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万見
- PDB-6tts: Crystal structure of the GGDEF domain of DgcB from Caulobacter cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tts
タイトルCrystal structure of the GGDEF domain of DgcB from Caulobacter crescentus in complex with c-di-GMP
要素GGDEF diguanylate cyclase DgcB
キーワードSIGNALING PROTEIN / GGDEF / c-di-GMP / cyclic di-GMP / Caulobacter / DgcB / diguanylate cyclase / DGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Holzschuh, F. / Schirmer, T. / Teixeira, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-166652 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the GGDEF domain of DgcB from Caulobacter crescentus in complex with c-di-GMP
著者: Holzschuh, F. / Schirmer, T. / Teixeira, R.
履歴
登録2019年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GGDEF diguanylate cyclase DgcB
B: GGDEF diguanylate cyclase DgcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,92813
ポリマ－42,9002
非ポリマー4,02811
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.500, 64.500, 246.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

#1: タンパク質 GGDEF diguanylate cyclase DgcB


分子量: 21449.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (バクテリア)
遺伝子: dgcB, CCNA_01926 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3CAN8
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate


分子量: 690.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M NaAcet pH 5.5, 8% w/v PEG 20k, 8% v/v PEG 500 MME, 500 uM c-di-GMP, 1 mM GTP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→64.5 Å / Num. obs: 19045 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 29.29 Å2 / CC1/2: 0.813 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2068 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.672 / Χ2: 0.89 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
iMOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ign, 3hva, 3qyy, 3i5c, 4wxw, 3tvk, 4urg, 4zvf, 4h54, 4zmm, 3icl, 4iob, 5euh, 3ezu, 4yme

3ign

3hva

3qyy

3i5c

4wxw

3tvk

4urg

4zvf

4h54

4zmm

3icl

4iob

5euh

3ezu

4yme


解像度: 2.5→50.76 Å / SU ML: 0.3133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2429 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 1002 5.28 %
Rwork0.2035 17972 -
obs0.2065 18974 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2645 0 260 16 2921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00982967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35884061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0664438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.92721101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.630.34181480.26532454X-RAY DIFFRACTION98.9
2.63-2.80.30091290.25232520X-RAY DIFFRACTION99.92
2.8-3.010.33381360.24642520X-RAY DIFFRACTION99.96
3.01-3.320.32061460.232525X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.80.22371420.19062586X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.22911440.16532586X-RAY DIFFRACTION100
4.78-50.760.21191570.17812781X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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