[日本語] English
万見
- PDB-6tyb: Isolation and Structure of an Antibody that Fully Neutralizes Iso... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tyb
タイトルIsolation and Structure of an Antibody that Fully Neutralizes Isolate SIVmac239 Reveals Functional Similarity of SIV and HIV Glycan Shields
要素
  • (NEUTRALIZING ANTIBODY ITS90.03 FAB ...) x 2
  • Envelope glycoprotein gp160
  • T-cell surface glycoprotein CD4
キーワードIMMUNE SYSTEM / bNABs / gp120 / fab / glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / membrane fusion involved in viral entry into host cell / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / membrane fusion involved in viral entry into host cell / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / macrophage differentiation / regulation of calcium ion transport / T cell differentiation / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / host cell endosome membrane / protein tyrosine kinase binding / calcium-mediated signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Beta Complex / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / T-cell surface glycoprotein CD4 / T-cell surface glycoprotein CD4
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Gorman, J. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Isolation and Structure of an Antibody that Fully Neutralizes Isolate SIVmac239 Reveals Functional Similarity of SIV and HIV Glycan Shields.
著者: Gorman, J. / Mason, R.D. / Nettey, L. / Cavett, N. / Chuang, G.Y. / Peng, D. / Tsybovsky, Y. / Verardi, R. / Nguyen, R. / Ambrozak, D. / Biris, K. / LaBranche, C.C. / Ramesh, A. / Schramm, C. ...著者: Gorman, J. / Mason, R.D. / Nettey, L. / Cavett, N. / Chuang, G.Y. / Peng, D. / Tsybovsky, Y. / Verardi, R. / Nguyen, R. / Ambrozak, D. / Biris, K. / LaBranche, C.C. / Ramesh, A. / Schramm, C.A. / Zhou, J. / Bailer, R.T. / Kepler, T.B. / Montefiori, D.C. / Shapiro, L. / Douek, D.C. / Mascola, J.R. / Roederer, M. / Kwong, P.D.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160
C: T-cell surface glycoprotein CD4
H: NEUTRALIZING ANTIBODY ITS90.03 FAB HEAVY CHAIN
L: NEUTRALIZING ANTIBODY ITS90.03 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,50915
ポリマ－111,0594
非ポリマー9,45111
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20280 Å2
ΔGint165 kcal/mol
Surface area46410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)197.143, 197.143, 178.531
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 GC

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160


分子量: 41117.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): GNTI- / 参照: UniProt: E7CWP5
#2: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD4


分子量: 20582.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: CD4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): GNTI- / 参照: UniProt: F6XGD3, UniProt: P16003*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 NEUTRALIZING ANTIBODY ITS90.03 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 25868.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 NEUTRALIZING ANTIBODY ITS90.03 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23490.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 7種, 11分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 397分子

#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6% PEG 8000, 17% isopropanol, 0.1M imidazole pH 6.5. Crystals were flash frozen in liquid nitrogen with 20 % (v/v) ethylene glycol as a cryoprotectant.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 84058 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.341.50.70820280.4640.5730.9170.81945.3
2.34-2.381.90.82426670.4930.5751.0140.90259.9
2.38-2.432.30.81433010.4480.5280.9820.89573.7
2.43-2.482.90.88837440.4390.5191.0410.89784.1
2.48-2.533.80.87941280.5830.450.9980.88891.9
2.53-2.595.10.85843820.6590.3860.9480.8997.9
2.59-2.666.90.86444520.7590.3370.9320.91899.8
2.66-2.739.10.84744720.840.2910.8970.91100
2.73-2.8110.60.65845030.9230.210.6920.914100
2.81-2.911.20.52745130.9510.1640.5520.917100
2.9-311.30.38744780.9670.120.4060.941100
3-3.1211.30.28145080.9820.0870.2950.943100
3.12-3.2611.20.19445170.990.060.2030.951100
3.26-3.4411.20.13945330.9930.0430.1460.956100
3.44-3.6511.20.10145420.9960.0310.1060.963100
3.65-3.9311.20.0845520.9970.0250.0841.01100
3.93-4.3311.10.06845730.9970.0210.0711.072100
4.33-4.9511.10.0646120.9980.0190.0631.082100
4.95-6.2410.90.05646630.9980.0170.0591.01100
6.24-4010.20.05348900.9980.0170.0550.97899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_3584精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CAY

5cay


解像度: 2.301→35.867 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 6541 5 %
Rwork0.1781 --
obs0.1796 76207 75.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.65 Å2 / Biso mean: 51.3624 Å2 / Biso min: 8.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.301→35.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7482 0 632 397 8511
Biso mean--91.34 42.87 -
残基数----954
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3011-2.32730.4369220.38464258
2.3273-2.35460.3753360.325267312
2.3546-2.38330.3335450.315486716
2.3833-2.41350.3721640.2984112721
2.4135-2.44530.3272750.2865141626
2.4453-2.47870.3235920.284174632
2.4787-2.51410.29011080.2695220340
2.5141-2.55170.28141450.2512261048
2.5517-2.59150.30141730.2551310257
2.5915-2.6340.27661950.2416365067
2.634-2.67940.24752140.2424414276
2.6794-2.72810.27422480.233463285
2.7281-2.78060.26662690.2288506493
2.7806-2.83730.27882820.2322532698
2.8373-2.8990.25772880.22195475100
2.899-2.96640.24022890.2165443100
2.9664-3.04050.23982860.20255425100
3.0405-3.12270.26052900.19535459100
3.1227-3.21450.21292910.18925442100
3.2145-3.31820.20512900.18325443100
3.3182-3.43670.20682890.18245455100
3.4367-3.57420.2262840.17465450100
3.5742-3.73670.18022740.16045474100
3.7367-3.93350.19282930.15065444100
3.9335-4.17960.15642810.1385448100
4.1796-4.50170.14782850.12645449100
4.5017-4.95370.15242850.11975447100
4.9537-5.66810.17592880.14555466100
5.6681-7.13190.20492830.17715461100
7.1319-35.8670.21322770.1843542099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.91214.2578-2.11517.6404-0.39964.412-0.26720.1188-0.0236-0.65220.3287-0.54180.1505-0.0121-0.02530.36990.1381-0.09870.3260.01250.471818.826333.8924.7552
21.0258-0.09120.37841.2711-0.0281.7945-0.1171-0.0976-0.10040.15480.1936-0.1920.27420.176-0.06310.1530.0701-0.00370.1816-0.01690.225711.284240.1497-1.0106
32.0508-0.01050.22452.91340.19981.8339-0.05470.1868-0.1363-0.24740.03870.29660.0325-0.38680.02010.0789-0.0244-0.00440.217-0.00150.1583-5.120945.9039-15.0883
41.3682-0.44770.07771.6641-0.05912.3372-0.06290.0895-0.1742-0.05390.1198-0.0750.1180.0223-0.04240.07480.00410.02750.1169-0.0350.19186.043342.8214-12.5019
52.81211.3848-2.09595.2014-2.85443.4821-0.0451-0.12540.2436-0.25680.0206-0.3271-0.57210.4657-0.00130.3915-0.17280.04290.28090.00130.357715.268361.4061-23.7474
61.9646-0.1534-0.22461.6103-2.3073.4061-0.04590.53380.0696-1.26580.0256-0.34530.4120.20330.08171.5456-0.34750.20.53510.00550.580322.7678.1196-48.5157
71.3884-1.1447-1.1752.35581.92223.2788-0.1394-0.20570.05120.29380.0813-0.0264-0.06430.11330.05320.34970.1375-0.06170.2495-0.05980.2018-0.656472.006223.5706
83.1409-0.49630.67512.69950.18851.9648-0.1567-0.3123-0.17380.51380.09790.7237-0.0982-0.46480.06360.66960.25350.11730.5064-0.06440.4448-27.792592.290438.2178
91.0825-0.8306-0.15350.90910.48640.9251-0.04150.03730.2137-0.2946-0.28390.2934-0.6582-0.4963-0.18460.55720.3434-0.12190.4175-0.20.3513-14.316777.84577.107
102.4722-0.5012-0.07173.59211.77543.23230.12840.14580.17620.1386-0.1385-0.1043-0.3275-0.1117-0.07520.82970.39390.00910.5573-0.12950.4387-25.5586104.605328.1701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44 through 79 )G44 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 80 through 270 )G80 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 271 through 414 )G271 - 414
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 415 through 492 )G415 - 492
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 97 )C1 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 98 through 176 )C98 - 176
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 113 )H1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 114 through 214 )H114 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 1 through 113 )L1 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 114 through 213 )L114 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る