PDB-6u77: yGsy2p in complex with small molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u77

タイトル

yGsy2p in complex with small molecule

要素

Glycogen [starch] synthase isoform 2

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Inhibitor / Glycogen Synthase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Glycogen synthesis / glycogen binding / glycogen(starch) synthase / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / glycogen granule / glycogen biosynthetic process / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Tang, B. / Hurley, T.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Development of Small-Molecule Inhibitors of Glycogen Synthase.
著者: Tang, B. / Frasinyuk, M.S. / Chikwana, V.M. / Mahalingan, K.K. / Morgan, C.A. / Segvich, D.M. / Bondarenko, S.P. / Mrug, G.P. / Wyrebek, P. / Watt, D.S. / DePaoli-Roach, A.A. / Roach, P.J. / Hurley, T.D.

履歴

登録	2019年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u77.cif.gz	997.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u77.ent.gz	838.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u77_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u77_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	6u77_validation.xml.gz	82.2 KB	表示
CIF形式データ	6u77_validation.cif.gz	111.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nb0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kq2-d 5ux7-d 5suk-d 5uw4-d 4kq1-d 5uw1-d 4kqm-d 5uw0-d 3nb0-d 5vnc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycogen [starch] synthase isoform 2

B: Glycogen [starch] synthase isoform 2

C: Glycogen [starch] synthase isoform 2

D: Glycogen [starch] synthase isoform 2

ヘテロ分子

323 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.257, 206.557, 205.035
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	GLU	GLU	5	A	A	2 - 16	2 - 16
2	1	1	SER	SER	GLU	GLU	5	B	B	2 - 16	2 - 16
3	1	1	SER	SER	GLU	GLU	5	C	C	2 - 16	2 - 16
4	1	1	SER	SER	GLU	GLU	5	D	D	2 - 16	2 - 16
1	2	1	ARG	ARG	ASN	ASN	4	A	A	20 - 50	20 - 50
2	2	1	ARG	ARG	ASN	ASN	4	B	B	20 - 50	20 - 50
3	2	1	ARG	ARG	ASN	ASN	4	C	C	20 - 50	20 - 50
4	2	1	ARG	ARG	ASN	ASN	4	D	D	20 - 50	20 - 50
1	3	1	MET	MET	LEU	LEU	4	A	A	73 - 125	73 - 125
2	3	1	MET	MET	LEU	LEU	4	B	B	73 - 125	73 - 125
3	3	1	MET	MET	LEU	LEU	4	C	C	73 - 125	73 - 125
4	3	1	MET	MET	LEU	LEU	4	D	D	73 - 125	73 - 125
1	4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	4	A	A	134 - 201	134 - 201
2	4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	4	B	B	134 - 201	134 - 201
3	4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	4	C	C	134 - 201	134 - 201
4	4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	4	D	D	134 - 201	134 - 201
1	5	1	TYR	TYR	PHE	PHE	4	A	A	228 - 276	228 - 276
2	5	1	TYR	TYR	PHE	PHE	4	B	B	228 - 276	228 - 276
3	5	1	TYR	TYR	PHE	PHE	4	C	C	228 - 276	228 - 276
4	5	1	TYR	TYR	PHE	PHE	4	D	D	228 - 276	228 - 276
1	6	1	LYS	LYS	ASP	ASP	4	A	A	600 - 620	600 - 620
2	6	1	LYS	LYS	ASP	ASP	4	B	B	600 - 620	600 - 620
3	6	1	LYS	LYS	ASP	ASP	4	C	C	600 - 620	600 - 620
4	6	1	LYS	LYS	ASP	ASP	4	D	D	600 - 620	600 - 620
1	1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	5	A	A	299 - 598	299 - 598
2	1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	5	B	B	299 - 598	299 - 598
3	1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	5	C	C	299 - 598	299 - 598
4	1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	5	D	D	299 - 598	299 - 598

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.993125, 0.095326, 0.067943), (0.051587, 0.877399, -0.47698), (-0.105081, -0.470196, -0.876284)	-83.554947, -17.292629, -89.875648
3	given	(-0.823509, -0.185922, -0.535971), (-0.202896, -0.785755, 0.584314), (-0.529779, 0.589934, 0.609354)	-104.368568, 17.675579, -39.503361
4	given	(0.867235, 0.129232, 0.480835), (0.108736, -0.991576, 0.070384), (0.48588, -0.008756, -0.873982)	15.81744, 3.76523, -69.141167
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(-0.990532, 0.132963, -0.034175), (0.121128, 0.729282, -0.673406), (-0.064615, -0.671169, -0.738483)	-87.257637, -28.21595, -88.181519
7	given	(-0.872978, -0.180513, -0.453127), (-0.195351, -0.72184, 0.663916), (-0.446931, 0.668103, 0.594887)	-103.091843, 20.53537, -37.70916
8	given	(0.871954, 0.053419, 0.486665), (0.0522, -0.998507, 0.016076), (0.486798, 0.011387, -0.873441)	18.23221, -0.72018, -69.698936

#1: タンパク質

Glycogen [starch] synthase isoform 2

分子量: 80199.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GSY2, YLR258W, L8479.8 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27472, glycogen(starch) synthase

#2: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#3: 化合物

ChemComp-VMC / 2-methoxy-4-(1-{2-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]ethyl}-4-phenyl-1H-imidazol-5-yl)phenol

分子量: 377.479 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.9 and 13-15% PEG300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→145.52 Å / Num. obs: 95326 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 5.7 % / Num. unique obs: 4703 / CC_1/2: 0.857 / R_pim(I) all: 0.347 / R_rim(I) all: 0.843 / Χ²: 0.887 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NB0

3nb0

解像度: 2.85→145.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 36.36 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.948 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2593	4888	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1988	-	-	-
obs	0.2018	90409	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.44 Å² / B_iso mean: 84.811 Å² / B_iso min: 42.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.74 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→145.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20528	0	164	0	20692
B_iso mean	-	-	88.85	-	-
残基数	-	-	-	-	2546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	21199
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	19453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.424	1.954	28731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3	44989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.339	5	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.806	23.563	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.047	15	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.329	15	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	23560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4587

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3617	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
1	2	B	3617	MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
1	3	C	3617	MEDIUM POSITIONAL	0.46	0.5
1	4	D	3617	MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
1	1	A	144	LOOSE POSITIONAL	0.63	5
1	2	B	144	LOOSE POSITIONAL	0.59	5
1	3	C	144	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
1	4	D	144	LOOSE POSITIONAL	0.84	5
1	1	A	3617	MEDIUM THERMAL	9.79	2
1	2	B	3617	MEDIUM THERMAL	12.31	2
1	3	C	3617	MEDIUM THERMAL	7.02	2
1	4	D	3617	MEDIUM THERMAL	18.55	2
1	1	A	144	LOOSE THERMAL	5.23	10
1	2	B	144	LOOSE THERMAL	14.54	10
1	3	C	144	LOOSE THERMAL	6.13	10
1	4	D	144	LOOSE THERMAL	18.35	10
2	1	A	1768	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	2	B	1768	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
2	3	C	1768	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	4	D	1768	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	A	2926	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
2	2	B	2926	LOOSE POSITIONAL	0.67	5
2	3	C	2926	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
2	4	D	2926	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
2	1	A	1768	MEDIUM THERMAL	9.5	2
2	2	B	1768	MEDIUM THERMAL	6.63	2
2	3	C	1768	MEDIUM THERMAL	9.2	2
2	4	D	1768	MEDIUM THERMAL	6.33	2
2	1	A	2926	LOOSE THERMAL	9.85	10
2	2	B	2926	LOOSE THERMAL	6.82	10
2	3	C	2926	LOOSE THERMAL	9.82	10
2	4	D	2926	LOOSE THERMAL	6.83	10

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.919 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	374	-
R_work	0.334	6481	-
obs	-	-	98.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3147	-0.2047	0.1947	0.1892	-0.16	0.4451	-0.0679	-0.0981	-0.0302	0.0085	0.0686	-0.0095	-0.0039	-0.0911	-0.0007	0.0607	0.0167	-0.0056	0.0735	-0.004	0.0599	-24.7525	-23.849	-21.2512
2	0.1312	0.2198	0.1196	0.7338	0.2311	0.1992	-0.0272	-0.0244	0.0471	-0.0842	0.019	0.1923	-0.0077	-0.0081	0.0083	0.021	-0.0088	-0.027	0.03	-0.0153	0.1697	-66.1464	-31.0305	-55.4669
3	0.2283	-0.2939	-0.0653	0.6068	0.0128	0.097	0.0345	0.0543	-0.0558	0.0187	-0.0029	0.1261	-0.0064	-0.0163	-0.0317	0.054	0.0177	-0.0567	0.0479	0.0221	0.149	-67.6754	28.2667	-55.2703
4	0.4018	0.0361	0.0019	0.1458	0.0525	0.1503	-0.0097	0.1421	0.103	-0.0141	0.005	-0.0258	0.0022	0.0248	0.0046	0.0493	0.0133	0.0096	0.0807	0.0363	0.0899	-15.1352	20.853	-63.1605

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 901
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 901
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 901
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 901

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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