PDB-6u2d: PmtCD peptide exporter basket domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u2d

タイトル

PmtCD peptide exporter basket domain

要素

ABC transporter ATP-binding protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / ABC exporter / Peptide transort

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Zeytuni, N. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the ATP-driven exporter of virulent peptide toxins.
著者: N Zeytuni / S W Dickey / J Hu / H T Chou / L J Worrall / J A N Alexander / M L Carlson / M Nosella / F Duong / Z Yu / M Otto / N C J Strynadka /

要旨: is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs ...

履歴

登録	2019年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u2d.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u2d.ent.gz	100 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u2d_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u2d_full_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示
XML形式データ	6u2d_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	6u2d_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	20640C 22194C 22210C 22211C 6xfuC 6xjhC 6xjiC 6u2c PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m9p-d 4ahf-d 4ahk-2 4d3l-2 6q01-2 5ark-4 3hql-1 3d8z-2 6zpe-d 2rnf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ABC transporter ATP-binding protein

B: ABC transporter ATP-binding protein

C: ABC transporter ATP-binding protein

D: ABC transporter ATP-binding protein

ヘテロ分子

32.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter ATP-binding protein

B: ABC transporter ATP-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ABC transporter ATP-binding protein

ヘテロ分子

D: ABC transporter ATP-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.190, 39.783, 56.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.940, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-451- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 211 through 273)
2	1	(chain B and resid 211 through 273)
3	1	chain C
4	1	(chain D and resid 211 through 273)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 211 - 273 / Label seq-ID: 2 - 64

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 211 through 273)	A	A
2	(chain B and resid 211 through 273)	B	B
3	chain C	C	C
4	(chain D and resid 211 through 273)	D	D

#1: タンパク質	ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter / ATP-binding protein / Antibiotic ABC transporter ATP-binding protein / Antibiotic ...ABC transporter / ATP-binding protein / Antibiotic ABC transporter ATP-binding protein / Antibiotic transport system ATP-binding protein / Phenol-soluble modulin export ABC transporter ATP-binding protein PmtC 分子量: 7752.721 Da / 分子数: 4 / 断片: basket domain (residues 210-275) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: X5EJW5, UniProt: Q2FWW9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M ammonium acetate pH 4.6 and 28% PEG MME 550

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.541 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 33464 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 1.443 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 120418

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.11-2.15	2.7	0.57	1239	0.753	0.389	0.693	0.938	71.6
2.15-2.19	2.9	0.554	1346	0.765	0.369	0.669	1.002	74.2
2.19-2.23	2.9	0.505	1407	0.855	0.332	0.607	1.043	78
2.23-2.27	3.1	0.33	1483	0.871	0.213	0.394	1.064	86.4
2.27-2.32	3.2	0.508	1663	0.905	0.322	0.603	1.039	91.3
2.32-2.38	3.3	0.426	1683	0.884	0.266	0.503	1.023	95.2
2.38-2.44	3.5	0.422	1744	0.859	0.261	0.498	1.06	97.4
2.44-2.5	3.6	0.378	1751	0.926	0.23	0.444	1.031	97.9
2.5-2.58	3.8	0.341	1728	0.929	0.204	0.398	1.089	98.5
2.58-2.66	3.8	0.281	1806	0.956	0.167	0.328	1.174	98.6
2.66-2.75	3.8	0.221	1688	0.967	0.131	0.257	1.234	98.5
2.75-2.86	3.8	0.188	1814	0.977	0.111	0.218	1.296	98.7
2.86-2.99	3.8	0.162	1747	0.98	0.097	0.189	1.353	98.7
2.99-3.15	3.8	0.116	1748	0.989	0.07	0.136	1.573	99.2
3.15-3.35	3.9	0.092	1763	0.992	0.054	0.107	1.769	98.9
3.35-3.61	3.8	0.073	1775	0.994	0.044	0.086	2.132	99.4
3.61-3.97	3.9	0.06	1769	0.995	0.036	0.07	1.981	99.3
3.97-4.54	3.9	0.049	1765	0.997	0.029	0.057	1.864	99.4
4.54-5.72	3.9	0.045	1798	0.998	0.027	0.053	1.859	99.9
5.72-50	3.8	0.042	1747	0.998	0.025	0.049	2.193	99

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.11→28.207 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2605	3340	9.99 %
R_work	0.2092	30098	-
obs	0.2142	33438	93.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 212.27 Å² / B_iso mean: 47.7687 Å² / B_iso min: 25.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.11→28.207 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2129	0	32	155	2316
B_iso mean	-	-	123.82	46.07	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2185
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	2953
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.846	1319

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1217	X-RAY DIFFRACTION	15.725	TORSIONAL
1	2	B	1217	X-RAY DIFFRACTION	15.725	TORSIONAL
1	3	C	1217	X-RAY DIFFRACTION	15.725	TORSIONAL
1	4	D	1217	X-RAY DIFFRACTION	15.725	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.11-2.1397	0.3756	102	0.3235	932	71
2.1397-2.1716	0.3368	118	0.3145	985	73
2.1716-2.2055	0.3408	126	0.2987	976	76
2.2055-2.2417	0.3617	106	0.2937	1097	81
2.2417-2.2803	0.3546	124	0.3147	1177	88
2.2803-2.3217	0.4031	132	0.2903	1242	92
2.3217-2.3664	0.3572	157	0.2671	1247	95
2.3664-2.4147	0.3356	127	0.289	1281	97
2.4147-2.4671	0.2769	156	0.2548	1351	98
2.4671-2.5245	0.3475	139	0.259	1288	98
2.5245-2.5876	0.2827	159	0.2471	1319	98
2.5876-2.6575	0.2979	140	0.2306	1343	99
2.6575-2.7356	0.3038	141	0.2252	1288	98
2.7356-2.8238	0.3013	153	0.2276	1284	99
2.8238-2.9247	0.3253	132	0.2489	1324	99
2.9247-3.0416	0.3121	150	0.2429	1335	99
3.0416-3.1799	0.2667	153	0.2215	1310	99
3.1799-3.3473	0.2712	143	0.2063	1343	99
3.3473-3.5566	0.2805	157	0.2008	1309	99
3.5566-3.8306	0.2066	148	0.1811	1343	99
3.8306-4.215	0.2025	144	0.1726	1317	99
4.215-4.8223	0.1991	138	0.1491	1339	100
4.8223-6.0656	0.2324	154	0.1775	1333	100
6.0656-28.207	0.1954	141	0.1785	1335	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.4772 Å / Origin y: 5.7528 Å / Origin z: 42.8513 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3476 Å²	-0.0102 Å²	-0.0242 Å²	-	0.3747 Å²	-0.0416 Å²	-	-	0.3587 Å²
L	1.6663 °²	0.4197 °²	0.2392 °²	-	0.0914 °²	-0.1136 °²	-	-	0.2316 °²
S	-0.0681 Å °	0.1996 Å °	0.0162 Å °	-0.1544 Å °	0.0213 Å °	0.0904 Å °	0.0296 Å °	-0.1258 Å °	0.0396 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	210 - 275
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	210 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	211 - 273
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	210 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 4
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	5
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 155

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関連情報:EMDBヘッダ

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