PDB-6tke: ChiLob 7/4 H2 HC-C224S Kappa LC-C214S F(ab')2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tke

タイトル

ChiLob 7/4 H2 HC-C224S Kappa LC-C214S F(ab')2

要素

ChiLob 7/4 H2 heavy chain C224S
ChiLob 7/4 H2 kappa chain C214S

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ----

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Orr, C.M. / Fisher, H. / Tews, I.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022
タイトル: Hinge disulfides in human IgG2 CD40 antibodies modulate receptor signaling by regulation of conformation and flexibility.
著者: Orr, C.M. / Fisher, H. / Yu, X. / Chan, C.H. / Gao, Y. / Duriez, P.J. / Booth, S.G. / Elliott, I. / Inzhelevskaya, T. / Mockridge, I. / Penfold, C.A. / Wagner, A. / Glennie, M.J. / White, A.L. ...

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tke.cif.gz	163.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tke.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tkbC 6tkcC 6tkdC 6tkfC 6faxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2orb-2 6med-3 5cma-d 6ev1-5 6y1m-d 5xrq-2 5bk5-3 4r7n-10 6y1n-d 5hpm-2 5ggu-2 4gw1-2 6z3k-2 3qg7-d 5mx3-1 5bk5-4 5t1m-2 4nry-2 5i30-d 2ajz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: ChiLob 7/4 H2 heavy chain C224S

LLL: ChiLob 7/4 H2 kappa chain C214S

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.204, 148.204, 45.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: 抗体	ChiLob 7/4 H2 heavy chain C224S 分子量: 25099.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	ChiLob 7/4 H2 kappa chain C214S 分子量: 23447.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 4000, cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.755 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.755 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→128.35 Å / Num. obs: 22283 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1933 / CC_1/2: 0.373 / R_pim(I) all: 0.771 / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: 6FAX

6fax

解像度: 2.35→128.348 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.172 / Average fsc free: 0.8619 / Average fsc work: 0.8899 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.241 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	1092	4.901 %
R_work	0.1918	21189	-
all	0.194	-	-
obs	-	22281	92.097 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.985 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.153 Å²	0.076 Å²	0 Å²
2-	-	0.153 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.496 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→128.348 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3266	0	0	121	3387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.585	1.646	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.44	1.571	6900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.611	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.556	24.101	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.36	15	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.654	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.292	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.025	5.299	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.025	5.295	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.08	7.926	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.08	7.926	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.465	5.831	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.463	5.833	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.888	8.517	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.887	8.518	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.268	60.592	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.267	60.611	3445

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.382	81	0.338	1357	0.341	1756	0.692	0.746	81.8907	0.34
2.411-2.477	0.32	74	0.322	1367	0.322	1714	0.717	0.766	84.0723	0.321
2.477-2.549	0.382	69	0.313	1356	0.316	1699	0.743	0.765	83.8729	0.308
2.549-2.627	0.354	73	0.295	1349	0.298	1623	0.787	0.807	87.6155	0.287
2.627-2.713	0.326	80	0.263	1294	0.267	1573	0.842	0.849	87.349	0.246
2.713-2.809	0.312	63	0.236	1296	0.239	1543	0.843	0.886	88.0752	0.219
2.809-2.915	0.323	46	0.22	1282	0.223	1474	0.859	0.905	90.095	0.197
2.915-3.034	0.226	60	0.201	1272	0.202	1441	0.901	0.921	92.4358	0.18
3.034-3.168	0.224	73	0.196	1197	0.197	1361	0.924	0.933	93.3137	0.178
3.168-3.323	0.296	62	0.212	1181	0.215	1309	0.885	0.927	94.958	0.196
3.323-3.503	0.253	59	0.198	1163	0.201	1261	0.918	0.941	96.9072	0.185
3.503-3.715	0.238	57	0.195	1102	0.197	1166	0.933	0.951	99.3997	0.185
3.715-3.971	0.211	48	0.165	1064	0.167	1113	0.934	0.959	99.9101	0.157
3.971-4.289	0.167	38	0.156	1014	0.157	1052	0.96	0.962	100	0.149
4.289-4.698	0.238	45	0.14	930	0.144	975	0.942	0.965	100	0.135
4.698-5.251	0.205	49	0.138	806	0.142	855	0.958	0.966	100	0.134
5.251-6.062	0.231	45	0.163	735	0.167	780	0.946	0.96	100	0.159
6.062-7.42	0.236	39	0.185	623	0.188	662	0.937	0.952	100	0.179
7.42-10.477	0.213	20	0.152	502	0.154	522	0.962	0.972	100	0.155
10.477-128.348	0.17	11	0.238	299	0.235	310	0.971	0.934	100	0.235

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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