PDB-5uw4: Activated yeast Glycogen Synthase in complex with UDP glucosamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uw4

タイトル

Activated yeast Glycogen Synthase in complex with UDP glucosamine

要素

Glycogen [starch] synthase isoform 2

キーワード

TRANSFERASE / Glycogen synthase / UDP-glucosamine / complex / Glycogen synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

Glycogen synthesis / glycogen binding / glycogen(starch) synthase / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / glycogen granule / glycogen biosynthetic process / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.98 Å

データ登録者

Mahalingan, K.K. / Hurley, T.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activated state yeast Glycogen Synthase in complex with UDP glucosamine
著者: Hurley, T.D. / Mahalingan, K.K.

履歴

登録	2017年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uw4.cif.gz	510.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uw4.ent.gz	414.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uw0 5uw1 5uw9 PDB 未公開エントリ
類似構造データ	5vnc-d 5uw0-d 4kq2-d 5uw1-d 3nb0-d 5ux7-d 4kq1-d 3rt1-d 5suk-d 6u77-d 4kqm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Glycogen [starch] synthase isoform 2

B: Glycogen [starch] synthase isoform 2

A: Glycogen [starch] synthase isoform 2

D: Glycogen [starch] synthase isoform 2

ヘテロ分子

330 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.044, 204.698, 205.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質

Glycogen [starch] synthase isoform 2

分子量: 81818.617 Da / 分子数: 4 / 変異: E169Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GSY2, YLR258W, L8479.8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): E169Q / 参照: UniProt: P27472, glycogen(starch) synthase

#2: 糖

ChemComp-GCS / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / beta-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / D-GLUCOSAMINE / β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃NO₅

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpN	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcN	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP

タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM

#4: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25 - 30 % Peg 300, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.4, 25 mM G-6-P, 10 mM UDP-glucosamine PH範囲: 6.1-6.4

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.03→145.5 Å / Num. obs: 78100 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 14.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.98→145.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 21.18 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25728	4474	5.4 %	RANDOM
R_work	0.18819	-	-	-
obs	0.19183	78100	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.378 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.98→145.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20196	0	176	2	20374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	20887
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	18886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.954	28388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.021	3	43634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.124	5	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.283	23.744	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.386	15	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.281	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	23331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.221	8.43	10186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.22	8.429	10185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.112	12.637	12722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.112	12.638	12723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.053	8.637	10701
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.053	8.637	10701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.976	12.869	15666
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.113	98.567	23384
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.113	98.567	23385
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.984→3.061 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	295	-
R_work	0.346	5659	-
obs	-	-	97.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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