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- PDB-6tt9: rTBL Recombinant Lectin From Tepary Bean -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tt9
タイトルrTBL Recombinant Lectin From Tepary Bean
要素Phytohemagglutinin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / bean / cancer type glycans / tetrameric protein / leguminous lectin / b1-6 branched N-glycans
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE / : / Phytohemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus acutifolius (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Martinez Alarcon, D. / Varrot, A.
資金援助 メキシコ, フランス, 2件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CB-2014-01-241181 メキシコ
European Commission765581 フランス
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Recombinant Lectin from Tepary Bean (Phaseolus acutifolius) with Specific Recognition for Cancer-Associated Glycans: Production, Structural Characterization, and Target Identification.
著者: Martinez-Alarcon, D. / Varrot, A. / Fitches, E. / Gatehouse, J.A. / Cao, M. / Pyati, P. / Blanco-Labra, A. / Garcia-Gasca, T.
履歴
登録2019年12月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Phytohemagglutinin
BBB: Phytohemagglutinin
CCC: Phytohemagglutinin
DDD: Phytohemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,15921
ポリマ－110,0294
非ポリマー4,13017
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12350 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area35480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.572, 64.472, 67.590
Angle α, β, γ (deg.)96.352, 101.952, 97.268
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains AAA BBB
22Chains AAA CCC
33Chains AAA DDD
44Chains BBB CCC
55Chains BBB DDD
66Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
Phytohemagglutinin


分子量: 27507.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaseolus acutifolius (インゲン) / 細胞株 (発現宿主): SMD1168H / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q40750

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 517分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: THICK PLATE
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% Peg smear low 100mM Tris pH 7.5 PEG to 30% for cryoprotection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.732 Å / Num. obs: 73400 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.049 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4491 / CC1/2: 0.902 / Rpim(I) all: 0.372 / Rsym value: 0.649 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fat

1fat


解像度: 1.9→32.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.11 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 3646 4.968 %
Rwork0.1692 --
all0.171 --
obs-73390 99.697 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.385 Å2-2.801 Å2-2.541 Å2
2--0.265 Å20.713 Å2
3----0.012 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7015 0 260 504 7779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0137568
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.64610363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4451.57415711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6775949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06223.127355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13151105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0231532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.26265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.23661
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.23579
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1420.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.110.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2570.237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1140.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4392.8783769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4292.8773768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.474.2864721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4714.2874722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2623.2783799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2613.2793800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9734.7735640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9724.7735641
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.20934.9418015
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.17334.7367923
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0860.057271
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0780.057420
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0770.057317
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0850.057261
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0930.057226
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0890.057111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.3212680.3035137X-RAY DIFFRACTION98.8298
1.949-2.0020.2872400.2574987X-RAY DIFFRACTION99.4482
2.002-2.060.242530.2284868X-RAY DIFFRACTION99.5916
2.06-2.1230.252630.2024743X-RAY DIFFRACTION99.6417
2.123-2.1930.2382730.184555X-RAY DIFFRACTION99.6491
2.193-2.2690.2142430.1674412X-RAY DIFFRACTION99.7429
2.269-2.3550.2082130.1454274X-RAY DIFFRACTION99.822
2.355-2.450.2192000.1524167X-RAY DIFFRACTION99.8171
2.45-2.5580.2061910.1583995X-RAY DIFFRACTION99.9284
2.558-2.6820.1981700.1663815X-RAY DIFFRACTION99.9749
2.682-2.8270.211970.1593602X-RAY DIFFRACTION99.9737
2.827-2.9970.1941880.1593417X-RAY DIFFRACTION100
2.997-3.2020.2321630.1733216X-RAY DIFFRACTION99.9704
3.202-3.4550.2141700.172965X-RAY DIFFRACTION100
3.455-3.7810.221490.1692760X-RAY DIFFRACTION99.897
3.781-4.220.171150.1392512X-RAY DIFFRACTION99.9619
4.22-4.860.1461140.1142193X-RAY DIFFRACTION99.8701
4.86-5.9190.1981140.1481828X-RAY DIFFRACTION99.6408
5.919-8.2370.247760.1961471X-RAY DIFFRACTION99.8709

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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