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万見
- PDB-6tx2: Human HPF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tx2
タイトルHuman HPF1
要素Histone PARylation factor 1
キーワードPROTEIN BINDING / PARP1 / PARP2 / ADP-ribosylation / serine ADP-ribosylation / C4orf27
機能・相同性
機能・相同性情報


protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / double-strand break repair / histone binding / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding ...protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / double-strand break repair / histone binding / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone PARylation factor 1 / Histone PARylation factor 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone PARylation factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Suskiewicz, M.J. / Ahel, I.
資金援助 英国, European Union, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust101794 英国
Wellcome Trust210634 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R007195/1 英国
Cancer Research UKC35050/A22284 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 879-2017European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: HPF1 completes the PARP active site for DNA damage-induced ADP-ribosylation.
著者: Suskiewicz, M.J. / Zobel, F. / Ogden, T.E.H. / Fontana, P. / Ariza, A. / Yang, J.C. / Zhu, K. / Bracken, L. / Hawthorne, W.J. / Ahel, D. / Neuhaus, D. / Ahel, I.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone PARylation factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7762
ポリマ－36,7531
非ポリマー231
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.099, 115.099, 90.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Histone PARylation factor 1


分子量: 36753.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPF1, C4orf27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9NWY4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 33% glycerol ethoxylate, 0.23 M lithium citrate tribasic tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→99.68 Å / Num. obs: 80356 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 19.66 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.09→2.17 Å / 冗長度: 18.68 % / Rmerge(I) obs: 2.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 7931 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 98.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIXdev_3126精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HPF1 from Nematostella vectensis

解像度: 2.09→57.55 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 1964 4.89 %
Rwork0.1885 --
obs0.1894 40174 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.35 Å2 / Biso mean: 47.3036 Å2 / Biso min: 29.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→57.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 1 200 2679
Biso mean--47.62 53 -
残基数----304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.09-2.1420.31411600.2995265899
2.142-2.19990.29921370.2837269199
2.1999-2.26470.28771690.262270999
2.2647-2.33780.28311470.2585267799
2.3378-2.42130.26461320.22862729100
2.4213-2.51830.23841590.2232271499
2.5183-2.63290.20621520.20742707100
2.6329-2.77170.2371250.21212736100
2.7717-2.94530.22031270.21142754100
2.9453-3.17270.2271290.21122751100
3.1727-3.4920.23581210.19972764100
3.492-3.99720.17441290.16282748100
3.9972-5.03560.14711320.1472778100
5.0356-57.550.19461450.16282794100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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