PDB-4kqm: Crystal structure of yeast glycogen synthase E169Q mutant in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kqm

タイトル

Crystal structure of yeast glycogen synthase E169Q mutant in complex with glucose and UDP

要素

Gsy2p

キーワード

TRANSFERASE / Glucosyltransferase / Rossmann fold / GT-B

機能・相同性

機能・相同性情報

Glycogen synthesis / glycogen binding / glycogen(starch) synthase / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / glycogen granule / glycogen biosynthetic process / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Chikwana, V.M. / Hurley, T.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for 2'-phosphate incorporation into glycogen by glycogen synthase.
著者: Chikwana, V.M. / Khanna, M. / Baskaran, S. / Tagliabracci, V.S. / Contreras, C.J. / Depaoli-Roach, A. / Roach, P.J. / Hurley, T.D.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4kqm.ent.gz	860.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kqm_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kqm_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	4kqm_validation.xml.gz	85.5 KB	表示
CIF形式データ	4kqm_validation.cif.gz	114.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/4kqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/4kqm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4kq1C 4kq2C 3nb0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kq2-d 5uw1-d 4kq1-d 5ux7-d 3nb0-d 5uw4-d 5uw0-d 6u77-d 5vnc-d 5suk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Gsy2p

B: Gsy2p

C: Gsy2p

D: Gsy2p

ヘテロ分子

332 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.710, 204.443, 206.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	2 - 205
2	1	1	4	B	2 - 205
3	1	1	4	C	2 - 205
4	1	1	4	D	2 - 205
1	2	1	4	A	208 - 278
2	2	1	4	B	208 - 278
3	2	1	4	C	208 - 278
4	2	1	4	D	208 - 278
1	3	1	4	A	599 - 639
2	3	1	4	B	599 - 639
3	3	1	4	C	599 - 639
4	3	1	4	D	599 - 639
1	1	2	4	A	279 - 598
2	1	2	4	B	279 - 598
3	1	2	4	C	279 - 598
4	1	2	4	D	279 - 598

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Gsy2p 分子量: 82231.969 Da / 分子数: 4 / 変異: E169Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutant E169Q 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: strain ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FOSTERSO_3265, GSY2 YLR258W L8479.8 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7NKU1, UniProt: P27472*PLUS

#1: タンパク質

Gsy2p

分子量: 82231.969 Da / 分子数: 4 / 変異: E169Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutant E169Q
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: strain ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FOSTERSO_3265, GSY2 YLR258W L8479.8 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7NKU1, UniProt: P27472*PLUS

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#5: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#6: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 16% PEG 300, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 102826 / Num. obs: 102312 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 63.81039 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.8	6.3	0.495	5090	1.171	1	100
2.8-2.85	6.3	0.458	5102	1.222	1	100
2.85-2.9	6.3	0.399	5087	1.186	1	100
2.9-2.96	6.3	0.363	5097	1.099	1	100
2.96-3.03	6.3	0.308	5126	1.055	1	100
3.03-3.1	6.3	0.272	5070	1.003	1	100
3.1-3.17	6.3	0.228	5108	1.084	1	100
3.17-3.26	6.2	0.192	5140	0.892	1	100
3.26-3.36	6.2	0.164	5067	1.067	1	99.9
3.36-3.46	6.2	0.144	5126	1.004	1	99.9
3.46-3.59	6.2	0.128	5111	0.971	1	99.8
3.59-3.73	6.2	0.119	5092	1.039	1	99.7
3.73-3.9	6.2	0.111	5131	1.006	1	99.7
3.9-4.11	6.2	0.099	5126	0.974	1	99.5
4.11-4.36	6.2	0.095	5085	1.042	1	99.4
4.36-4.7	6.2	0.09	5150	1.011	1	99.4
4.7-5.17	6.2	0.09	5108	1.042	1	99.2
5.17-5.92	6.1	0.087	5149	1.029	1	99
5.92-7.46	6	0.07	5161	1.007	1	98.4
7.46-50	5.6	0.058	5186	1.009	1	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3NB0

3nb0

解像度: 2.77→48.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 25.257 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.701 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2411	5074	5 %	RANDOM
R_work	0.2007	-	-	-
obs	0.2027	102101	98.68 %	-
all	-	103467	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.3 Å² / B_iso mean: 68.2819 Å² / B_iso min: 32.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.38 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	9.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→48.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20603	0	216	0	20819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	21324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.956	28903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.37	5	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.216	23.498	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.839	15	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.347	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	16297

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2528	MEDIUM POSITIONAL	0.43	0.5
1	2	B	2528	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
1	3	C	2528	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
1	4	D	2528	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
1	1	A	2528	MEDIUM THERMAL	4.82	2
1	2	B	2528	MEDIUM THERMAL	8.69	2
1	3	C	2528	MEDIUM THERMAL	5.67	2
1	4	D	2528	MEDIUM THERMAL	8.22	2
2	1	A	2598	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
2	2	B	2598	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
2	3	C	2598	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
2	4	D	2598	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
2	1	A	2598	MEDIUM THERMAL	2.17	2
2	2	B	2598	MEDIUM THERMAL	2.4	2
2	3	C	2598	MEDIUM THERMAL	2.32	2
2	4	D	2598	MEDIUM THERMAL	2.08	2

LS精密化シェル

解像度: 2.768→2.84 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	359	-
R_work	0.279	6544	-
all	-	6903	-
obs	-	-	91.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4724	-0.063	-0.4427	3.4405	0.5289	2.6689	0.0964	1.0331	0.9991	-0.8933	0.027	-0.2037	-0.7651	0.0564	-0.1234	0.8328	0.0824	0.134	0.2098	0.2401	0.5239	77.1341	67.5167	141.6572
2	2.8708	-1.0869	0.2486	2.0899	0.3185	1.3413	0.2806	0.3301	0.0071	-0.073	-0.0083	-0.3254	-0.1276	0.4487	-0.2724	0.4756	0.0891	0.0099	0.4005	0.07	0.4828	80.0918	50.6217	146.7869
3	1.0687	-0.2174	0.7458	0.3341	-0.1796	0.9067	0.0444	0.0766	-0.2215	-0.0323	0.046	-0.0681	0.1911	0.2494	-0.0904	0.5329	0.1542	-0.0368	0.3374	-0.0678	0.664	59.5578	37.4718	111.8038
4	0.6886	0.7187	1.2197	0.8538	1.1351	2.9491	0.1196	-0.1647	-0.1033	0.0712	-0.1131	0.0362	0.1208	-0.2723	-0.0065	0.5578	0.1677	-0.0886	0.3695	0.0654	0.6172	61.1504	40.3775	144.2442
5	5.1073	-0.2011	1.4472	4.0499	-0.4453	2.2543	-0.4704	-0.5766	0.9378	0.8372	0.0492	-1.1481	-0.3402	-0.0354	0.4212	0.5232	0.0152	-0.4073	0.0789	-0.085	1.004	28.9096	105.2138	86.2858
6	2.5272	-1.1372	0.3188	2.4396	-0.1678	0.664	-0.1071	0.3482	0.5771	-0.1604	-0.0956	-0.242	-0.2618	0.1073	0.2027	0.4336	0.0047	-0.0397	0.0653	0.1032	0.7013	18.9009	99.5837	72.6217
7	0.9268	-0.3693	0.3224	0.6072	-0.2464	0.8097	0.0115	0.0416	-0.0683	-0.0718	0.0731	-0.0347	0.1149	-0.0525	-0.0846	0.4402	0.0254	-0.0021	0.1706	-0.0439	0.497	23.4965	58.5775	85.8175
8	1.154	-0.5298	0.1669	3.7998	0.0053	0.6665	0.0128	0.5985	0.4471	-0.5249	-0.0573	-0.5773	-0.041	0.1336	0.0445	0.4785	0.0228	0.1027	0.3385	0.165	0.6261	29.6151	82.262	64.0816
9	4.6607	0.5614	0.2212	3.5456	0.1758	2.9169	0.1427	-0.93	-1.0837	0.4656	-0.2047	0.002	0.7206	0.1109	0.0619	0.4764	0.0281	0.0875	0.2592	0.2566	0.6013	63.9979	25.2319	65.1168
10	5.1135	0.8111	-0.2486	2.0256	0.4672	1.4868	0.0024	-0.3304	-0.4481	-0.1132	0.0883	-0.3135	0.1659	0.4774	-0.0908	0.4169	0.1606	0.0429	0.3904	0.0378	0.4117	74.2892	37.3682	57.0473
11	0.7502	-0.1607	-0.4924	0.1806	0.248	1.1481	-0.0196	-0.0273	0.0784	0.0316	0.0848	-0.1143	-0.0856	0.4091	-0.0652	0.4586	0.0212	0.014	0.4156	-0.0928	0.6182	65.0932	60.4132	90.0036
12	0.5524	-0.2774	-0.1554	2.0541	1.8254	2.4122	0.0107	0.0826	0.1234	-0.3036	-0.1428	0.1099	-0.3083	0.0698	0.1322	0.4732	0.025	0.063	0.4515	-0.0167	0.4921	63.2551	55.8959	58.6306
13	3.6255	-0.5909	-0.2195	4.3876	0.844	2.2841	-0.0207	0.5033	-0.9521	-0.6752	0.0795	0.1532	0.3273	-0.2198	-0.0588	1.0635	-0.3673	0.0776	0.2533	-0.0741	1.019	6.0112	16.5413	117.9623
14	3.0261	-0.0001	0.8539	1.8487	0.6031	0.9973	-0.0784	-0.5477	-0.5709	0.3749	-0.0661	0.6435	0.5337	-0.6421	0.1445	0.8828	-0.3933	0.1374	0.6282	0.1749	1.0064	1.7474	25.4139	132.2947
15	1.2427	0.0241	-0.4118	0.2597	-0.0141	1.2864	-0.0241	-0.2	-0.0131	0.0204	0.0538	-0.0571	0.0122	-0.1031	-0.0297	0.4498	0.0591	-0.0267	0.2083	-0.0254	0.4938	24.5672	59.7326	117.7317
16	1.7391	0.7306	-0.1099	1.9695	-0.1895	1.5767	-0.1213	-0.5492	-0.6598	0.4057	0.0873	-0.196	0.5818	-0.319	0.034	0.7099	-0.0053	0.016	0.548	0.2287	0.6656	19.7219	35.734	139.3985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	141 - 277
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	278 - 533
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	534 - 639
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 140
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	141 - 277
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	278 - 533
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	534 - 639
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 141
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	142 - 277
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	278 - 533
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	534 - 639
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 141
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	142 - 278
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	279 - 533
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	534 - 639

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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