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- PDB-6tv0: Serratia spp. cyanase hydratase -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tv0

タイトル

Serratia spp. cyanase hydratase

要素

Cyanate hydratase

キーワード

HYDROLASE / Enzyme / Lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanate metabolic process / cyanase / cyanate hydratase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Pederzoli, R. / Tarantino, D. / Gourlay, L.J. / Chaves-Sanjuan, A. / Bolognesi, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Detecting the nature and solving the crystal structure of a contaminant protein from an opportunistic pathogen.
著者: Pederzoli, R. / Tarantino, D. / Gourlay, L.J. / Chaves-Sanjuan, A. / Bolognesi, M.

履歴

登録	2020年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tv0.cif.gz	706.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tv0.ent.gz	521 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6tv0_validation.pdf.gz	13 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tv0_full_validation.pdf.gz	13 MB	表示
XML形式データ	6tv0_validation.xml.gz	65.2 KB	表示
CIF形式データ	6tv0_validation.cif.gz	90.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4y42S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dwk-d 1dw9-d 2ivb-d 4y42-d 2iu7-d 2iuo-d 6b6m-1 2iv1-d 2ivg-d 7o74-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Cyanate hydratase

B: Cyanate hydratase

C: Cyanate hydratase

D: Cyanate hydratase

E: Cyanate hydratase

F: Cyanate hydratase

G: Cyanate hydratase

H: Cyanate hydratase

I: Cyanate hydratase

J: Cyanate hydratase

ヘテロ分子

174 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.793, 93.140, 111.193
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.743, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質	Cyanate hydratase / Cyanase / Cyanate hydrolase / Cyanate lyase 分子量: 16931.391 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Serratia sp. (バクテリア) 参照: UniProt: A0A4Q8D4S5, UniProt: A0A7G2JL56*PLUS, cyanase
#2: 化合物	ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸分子量: 90.035 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% (w/v) polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) glycerol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→71.64 Å / Num. obs: 91837 / % possible obs: 72.3 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.26 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.95→2.17 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4590 / CC_1/2: 0.614 / R_pim(I) all: 0.56 / % possible all: 14

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y42

4y42

解像度: 1.96→71.64 Å / SU ML: 0.2252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.6443

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	4566	4.97 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1784	91810	72.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→71.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11930	0	330	881	13141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	12435
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.737	16800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	1950
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	2155
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.9494	4655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.98	0.4628	2	0.3074	28	X-RAY DIFFRACTION	0.71
1.98-2	0.218	4	0.2583	90	X-RAY DIFFRACTION	2.28
2-2.03	0.2956	17	0.2439	189	X-RAY DIFFRACTION	4.87
2.03-2.05	0.3141	17	0.2457	417	X-RAY DIFFRACTION	10.36
2.05-2.08	0.273	25	0.2557	601	X-RAY DIFFRACTION	14.89
2.08-2.11	0.2447	34	0.244	857	X-RAY DIFFRACTION	21.01
2.11-2.14	0.264	43	0.2328	1050	X-RAY DIFFRACTION	26.01
2.14-2.17	0.2937	62	0.2327	1316	X-RAY DIFFRACTION	32.55
2.17-2.2	0.2513	80	0.2234	1566	X-RAY DIFFRACTION	39.44
2.2-2.24	0.2731	100	0.2282	2133	X-RAY DIFFRACTION	52.38
2.24-2.28	0.2629	154	0.2253	2865	X-RAY DIFFRACTION	71.61
2.28-2.32	0.2409	206	0.2244	3524	X-RAY DIFFRACTION	88.51
2.32-2.36	0.259	222	0.2135	3892	X-RAY DIFFRACTION	97.1
2.36-2.41	0.2426	206	0.2041	4013	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.41-2.46	0.245	223	0.1941	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.2648	211	0.2015	3992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.58	0.2559	235	0.2009	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2524	219	0.2003	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.73	0.2381	230	0.2013	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.82	0.2315	202	0.1921	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.92	0.2175	201	0.1803	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.04	0.2406	197	0.1668	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.18	0.2217	218	0.1628	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.34	0.1943	211	0.1498	4062	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.55	0.1925	226	0.1444	4007	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.55-3.83	0.1851	206	0.1481	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.21	0.1721	192	0.1411	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.82	0.1951	186	0.1492	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-6.07	0.2221	222	0.1925	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
6.07-71.64	0.2162	215	0.1968	4138	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.497631266751	-0.174634392628	-0.308370503135	0.810140433622	0.0204824696018	0.287893644813	0.0448360157937	0.0184118403154	-0.0830514132438	-0.113128601615	-0.0106575968184	-0.0527853508975	0.0317905905285	-0.0268439841427	-0.0216195864307	0.175281290715	0.000829527026213	-0.00669853368316	0.114729576717	0.0111892019048	0.19561836752	-12.2078773754	5.32926530794	-9.23984082995
2	1.24844151079	-1.73145959423	-0.0515272979968	2.449589894	0.0981711863466	-0.0164627942965	-0.0569677563954	-0.224390740757	0.0323669159513	0.132697278445	0.0294227524627	0.823703106135	0.0615804813511	0.102420269785	-0.0211839092944	0.239929034692	0.0281963071236	-0.0107006994672	0.163179798264	-0.0318354629906	0.262336397022	-16.176001687	14.6213062419	2.566149373
3	2.38974502996	-1.99127284014	0.740344837762	2.02910465066	-1.56546785937	2.77948604515	-0.0341782455643	0.0142633219835	0.341182924858	0.252286742675	-0.104458734687	0.0694217448262	-0.481273118055	0.27812209696	0.201349908307	0.247178985989	-0.0300897722523	0.0126836763884	0.138516101168	0.0240773336758	0.249231179138	-12.8400487935	20.8350635291	-1.07918228913
4	0.665642480521	-2.23977930423	-1.06809972529	9.44891131453	5.08018411539	2.8224555518	-0.284165843848	-0.0412367302787	-0.00142164655718	0.844367897721	0.254160254578	-0.226157264906	0.52404293064	0.0709079077425	0.032497743235	0.263891587887	-0.00233329251153	-0.000777827505636	0.187182540915	-0.011920328386	0.248954206967	-0.754736026309	-8.23746587355	-0.631297363365
5	3.8311627782	0.532223958146	0.716046526553	2.94268108092	0.864288290316	3.4602388393	-0.020534036913	0.475759354554	-0.158441385779	-0.0661687212627	0.00366320448551	-0.0530133417162	0.333049058207	0.417519031729	0.00350646029406	0.339648487045	-0.0374507385932	0.0771366785842	0.452400420915	0.127954554913	0.259382320538	1.04210659164	18.1998708132	-39.3069556819
6	1.80435631883	0.025662429971	-0.10213039077	0.880466895355	0.0174751412803	1.91691710747	-0.070729681416	0.281363019951	0.0672505335885	-0.237070725028	-0.000673484182057	-0.141210750249	-0.243725204916	0.295284584025	0.0456835935384	0.271526570195	-0.0583595844129	-0.00253078723054	0.202882094146	0.0416030860587	0.167717516754	-10.577698617	20.8917098617	-37.8582083558
7	2.24742310533	1.34501409041	1.49057478079	2.28299338241	0.939028640581	2.92836625185	-0.336253723248	0.27831674006	0.287371198491	-0.390215941819	0.10616700403	0.130600127861	-0.611099044692	0.0192271912543	0.263211401042	0.322517913541	0.0391211974336	-0.0529686934335	0.222986146005	0.0948072408284	0.266656022279	-23.4548420568	27.6571707359	-35.0639528574
8	1.13440801416	-0.358656866908	0.422114360297	5.03416369255	-3.3442744694	4.78456577957	-0.129128443205	0.32636690361	0.226576700748	0.280961807268	0.296690091004	-0.412468206978	-0.628801899298	-0.123026768662	-0.179649149203	0.28418113115	-0.0474682764697	0.039513326019	0.66776246035	-0.0438815889969	0.44987024995	-44.3710612166	-14.1756805337	-30.4172926165
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10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 48 through 115 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 116 through 134 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 135 through 156 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and (resid 2 through 76 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'I' and (resid 77 through 134 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'I' and (resid 135 through 156 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'J' and (resid 2 through 25 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'J' and (resid 26 through 39 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'J' and (resid 40 through 75 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'J' and (resid 76 through 134 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'J' and (resid 135 through 156 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 2 through 24 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 25 through 125 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 126 through 156 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 2 through 32 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 33 through 54 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 55 through 65 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 66 through 75 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 76 through 125 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 126 through 134 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 135 through 148 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'B' and (resid 149 through 156 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 2 through 25 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 26 through 39 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 40 through 76 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'C' and (resid 77 through 125 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'C' and (resid 126 through 134 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'C' and (resid 135 through 148 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'C' and (resid 149 through 156 )
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 26 through 39 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 40 through 76 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 77 through 134 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'D' and (resid 135 through 156 )
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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