613194-0.123814149343-0.01817304658740.4548792979410.102704191825-0.009940469971550.3873888067130.06408187672750.422677177359-47.547281897420.440613730162.930831421
22.652423392950.447147427938-1.555308033312.642409820870.3135175357063.172939820180.135629558507-0.3753437684430.2826017106970.1430710068320.1487202483040.0158325235364-0.1667180345740.456746561589-0.2000898243560.3103738128820.04906183840790.02328976152870.379985693743-0.04461082707390.264553854041-18.851678417250.179551661850.8033805261
31.78141652964-1.11080272351-0.6861564873992.533736382570.7847959745030.814578953971-0.023322380723-0.189279841342-0.129792758940.1026699006210.0716646457317-0.0836622735020.06351747019150.0817319312473-0.04849455775120.279496677712-0.0388798834534-0.01681250528930.3094692958110.04167665574230.24266863048811.929333451424.252929116113.5941561685
43.35241548261-0.331094967822-0.7316912532552.9351480662-0.1233532998752.82644503210.1036035780290.1078962551860.443752784272-0.09551076761020.119883282120.0417748578687-0.256434572433-0.149331994809-0.1692516224240.326765858241-0.008100261774930.04090298736210.3234655983280.0170766516590.331830651844-17.246385792651.44466719629.085213836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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