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万見
- PDB-6tph: Structure of a protein-RNA complex by ssNMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tph
タイトルStructure of a protein-RNA complex by ssNMR
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • RNA (26-MER)
キーワードRNA / solid-state RNA / protein-RNA complex / structure determination / PRE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法個体NMR / na
データ登録者Mumdooh, A. / Marchanka, A. / Carlomagno, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CA294/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Structure of a Protein-RNA Complex by Solid-State NMR Spectroscopy.
著者: Ahmed, M. / Marchanka, A. / Carlomagno, T.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L7Ae
B: RNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8222
ポリマ－21,8222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Large ribosomal subunit protein eL8 / Ribosomal protein L8e


分子量: 13414.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rpl7ae, PF1367 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U160
#2: RNA鎖 RNA (26-MER)


分子量: 8407.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription / 由来: (合成) Pyrococcus furiosus (古細菌)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D NCA
121anisotropic12D NCO
131anisotropic12D 13C,13C DARR
142anisotropic13D NCACX
152anisotropic13D NCOCX
172anisotropic13D CANCO
162anisotropic12D 13C,13C DARR
182anisotropic12D 13C,13C SPC53
293anisotropic12D 13C,13C SPC53
2104anisotropic12D 13C,13C SPC53
2125anisotropic12D 13C,13C SPC53
2116anisotropic12D 13C,13C SPC53
2137anisotropic12D 13C,13C SPC53
2148anisotropic12D 13C,13C SPC53
2159anisotropic12D 13C,13C SPC53
21610anisotropic12D 13C,13C SPC53
21711anisotropic12D 13C,13C SPC53

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solid14 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, solidu-13C,15N L7Ae for CSPL7Aesolid
solid28 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 5 mg/mL RNA (26-MER), solidu-13C,15N-L7Ae-N.A.-26mer RNA for assignmentL7Ae-RNAsolid
solid34 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 12 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 10 mg/mL RNA (26-MER), solidu-13C,15N-SL-K32-L7Ae-N.A.-26mer RNA for PRE ruler determinationSL-L7Ae-K32C-RNAsolid
solid416 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 2 mg/mL [U-13C; U-15N]-Ade RNA (26-MER), 8 mg/mL RNA (26-MER), solidN.A-SL-K32C-L7Ae-Alab-26mer RNA for PRE measurementsSL-L7Ae-K32C-Alab-RNAsolid
solid516 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 2 mg/mL [U-13C; U-15N]-Ura RNA (26-MER), 8 mg/mL RNA (26-MER), solidN.A-SL-K32C-L7Ae-Ulab-26mer RNA for PRE measurementsSL-L7Ae-K32C-Ulab-RNAsolid
solid64 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 12 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 10 mg/mL RNA (26-MER), solidu-13C,15N-SL-N38C-L7Ae-N.A.-26mer RNA for PRE ruler determinationSL-L7Ae-N38C-RNAsolid
solid716 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 2 mg/mL [U-13C; U-15N]-Ade RNA (26-MER), 8 mg/mL RNA (26-MER), solidN.A-SL-N38C-L7Ae-Alab-26mer RNA for PRE measurementsSL-L7Ae-N38C-Alab-RNAsolid
solid816 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 2 mg/mL [U-13C; U-15N]-Ura RNA (26-MER), 8 mg/mL RNA (26-MER), solidN.A-SL-N38C-L7Ae-Ulab-26mer RNA for PRE measurementsSL-L7Ae-N38C-Ulab-RNAsolid
solid94 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 12 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 10 mg/mL RNA (26-MER), solidu-13C,15N-SL-N38C-L7Ae-N.A.-26mer RNA for PRE ruler determinationSL-L7Ae-I93C-RNAsolid
solid1016 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 2 mg/mL [U-13C; U-15N]-Ade RNA (26-MER), 8 mg/mL RNA (26-MER), solidN.A-SL-I93C-L7Ae-Alab-26mer RNA for PRE measurementsSL-L7Ae-I93C-Alab-RNAsolid
solid1116 mg/mL 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE, 2 mg/mL [U-13C; U-15N]-Ura RNA (26-MER), 8 mg/L RNA (26-MER), solidN.A-SL-I93C-L7Ae-Ulab-26mer RNA for PRE measurementsSL-L7Ae-I93C-Ulab-RNAsolid
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE (U-13C, U-15N)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
8 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE (U-13C, U-15N)[U-99% 13C; U-99% 15N]2
5 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance2
4 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE (U-13C, U-15N)[U-99% 13C; U-99% 15N]3
12 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance3
10 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance3
16 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance4
2 mg/mLRNA (26-MER) (U-13C, U-15N-ade)[U-13C; U-15N]-Ade4
8 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance4
16 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance5
2 mg/mLRNA (26-MER) (U-13C, U-15N-ura)[U-13C; U-15N]-Ura5
8 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance5
4 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE (U-13C, U-15N)[U-99% 13C; U-99% 15N]6
12 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance6
10 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance6
16 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance7
2 mg/mLRNA (26-MER) (U-13C, U-15N-ade)[U-13C; U-15N]-Ade7
8 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance7
16 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance8
2 mg/mLRNA (26-MER) (U-13C, U-15N-ura)[U-13C; U-15N]-Ura8
8 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance8
4 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE (U-13C, U-15N)[U-99% 13C; U-99% 15N]9
12 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance9
10 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance9
16 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance10
2 mg/mLRNA (26-MER) (U-13C, U-15N-ade)[U-13C; U-15N]-Ade10
8 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance10
16 mg/mL50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AEnatural abundance11
2 mg/mLRNA (26-MER) (U-13C, U-15N-ura)[U-13C; U-15N]-Ura11
8 mg/mLRNA (26-MER)natural abundance11
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1solid-state sample, amount of sample in mg is given in samples description150 mML7Ae_assignment7.6 1 bar265 K
2solid-state sample, amount of sample in mg is given in samples description150 mMPRE_measurements7.6 1 bar260 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: 3.2 mm HCN MAS

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
HADDOCKBonvinstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
詳細: 10 structures with best haddock score were subjected to 15 ns of MD simulation.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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