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Yorodumi- PDB-5ux7: Activated state yeast Glycogen Synthase in complex with UDP-xylose -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ux7 | ||||||
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Title | Activated state yeast Glycogen Synthase in complex with UDP-xylose | ||||||
Components | Glycogen [starch] synthase isoform 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycogen Synthase / UDP-xylose / complex / sugar | ||||||
Function / homology | Function and homology information Glycogen synthesis / glycogen(starch) synthase / glycogen (starch) synthase activity / glycogen biosynthetic process / molecular function inhibitor activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.69 Å | ||||||
Authors | Mahalingan, K.K. / Hurley, T.D. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Activated state yeast Glycogen Synthase in complex with UDP-xylose Authors: Mahalingan, K.K. / Hurley, T.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ux7.cif.gz | 1011.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ux7.ent.gz | 849.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ux7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 81819.602 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: GSY2, YLR258W, L8479.8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P27472, glycogen(starch) synthase #2: Chemical | #3: Sugar | ChemComp-G6P / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 64.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 25 - 30 % Peg 300, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.4, 25 mM G-6-P, 10 mM UDP-xylose PH range: 6.1-6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 3, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.69→145.5 Å / Num. obs: 105353 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.9 % / Net I/σ(I): 20.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.69→145.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 26.576 / SU ML: 0.253 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.544 / ESU R Free: 0.3 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 79.441 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.69→145.3 Å
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Refine LS restraints |
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