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- PDB-6trk: Phl p 6 fold stabilized mutant - S46Y -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6trk
タイトルPhl p 6 fold stabilized mutant - S46Y
要素Pollen allergen Phl p 6
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / Phleum pratense / grass pollen allergen / stabilized fold mutant / Phl p 6
機能・相同性Pollen allergen Poa p IX/Phl p VI / Pollen allergen/Uncharacterized protein Os / Ribonuclease (pollen allergen) / Pollen allergen Phl p 6
機能・相同性情報
生物種Phleum pratense (オオアワガエリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Soh, W.T. / Brandstetter, H.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW_01213 オーストリア
引用
ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: In silico Design of Phl p 6 Variants With Altered Fold-Stability Significantly Impacts Antigen Processing, Immunogenicity and Immune Polarization.
著者: Winter, P. / Stubenvoll, S. / Scheiblhofer, S. / Joubert, I.A. / Strasser, L. / Briganser, C. / Soh, W.T. / Hofer, F. / Kamenik, A.S. / Dietrich, V. / Michelini, S. / Laimer, J. / Lackner, P. ...著者: Winter, P. / Stubenvoll, S. / Scheiblhofer, S. / Joubert, I.A. / Strasser, L. / Briganser, C. / Soh, W.T. / Hofer, F. / Kamenik, A.S. / Dietrich, V. / Michelini, S. / Laimer, J. / Lackner, P. / Horejs-Hoeck, J. / Tollinger, M. / Liedl, K.R. / Brandstetter, J. / Huber, C.G. / Weiss, R.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: In silico design of Phl p 6 variants with altered folding stability significantly impacts antigen processing, immunogenicity and immune polarization
著者: Winter, P. / Stubenvoll, S. / Scheiblhofer, S. / Joubert, I.A. / Strasser, L. / Briganser, C. / Soh, W.T. / Hofer, F. / Kamenik, A.S. / Dietrich, V. / Michelini, S. / Laimer, J. / Lackner, P. ...著者: Winter, P. / Stubenvoll, S. / Scheiblhofer, S. / Joubert, I.A. / Strasser, L. / Briganser, C. / Soh, W.T. / Hofer, F. / Kamenik, A.S. / Dietrich, V. / Michelini, S. / Laimer, J. / Lackner, P. / Horejs-Hoeck, J. / Tollinger, M. / Liedl, K.R. / Brandstetter, H. / Huber, C.G. / Weiss, R.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pollen allergen Phl p 6
B: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0246
ポリマ－23,7632
非ポリマー2624
水6,990388
1
A: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0784
ポリマ－11,8811
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9472
ポリマ－11,8811
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.825, 73.515, 76.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

21B-316-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pollen allergen Phl p 6 / Allergen Phl p VI


分子量: 11881.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ)
遺伝子: PHLPVI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43215
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM Zinc acetate dehydrate, 10% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.94 Å / Num. obs: 34555 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5013 / CC1/2: 0.778 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMdata processing
PHENIX1.17_3644精密化
SCALAデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NLX

1nlx


解像度: 1.6→33.8 Å / SU ML: 0.1615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.1598
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1877 1723 5 %
Rwork0.1556 --
obs0.1571 34481 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1651 0 4 388 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00891817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9932490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.0248672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.30861630.24192657X-RAY DIFFRACTION95.95
1.65-1.710.21441430.2172723X-RAY DIFFRACTION96.99
1.71-1.770.24081510.19352748X-RAY DIFFRACTION98.64
1.77-1.840.22771500.19082730X-RAY DIFFRACTION97.69
1.84-1.920.20591470.18232722X-RAY DIFFRACTION97.65
1.92-2.020.18581520.16772686X-RAY DIFFRACTION96.6
2.02-2.150.20181220.15172756X-RAY DIFFRACTION96.09
2.15-2.310.16651450.14012743X-RAY DIFFRACTION97.27
2.31-2.550.15521330.13862757X-RAY DIFFRACTION96.46
2.55-2.920.16491400.14492703X-RAY DIFFRACTION94.58
2.92-3.670.20091220.13972750X-RAY DIFFRACTION94.35
3.67-33.80.17031550.14812783X-RAY DIFFRACTION92.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.214887198562-0.224673794364-0.07982803183620.3562522904820.2655259519250.305170519733-0.007501081071820.0258277815595-0.0448823529091-0.006303824320180.0201198708986-0.09859328741850.00935749604928-0.06959432862720.003927653110020.0447723368317-0.0172248612082-0.001592538650120.0560703485955-0.006923972866420.065744295937421.808701371276.257388752822.0298991423
20.2697478443080.292090368521-0.243065430440.495775347251-0.2521207425830.3032733523570.1051784079890.02656913850260.09281569540410.283164298668-0.01918836606910.185366234726-0.106080007428-0.02005068838130.1031856843750.1437615180110.01126300095440.03814080629850.09049848955830.01085425233390.1046467103314.738451144396.979605210430.9074389737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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