PDB-6u72: BRD4-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_2_AcK5toA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u72

タイトル

BRD4-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_2_AcK5toA

要素

3.1_2_AcK5toA
Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET / bromodomain / macrocyclic peptide / BRD4 / inhibitor / RaPID / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Patel, K. / Walshe, J.L. / Walport, L.J. / Mackay, J.P. / Mouradian, K.S.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Cyclic peptides can engage a single binding pocket through highly divergent modes.
著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, ...

履歴

登録	2019年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u72	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u4aC 6u61C 6u6kC 6u6lC 6u71C 6u74C 6u8gC 6u8hC 6u8iC 6u8mC 6ulpC 6ulqC 6ultC 6ulvC 4lyiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bvp-d 6u8g-1 6u74-2 5edp-d 5a5h-4 6aez-d 3ieu-2 3aaq-d 6u74-1 1fje-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

B: Bromodomain-containing protein 4

C: 3.1_2_AcK5toA

ヘテロ分子

36.2 kDa, 3 ポリマー
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1

B: Bromodomain-containing protein 4

C: 3.1_2_AcK5toA

ヘテロ分子

A: Bromodomain-containing protein 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, gel filtration
36.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.213, 49.048, 59.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.874, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 17200.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド	3.1_2_AcK5toA 分子量: 1819.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-NH2 / AMINO GROUP 分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% w/v Polyethylene glycol 10,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.2 Å / Num. obs: 14604 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.49 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / Num. unique obs: 1431 / CC_1/2: 0.942

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LYI

4lyi

解像度: 2.3→46.2 Å / SU ML: 0.2986 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3363

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2661	714	4.91 %
R_work	0.2093	-	-
obs	0.212	14555	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2077	0	1	63	2141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	2135
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5333	2896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0364	310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.2373	1292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.48	0.3744	159	0.2906	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.48-2.73	0.3706	150	0.2797	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.73-3.12	0.268	114	0.2492	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.12-3.93	0.2447	142	0.2066	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.93-46.2	0.2327	149	0.1676	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.21401166501	-0.362301506439	2.2618618675	4.8002525724	-3.60934174269	4.49870662621	1.11327019422	0.648863458168	-1.11944990889	0.352661165832	0.570261722993	0.715525623719	0.611809361889	-1.11256721346	-0.74174622094	0.305903313054	0.0416603194374	0.0176345016634	0.608697062849	-0.244809720537	0.580665689587	33.1210621008	1.83497476769	26.3543581424
2	0.565585226976	-0.0719234894835	-0.232838540715	1.38109437373	-0.745003776624	0.52747121849	0.336092562492	1.02337276845	-0.610286862411	-0.201907056416	-0.152029822747	0.21700228556	0.237153327439	0.402637181505	0.252389361241	0.314849496851	0.35392136056	-0.00265894109264	1.20350844412	-0.816960098871	0.530799765585	30.0262874713	-3.37105322394	11.6632587941
3	2.30601655902	-1.98936468757	0.637114271539	2.97005741189	-3.46921902238	6.87040952467	1.04192185151	0.905833334127	-0.925603531521	-0.00551401733678	-0.326788259974	-0.559903222775	0.0384296825997	-0.607782531653	-0.57523144967	0.992530241091	0.152512769653	-0.161345730448	1.3451709732	-0.323660098096	0.806807383727	23.2772751771	1.79208121385	7.91946947422
4	5.80417822899	2.27560395028	5.26002642747	3.44773778626	1.63462113122	4.90161044072	0.156427398957	1.28308263705	0.661199136436	-0.367726619373	-0.875626979413	0.99363297683	-0.352708586389	-0.519824853743	0.803054095432	0.552566101073	0.295735742047	0.0258097469104	0.845808702757	-0.0832760638599	0.5103616254	35.8782905351	6.13002446515	16.3242398147
5	4.53069611696	-5.95871856574	5.9881815991	7.85110309016	-7.8841077497	7.92072710752	-1.39691109801	-0.793021539175	0.413145715478	1.66305172353	0.538315207817	-0.17679575185	0.623710870466	0.765414788883	0.366641316538	0.567124966108	0.0853656099737	0.239179678024	0.57955721051	-0.1097218827	0.30403671032	48.9331824004	4.92883012222	26.2572134777
6	3.00256870232	0.120258108344	2.8791969346	1.45774465193	-0.614765095731	3.20085256628	0.491687484025	1.11389942788	0.409162115311	-0.539192857934	-0.371216795675	0.0792248028132	-1.12776969886	0.202273627963	-0.242161594568	0.648640016616	0.289231045524	0.114067452276	0.799943741753	0.0339984038367	0.348855752642	44.5965789047	4.44643650524	10.0954884462
7	4.50714161991	-3.23978721266	-0.00433457251395	9.49663827822	-1.95138680817	7.30689248083	0.023100725673	-0.467708634698	-0.993321102414	0.319001383803	-0.245084802679	0.354784813169	0.323763640413	0.42097420409	0.172923096841	0.382468645896	-0.0322037708164	0.124962933302	0.413070622818	0.0816364687862	0.272980334101	55.1050401117	-11.2326401754	24.4696033005
8	7.68796596431	0.136434083042	1.4419875652	0.705903529804	0.923128432283	1.43439091048	0.508283709601	-0.394951535536	0.204591919814	-0.731013050954	0.227612586619	-0.42060910502	-0.509544166969	-0.218315978828	-0.126884951767	0.675532036779	0.0452467504122	0.260961961731	0.453732134058	-0.0163233040831	0.309973099429	5.1869715739	-9.57991402372	3.86941035282
9	1.10722463405	-1.73649886018	0.30512294944	2.85275162993	0.159533793148	4.09272472915	-0.183443045077	0.228591938885	0.10838056365	-0.679426775383	-0.370127335576	-0.556266434128	-0.162775642332	0.778176673965	0.289000643756	0.817030626134	-0.124724566611	0.176500289724	0.309352400528	0.0802972371724	0.516782009944	8.18746402801	11.3451072556	-0.876801416951
10	6.50513430877	-1.0206238545	1.31091837797	6.11608983681	-0.760963002396	2.02920942415	-0.111714067521	-0.472316523556	-0.388068472481	0.0993354066297	-0.225557978983	-0.607839900896	0.49204751291	0.993546721524	0.249070468374	0.432227922626	-0.000362222497579	0.0481888172164	0.48085485313	0.074818052626	0.353673652221	14.9673820318	4.0897682284	16.1543909563
11	2.88361483517	1.60495858083	3.59439622662	5.26716385731	1.02240435068	5.00475598482	0.291470404822	-0.109614252151	-0.701126419069	0.578505437095	-0.0360748447511	-0.0994121472984	0.892424045255	0.371290972534	-0.191571965988	0.7292109169	0.193966834554	0.0805345587381	0.376836515925	0.0495705328198	0.36929196543	7.76093466094	-12.3035652724	15.2526856327
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14	2.55389169715	3.00811554576	-2.13527561654	5.50863854697	-3.56792498841	9.52586991798	-0.0643441590409	-0.0640887628315	-0.0325252580727	-0.2397642223	0.297682345455	-0.153430333871	-0.104738538367	0.377149071417	-0.322828728262	0.313497771883	0.0517101670578	0.0865946651623	0.183923833727	-0.0103339732682	0.238447472465	1.10102423072	3.6574637384	12.7632056442
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17	2.76725569778	-3.8598406389	4.15986049473	5.38641382858	-5.8084644422	6.25786571993	-1.42726580711	1.41035223799	0.0968386894858	-0.926174848355	-0.657762301801	-1.90642284896	-1.61403024495	0.566130154188	1.96341845815	0.877334343374	-0.145631087022	0.0111751760322	0.675816363429	0.105162248731	0.602213327403	7.40727680982	22.1753698053	3.60206336262
18	4.94547340281	0.194740771079	-5.25295812936	7.63512987132	4.75553940283	8.82420491281	-0.0562355402821	2.85287540881	-0.0686392254937	-0.0216429788649	-0.149285396536	0.558223665464	0.379060807009	-0.009321469642	0.109153348016	1.12685706249	0.46580919164	-0.185200511859	1.79303268538	-0.318142883955	0.7632330423	30.7019342145	0.880715917287	0.0285680060406
19	0.569650919471	-0.374324753719	0.18134906637	2.03347571409	-0.224342635342	6.41178286404	0.601744402487	0.334505867026	0.013476033135	-0.590542381875	-0.242686210409	0.180829563889	0.619200100849	-0.576496839479	0.285912040077	0.780033659855	0.580816536913	-0.565531305687	1.81510272833	-0.687931131528	0.270733530458	38.6422871246	-3.98847570082	6.16978872537
20	3.89262099894	1.58649240832	-2.57839441493	0.753064865714	-1.32020658084	2.27176855764	1.0623712957	1.53939133455	-0.699703005672	-0.746280074615	-0.930633746995	0.0705229435524	0.206016770692	-0.620685927262	-0.0731056383263	0.949162935389	0.264897717435	-0.0235262621778	0.436413250159	-0.117835954578	0.42858580944	45.1111856408	-5.61671703139	13.9674138177
21	9.31070608294	-3.05142507848	-4.73137851476	3.18850760323	3.21781118778	3.81391058696	-0.0334840334589	-0.639550601839	-1.02806240229	-0.185406311537	-0.624202269117	0.753028737168	-0.0876538969891	-0.326808535136	0.879897658582	0.605270016316	-0.0121145282796	0.0301835975212	0.371835950705	0.0586402121626	0.607338064032	37.3846549465	-6.81811386296	27.6997123904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 97 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 107 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 115 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 122 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 140 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 145 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 14 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 42 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 52 through 68 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 69 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 84 through 96 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 97 through 115 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 116 through 121 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 122 through 139 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 140 through 144 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 145 through 163 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 164 through 168 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 60 through 68 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 69 through 75 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 76 through 83 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 84 through 96 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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