PDB-6ty6: Variant W229D/F290W-2 of the last common ancestor of Gram-negativ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ty6

タイトル

Variant W229D/F290W-2 of the last common ancestor of Gram-negative bacteria beta-lactamase class A (GNCA4) bound to 5(6)-nitrobenzotriazole (TS-analog)

要素

Beta lactamase (GNCA4-2)

キーワード

HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED

機能・相同性

6-NITROBENZOTRIAZOLE / ACETATE ION / FORMIC ACID

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Risso, V. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Romero-Rivera, A. / Kamerlin, S.C.L. / Ortega-Munoz, M. / Santoyo-Gonzalez, F.

資金援助

スペイン,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BIO2016-74875-P	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2015-66426-R	スペイン
Human Frontier Science Program (HFSP)	RGP0041/2017	米国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Enhancing ade novoenzyme activity by computationally-focused ultra-low-throughput screening.
著者: Risso, V.A. / Romero-Rivera, A. / Gutierrez-Rus, L.I. / Ortega-Munoz, M. / Santoyo-Gonzalez, F. / Gavira, J.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Kamerlin, S.C.L.

履歴

登録	2020年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6ty6.ent.gz	286.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6ty6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6ty6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6ty6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6twwC 6txdC 5fqkS 5fqi S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2p2g-1 2p2g-2 5g1p-2 5vmq-d 6jks-1 6d66-d 2i6u-d 6jkr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta lactamase (GNCA4-2)

B: Beta lactamase (GNCA4-2)

C: Beta lactamase (GNCA4-2)

ヘテロ分子

89 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.384, 148.357, 246.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1144- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Beta lactamase (GNCA4-2) 分子量: 28979.668 Da / 分子数: 3 / 変異: W229D, F290W / 由来タイプ: 組換発現詳細: 6NT is the inhibitor analog and GOL, FMT and ACT are crystallization cocktail components. 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-24b(+) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 634分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 4 / 詳細: 5.0 M Sodium formate, 100 mM AcNa pH 4-0 / PH範囲: 4.0-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.48 Å / Num. obs: 130796 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.31 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.77
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 13114 / CC_1/2: 0.68 / CC star: 0.899 / R_pim(I) all: 0.687 / R_rim(I) all: 1.6 / % possible all: 99.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EDNA		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FQK

5fqk

解像度: 1.8→48.48 Å / SU ML: 0.2609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.9537
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	6624	5.07 %
R_work	0.2006	124002	-
obs	0.202	130626	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6019	0	138	604	6761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0186	6816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4386	9295
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1015	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103	1259
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.4267	5288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.4537	221	0.4209	4141	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.82-1.84	0.3976	230	0.382	4105	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.84-1.86	0.3608	219	0.3286	4144	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.86-1.89	0.322	236	0.304	4095	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.89-1.91	0.2796	226	0.2735	4172	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.91-1.94	0.2815	218	0.2613	4093	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.94-1.97	0.2897	229	0.2564	4151	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.97-2	0.2996	207	0.2457	4186	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2-2.03	0.262	201	0.2385	4124	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.03-2.06	0.2628	227	0.2386	4210	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.06-2.1	0.2428	220	0.243	4118	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.1-2.13	0.259	213	0.2414	4153	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.13-2.18	0.2863	231	0.2392	4131	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.18-2.22	0.2718	204	0.2244	4141	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.22-2.27	0.2808	226	0.2264	4155	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.27-2.32	0.2589	231	0.22	4173	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.32-2.38	0.2611	232	0.2259	4129	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.38-2.44	0.2758	241	0.2217	4143	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.44-2.51	0.236	217	0.2256	4123	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.51-2.6	0.2595	219	0.217	4144	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.6-2.69	0.2368	217	0.2243	4117	X-RAY DIFFRACTION	98.1
2.69-2.8	0.2516	211	0.2271	4131	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.8-2.92	0.272	228	0.2305	4059	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.92-3.08	0.2734	223	0.2203	4048	X-RAY DIFFRACTION	96.85
3.08-3.27	0.2291	208	0.2037	4094	X-RAY DIFFRACTION	96.31
3.27-3.52	0.2052	221	0.1794	4055	X-RAY DIFFRACTION	96.37
3.52-3.88	0.171	196	0.1564	4041	X-RAY DIFFRACTION	94.98
3.88-4.44	0.1686	214	0.1431	4060	X-RAY DIFFRACTION	95.02
4.44-5.59	0.1586	231	0.1425	4196	X-RAY DIFFRACTION	97.43
5.59-48.48	0.201	227	0.1778	4370	X-RAY DIFFRACTION	97.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.32062591543	-0.135248533669	0.112194433394	2.72679544943	0.459868721151	2.27142230196	0.0527380068774	0.0890261494166	-0.127426454321	-0.490071026301	-0.00363712768733	-0.0369189658187	0.547764327127	0.0047255039053	-0.011760642492	0.394532923508	-0.0416041530337	-0.000534283869238	0.249355699133	-0.00712452499365	0.277973020663	21.4147929488	-5.2587607366	38.7006477472
2	0.797165932791	-0.109767308316	-0.196832404777	2.0485625997	0.627629687244	1.72439345644	-0.0230628042244	-0.0557539763051	0.0216302440169	-0.0582497988258	-0.00295467681663	0.142178620143	-0.00299273875201	-0.141832404416	-0.0017128947285	0.1977073587	0.00305723868269	0.0137919074424	0.25292345105	0.0124058337319	0.272811143883	18.9691955286	17.7004820427	51.8267393697
3	0.46867847696	-0.262247074667	0.270762868904	3.10288988393	0.435715842969	1.90198388257	-0.0984702417913	-0.0313817995351	-0.0836185769173	0.169682145049	0.159433392578	-0.0141703001175	0.25059334326	-0.0336289640677	-0.0130422187707	0.18731522883	0.0303638179419	0.0207596752846	0.254999173339	0.0298910663873	0.252447830955	24.0410429194	4.03766088789	57.1417888385
4	1.7743822277	-0.193084620381	0.417234879279	2.49576870575	-0.316816795609	2.74594097299	-0.195435187676	-0.0685038380633	-0.0731531547729	-0.0942814208431	0.0874799410172	0.152578852389	0.0508808975374	-0.263346607437	0.0106337988716	0.252743027762	-0.0383885751416	0.0268416216095	0.238866617051	0.0278609180742	0.308458881319	19.8848289369	-0.773883766755	47.4559381583
5	1.66413709492	0.762360368189	0.110487051714	4.04088934722	-0.207962747626	4.10925245259	0.00682719893601	0.219449628659	-0.506046534025	-0.291970424437	-0.0948740817157	0.0150136289148	0.450250539102	0.137428180801	0.0227939979353	0.314521848466	-0.0813628553382	0.0283132429905	0.210936440478	0.0324936714076	0.273936038139	20.4436808504	-10.5014110814	47.4318633121
6	0.591201169366	0.255952776691	0.341639843721	1.08809486662	-0.131185663545	1.42227352982	0.0330170713835	-0.290674443907	0.0367111471966	0.167138509724	-0.0513270836852	0.147699366555	-0.108734992048	-0.305305969722	-0.0179438907374	0.246222314836	0.0813630815077	0.0365104777264	0.347527572947	-0.0226176042879	0.293197394826	12.8856290473	43.6256313732	66.7832172098
7	1.77318748699	0.0878480404361	-0.767057376948	0.962257022203	0.279598542538	0.975996259807	0.0143528150825	0.048987580108	0.0834197162309	-0.365108684882	0.0791896530802	-0.238096144238	-0.404172486446	0.22208909714	0.0335375076046	0.4352993431	0.000591692055574	0.0817398684412	0.326872400533	-0.0105477650695	0.340727198571	29.241356452	45.1359262245	39.7339773775
8	0.16704016981	0.0523935949024	-0.0985528827074	0.421576822626	-0.00922728969361	0.378811225809	0.117498195939	0.277978689512	0.147898141473	-0.574506973183	-0.0832329561522	0.260936278964	-0.726910372778	-0.396055385541	-0.387196315207	0.673028757538	0.103218741663	0.0278800297165	0.415392426907	0.0441432002503	0.362516941305	16.8653280436	52.4021362006	31.6785711766
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18	2.3309190543	-0.645608445036	0.742981820779	0.293962940272	-0.675848522098	2.80823921972	0.181454012987	0.164922971651	-0.348782994814	-0.477578519891	0.0292961508333	0.184259864406	-0.326031972343	-0.383379150426	0.417261715895	0.841557035096	0.107890539811	0.165004818009	0.30057658207	0.0254524508127	0.148848075607	29.9661651564	38.8699798039	7.51170573707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 195 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 196 through 238 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 240 through 271 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 272 through 294 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 68 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 69 through 98 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 99 through 118 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 119 through 258 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 259 through 271 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 272 through 295 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 27 through 40 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 41 through 68 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 69 through 118 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 119 through 179 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 180 through 238 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 240 through 258 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 259 through 294 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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