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- PDB-6u42: Natively decorated ciliary doublet microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u42
タイトルNatively decorated ciliary doublet microtubule
要素
  • DC1
  • DC2
  • DC3
  • FAP106
  • FAP107
  • FAP112
  • FAP115
  • FAP126
  • FAP127
  • FAP129
  • FAP141
  • FAP143
  • FAP161
  • FAP166
  • FAP182
  • FAP20
  • FAP21
  • FAP210
  • FAP222
  • FAP252
  • FAP273
  • FAP276
  • FAP363
  • FAP45
  • FAP52
  • FAP53
  • FAP67
  • FAP68
  • FAP85
  • FAP90
  • FAP95
  • PACRG
  • RIB21
  • RIB30
  • RIB43a
  • RIB72
  • Tubulin alpha
  • Tubulin beta
キーワードPROTEIN FIBRIL / motile cilia / microtubule doublet / repetitive structure
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / establishment of protein localization to organelle / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / establishment of protein localization to organelle / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / cilium movement / axonemal microtubule / negative regulation of microtubule depolymerization / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / microtubule associated complex / motile cilium / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / alpha-tubulin binding / microtubule-based process / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / Hsp90 protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / calmodulin binding / cytoskeleton / hydrolase activity / ciliary basal body / cilium / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / WDR90, 4th beta-propeller / : / : / ODAD1 central coiled coil region / Protein Flattop / Flattop / Nucleoside diphosphate kinase 7 / Piercer of microtubule wall 1/2 / Piercer of microtubule wall 1/2 ...: / WDR90, 4th beta-propeller / : / : / ODAD1 central coiled coil region / Protein Flattop / Flattop / Nucleoside diphosphate kinase 7 / Piercer of microtubule wall 1/2 / Piercer of microtubule wall 1/2 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / Cilia- and flagella-associated protein 161-like domain / : / : / Nucleoside diphosphate kinase 7 N-terminal PH domain / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / NDPK7, second NDPk domain / Cilia- and flagella- associated protein 210 / CFAP53/TCHP / Trichohyalin-plectin-homology domain / Trichohyalin-plectin-homology domain / RIB43A / RIB43A / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / : / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / : / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / EF-hand domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / Flagellar associated protein ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Cilia- and flagella-associated protein 53 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Protein Flattop homolog / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Outer dynein arm protein 1 / Nucleoside diphosphate kinase / Uncharacterized protein / Parkin-co-regulated gene product / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Outer dynein arm-docking complex protein DC3 / RIB72 protein / Flagellar protofilament ribbon protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ma, M. / Stoyanova, M. / Rademacher, G. / Dutcher, S.K. / Brown, A. / Zhang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM032843 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structure of the Decorated Ciliary Doublet Microtubule.
著者: Meisheng Ma / Mihaela Stoyanova / Griffin Rademacher / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang /
要旨: The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility ...The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility require a radially arranged set of doublet microtubules, each decorated in repeating patterns with non-tubulin components. We use single-particle cryo-electron microscopy to visualize and build an atomic model of the repeating structure of a native axonemal doublet microtubule, which reveals the identities, positions, repeat lengths, and interactions of 38 associated proteins, including 33 microtubule inner proteins (MIPs). The structure demonstrates how these proteins establish the unique architecture of doublet microtubules, maintain coherent periodicities along the axoneme, and stabilize the microtubules against the repeated mechanical stress induced by ciliary motility. Our work elucidates the architectural principles that underpin the assembly of this large, repetitive eukaryotic structure and provides a molecular basis for understanding the etiology of human ciliopathies.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20631
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20631
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Tubulin beta
2: Tubulin alpha
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7C: FAP141
7D: FAP222
7E: FAP222
7F: FAP222
7G: FAP95
7H: FAP182
7I: FAP129
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7M: FAP273
7N: FAP273
7O: FAP107
7P: FAP107
7Q: RIB21
7R: DC1
7S: DC1
7T: DC2
7U: DC2
7V: DC3
7W: DC3
7X: FAP182
7Y: FAP68
7Z: FAP90
8A: FAP90
8B: FAP90
8C: FAP90
8D: FAP90
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,385,503961
ポリマ－21,217,086451
非ポリマー168,417510
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 38種, 451分子 13579A1A3A5A7A9B1B3B5B8C0C2C4C6C8D0D2D4D6D8E0E2E4E6E8F0...

#1: タンパク質 ...
Tubulin beta / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Beta-tubulin


分子量: 49665.809 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P04690
#2: タンパク質 ...
Tubulin alpha / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 49638.008 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09204
#3: タンパク質
PACRG / Parkin-co-regulated gene product


分子量: 34215.148 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: B1B601
#4: タンパク質
FAP20 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Basal body up-regulated protein 22 / Bug22p / Flagellar- ...Cilia- and flagella-associated protein 20 / Basal body up-regulated protein 22 / Bug22p / Flagellar-associated protein 20


分子量: 22193.566 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IU92
#5: タンパク質 FAP53 / Cilia- and flagella-associated protein 53


分子量: 56655.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IRJ7
#6: タンパク質 FAP127


分子量: 60027.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CRG7
#7: タンパク質
RIB43a / Coiled-coil protein associated with protofilament ribbons / Flagellar protofilament ribbon protein


分子量: 42712.711 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9M6B0
#8: タンパク質 FAP112 / Flagellar associated protein


分子量: 53126.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J0X0
#9: タンパク質 FAP210


分子量: 53637.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E0E3
#10: タンパク質
FAP45 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Flagellum-associated protein 45


分子量: 59041.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I9E8
#11: タンパク質 RIB30


分子量: 29859.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E5X9
#12: タンパク質 FAP363


分子量: 43879.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IY81
#13: タンパク質
FAP126 / Cilia- and flagella-associated protein 126 / Flagellum-associated protein 126


分子量: 15435.397 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IVJ1
#14: タンパク質 FAP52


分子量: 68546.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D260
#15: タンパク質 FAP67


分子量: 41994.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JGW5, nucleoside-diphosphate kinase
#16: タンパク質 FAP85 / Flagellar associated protein 85


分子量: 22228.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J250
#17: タンパク質
FAP106 / Flagellar associated protein 106


分子量: 27019.803 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J098
#18: タンパク質
FAP115 / Flagellar associated protein 115


分子量: 26647.648 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JDK1
#19: タンパク質 FAP143


分子量: 29216.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E1X6
#20: タンパク質 FAP161 / Flagellar associated protein 161


分子量: 42849.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HRH3
#21: タンパク質 FAP166


分子量: 23303.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DZF0
#22: タンパク質
FAP252 / Flagellar associated protein 252


分子量: 39507.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I1S7
#23: タンパク質 FAP276


分子量: 10073.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DTN6
#24: タンパク質
RIB72 / Protofilament ribbon protein of flagellar microtubules / RIB72 protein / p72


分子量: 72082.609 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q8LKK4
#25: タンパク質 FAP141 / Flagellar associated protein 141


分子量: 12740.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IMR3
#26: タンパク質 FAP222 / Flagellar associated protein 222


分子量: 15920.962 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JF23
#27: タンパク質 FAP95 / Flagellar associated protein 95


分子量: 25576.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HSW0
#28: タンパク質 FAP182 / Flagellar associated protein 182


分子量: 48843.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JHR6
#29: タンパク質 FAP129


分子量: 51330.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DZI2
#30: タンパク質 FAP21


分子量: 49657.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#31: タンパク質 FAP273 / Flagellar associated protein 273


分子量: 15469.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IXN7
#32: タンパク質 FAP107 / Flagellar associated protein 107


分子量: 25937.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JC52
#33: タンパク質 RIB21


分子量: 20949.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D7C7
#34: タンパク質 DC1 / Outer dynein arm-docking complex subunit 1


分子量: 83518.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IPZ5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#35: タンパク質 DC2 / Docking complex component 2


分子量: 62292.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JF70
#36: タンパク質 DC3 / Outer dynein arm-docking complex protein DC3 / Outer dynein arm-docking complex subunit 3


分子量: 21371.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q7Y0H2
#37: タンパク質 FAP68 / Flagellar associated protein 68


分子量: 35568.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HPK6
#38: タンパク質
FAP90 / Flagellar associated protein 90


分子量: 27760.064 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ICC1

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非ポリマー , 3種, 510分子

#39: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#40: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#41: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

構成要素の詳細The authors state that there are eight copies of the RIB72 protein, each connected by a flexible ...The authors state that there are eight copies of the RIB72 protein, each connected by a flexible linker to an N-terminus. They are not sure which N-terminus belongs to which protein. The N-terminus that has been assigned to chain 6U could, therefore, belong to another molecule or even to one not in their reconstruction.
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#38 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-125
緩衝液pH: 7.4
詳細: 30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EGTA, 25 mM KCl, PH 7.4
緩衝液成分名称: HMDEKP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3100 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 38.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 8314
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
球面収差補正装置: Microscope is equipped with a Cs corrector
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11EMAN初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
13RELION分類
14RELION３次元再構成
画像処理詳細: The movies were drift-corrected using UCSF MotionCorr2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: doublet microtubules were manually selected
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143765 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 50 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る