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- PDB-6tz6: Crystal Structure of Candida Albicans Calcineurin A, Calcineurin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tz6
タイトルCrystal Structure of Candida Albicans Calcineurin A, Calcineurin B, FKBP12 and FK506 (Tacrolimus)
要素
  • Calcineurin subunit B
  • FK506-binding protein 1
  • Serine/threonine-protein phosphatase
キーワードHydrolase/Isomerase/Calcium Binding / Calcineurin / FK506 / antifungal / Hydrolase-Isomerase-Calcium Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homoserine biosynthetic process / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / fungal biofilm matrix / calcineurin-mediated signaling / macrolide binding / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity ...regulation of homoserine biosynthetic process / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / fungal biofilm matrix / calcineurin-mediated signaling / macrolide binding / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / chromatin organization / calmodulin binding / calcium ion binding / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Chitinase A; domain 3 - #40 / : ...Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Chitinase A; domain 3 / Metallo-dependent phosphatase-like / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / EF-hand / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / 4-Layer Sandwich / EF-hand domain pair / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein phosphatase / Calcineurin subunit B / FK506-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Fox III, D. / Lukacs, C.M.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents.
著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y.L. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents
著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
履歴
登録2019年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase
B: Calcineurin subunit B
C: FK506-binding protein 1
D: Serine/threonine-protein phosphatase
E: Calcineurin subunit B
F: FK506-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,07924
ポリマ－160,5396
非ポリマー2,54018
水5,062281
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase
B: Calcineurin subunit B
C: FK506-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,47211
ポリマ－80,2703
非ポリマー1,2038
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Serine/threonine-protein phosphatase
E: Calcineurin subunit B
F: FK506-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,60713
ポリマ－80,2703
非ポリマー1,33810
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.470, 142.850, 175.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase


分子量: 47252.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain WO-1) (酵母)
株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_01301 / プラスミド: PEMB40 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C4YFI3, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Calcineurin subunit B


分子量: 19453.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain WO-1) (酵母)
株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_04882 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C4YS24
#3: タンパク質 FK506-binding protein 1 / FKBP / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein


分子量: 13563.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876
遺伝子: RBP1, RBP11, CaO19.11186, CaO19.3702, RBP2, RBP12, CAALFM_C702570CA, CaJ7.0299, CaO19.13810, CaO19.6452
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28870, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 7種, 299分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.29
詳細: CANDIDA ALBICANS VCID8024 [CALCINEURIN A FUSED TO CALCINEURIN B] AND R8065 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/TACROLIMUS AT 10.2 MG/ ML AND SUPPLEMENTED WITH 25.6UM R8065 ...詳細: CANDIDA ALBICANS VCID8024 [CALCINEURIN A FUSED TO CALCINEURIN B] AND R8065 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/TACROLIMUS AT 10.2 MG/ ML AND SUPPLEMENTED WITH 25.6UM R8065 AND 32UM FK506. PROTEIN BUFFER INCLUDES 10MM TRIS PH 7.5, 50 MM NACL, 1.0MM CACL2. THE PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AGAINST OPTIMIZATION SCREEN AMP_PROPLEX_A10 (OPT SCREEN BASED ON PROPLEX CONDITION A10) WELL B7: 0.1M TRIS-HCL, 15.91% PEG 2,000 MME, 0.1M POTASSIUM CHLORIDE, AND CRYO-PROTECTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL
PH範囲: 7.29

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 51429 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 16.87
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3787 / CC1/2: 0.826 / Rrim(I) all: 0.635 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCO

1tco


解像度: 2.55→34.996 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 1999 3.89 %
Rwork0.182 --
obs0.1839 51342 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9363 0 148 281 9792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089802
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91613361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1225816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061745
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5501-2.61390.2894142351999
2.6139-2.68450.2878141346199
2.6845-2.76350.3074142351699
2.7635-2.85260.2929142349899
2.8526-2.95450.2424142351699
2.9545-3.07280.224141349199
3.0728-3.21250.238144352299
3.2125-3.38180.2609142352799
3.3818-3.59340.2559142352099
3.5934-3.87060.2287143352998
3.8706-4.25950.18281430.1471351699
4.2595-4.87440.16211450.1333358298
4.8744-6.13580.2151144355898
6.13580.2264146358894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1646-0.1714-0.28041.38630.45123.5663-0.22370.3423-0.1185-0.1363-0.1330.09170.7916-0.50660.39210.3382-0.11080.08350.36080.01750.34932.0176-30.5972-14.4281
21.79640.61710.41874.00731.92122.4861-0.0573-0.0488-0.01650.1202-0.06850.53340.1121-0.3650.09350.1649-0.01970.01490.20830.06250.17766.6262-22.6545-7.1958
32.08640.3230.13392.20160.83830.5988-0.056-0.013-0.09850.02480.0553-0.04590.11840.1065-0.00960.16580.00540.00950.18590.02010.094618.7457-20.9057-7.0758
42.70070.0906-0.07272.53360.63081.32620.0157-0.18220.22160.20850.1451-0.30470.06430.2105-0.10580.17570.0155-0.01970.2167-0.03420.179425.2102-9.1941-1.0511
52.1926-0.82460.95511.11590.15190.74410.11880.17230.21870.02010.2714-0.9427-0.02090.5293-0.15410.2372-0.0088-0.05530.4988-0.19250.681343.7036-10.9946-4.8165
61.4130.95210.49392.4229-0.21962.52220.0378-0.1306-0.31120.04620.1801-0.7250.34390.5365-0.2410.24790.1054-0.07710.4121-0.07150.300637.0307-21.5091-3.6203
74.21721.10830.89373.6455-0.60614.34180.01750.034-0.22180.26710.2482-0.65070.27890.6483-0.26410.21080.1203-0.02140.3076-0.09070.322135.222-25.8714-6.5299
82.12920.48970.88760.90230.04121.949-0.30610.1745-0.15550.07030.1825-0.3-0.1586-0.03190.1320.27670.0936-0.02560.21480.00420.17823.6232-28.9079-14.2071
90.1736-0.0075-0.044-0.0004-0.00060.0106-0.2870.46850.3073-0.5202-0.10320.1407-0.4070.00960.21810.6957-0.0181-0.05370.6460.02080.1818.8128-17.7213-47.7702
102222-7.039120.8241-8.58435.63150.16830.6799-4.1686-6.124111.5328-1.50510.9952-0.12180.161.0309-0.2950.73817.1143-16.2077-66.8296
111.27250.0166-0.09410.65821.35212.78960.23030.59880.1222-0.7647-0.2870.14930.1247-0.17720.01011.1251-0.3052-0.24191.19080.26770.46-2.1974-13.5934-67.0483
122.78050.12613.63964.5569-0.6145.37860.3441-0.4304-0.6270.40690.01070.05922.14260.587-0.3121.5136-0.1195-0.07230.94890.0480.45094.5435-27.3239-62.9772
131.7394-0.10330.37041.31430.47592.1751-0.06120.5274-0.0942-0.50440.0990.16140.2891-0.2522-0.05470.9292-0.0275-0.26510.8582-0.02080.30076.2777-25.1328-53.9457
143.59372.1559-0.00842.82381.76582.0490.1672-0.0115-0.20030.0016-0.07090.21480.4568-0.4928-0.0611.3085-0.3945-0.56851.09660.07960.8903-5.6895-28.7677-57.7089
153.3334-0.6227-0.55322.56770.25554.4560.51090.18-0.1725-0.32-0.17610.6659-0.2374-0.93930.01840.7065-0.0163-0.30441.03120.16540.5121-4.6049-16.1293-55.8434
164.151-1.4277-1.82680.93510.78330.85760.38680.6960.2085-0.6769-0.07970.3419-0.0802-0.2092-0.25090.54740.0264-0.15820.77710.01640.4219-2.6391-18.6351-43.9052
170.7555-0.02350.8812.25220.25942.43080.03730.2758-0.4493-0.353-0.12410.39590.5214-0.32070.10130.5338-0.0453-0.06210.5285-0.120.22136.0203-29.5663-35.8879
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 62 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 220 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 221 through 281 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 282 through 320 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 321 through 339 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 340 through 374 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 375 through 397 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 398 through 419 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 420 through 420 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 19 through 31 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 32 through 47 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 48 through 64 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 65 through 73 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 74 through 89 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 90 through 101 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 102 through 142 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 143 through 158 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 159 through 169 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 4 through 34 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 35 through 60 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 61 through 68 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 69 through 85 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 86 through 100 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 101 through 111 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 112 through 119 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 120 through 122 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 65 through 106 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 107 through 143 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 144 through 281 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 282 through 359 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 360 through 397 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 398 through 419 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 19 through 30 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 31 through 46 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 47 through 56 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 57 through 64 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 65 through 73 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 74 through 89 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 90 through 101 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 102 through 151 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 152 through 158 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 159 through 169 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 4 through 12 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 13 through 34 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 35 through 46 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 47 through 60 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'F' and (resid 61 through 68 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'F' and (resid 69 through 85 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'F' and (resid 86 through 124 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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